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万見
- EMDB-61066: Structure of the wild-type AZG2 in Arabidopsis thaliana in the ap... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61066
タイトルStructure of the wild-type AZG2 in Arabidopsis thaliana in the apo state at pH 7.4
マップデータ
試料
  • 複合体: AZG2 dimer
    • タンパク質・ペプチド: Adenine/guanine permease AZG2
キーワードCytokinin transporter / AZG2 / plant hormone / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


guanine nucleotide transmembrane transport / adenine nucleotide transmembrane transporter activity / adenine nucleotide transport / guanine transport / purine nucleobase transmembrane transporter activity / purine nucleobase transport / adenine transport / guanine nucleotide transmembrane transporter activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Azaguanine-like transporters / Nucleobase cation symporter 2 family / Permease family
類似検索 - ドメイン・相同性
Adenine/guanine permease AZG2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Sun L / Liu X / Wei H / Yang Z / Ying W
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)32322041, 32321001, 31900885 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis of cytokinin transport by the Arabidopsis AZG2.
著者: Hong Wei / Zhisen Yang / Huihui Liu / Wei Ying / Yongxiang Gao / Lizhe Zhu / Xin Liu / Linfeng Sun /
要旨: Cytokinins are adenine derivatives serving as phytohormones, which are essential regulators of plant growth, development, and response to environmental factors. The transport process of cytokinins ...Cytokinins are adenine derivatives serving as phytohormones, which are essential regulators of plant growth, development, and response to environmental factors. The transport process of cytokinins determines their spatial distributions and is critical to their functions. The AZA-GUANINE RESISTANT (AZG) family member AZG2 in Arabidopsis thaliana has been identified as a cytokinin and purine transporter. Here, we characterize the binding and transport of AZG2 towards the natural cytokinin, trans-zeatin (tZ), as well as adenine. AZG2 structures are determined in both the substrate-unbound, adenine-bound, and tZ-bound states, under both acidic and neutral pH. Key residues involved in substrate binding are identified. Two distinct conformations are observed in the tZ-bound state of AZG2 in the neutral pH. Structural analysis reveals the structural dynamics of AZG2 during cytokinin transport, which fit into the elevator-type transport model. These results provide insights into the molecular mechanism of cytokinin transport in plants.
履歴
登録2024年8月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月19日-
マップ公開2025年3月19日-
更新2025年10月1日-
現状2025年10月1日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61066.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61066.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 240 pix.
= 264. Å		1.1 Å/pix.
x 240 pix.
= 264. Å		1.1 Å/pix.
x 240 pix.
= 264. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.21
最小 - 最大-1.188973 - 1.5348375
平均 (標準偏差)0.0024381536 (±0.042425603)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 264.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_61066_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61066_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61066_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AZG2 dimer

全体名称: AZG2 dimer
要素
  • 複合体: AZG2 dimer
    • タンパク質・ペプチド: Adenine/guanine permease AZG2

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超分子 #1: AZG2 dimer

超分子名称: AZG2 dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: Adenine/guanine permease AZG2

分子名称: Adenine/guanine permease AZG2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 56.322609 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGREKTLCKS WSDMKKHLND TVSKSFIGRF FKLEARKTTF TTELRAATAT FLTMAYIITV NANILADSGA TCSINDCSTV ASSSPPGPE CVLGSNPGYE QCISRVKKDL VVATSLSAMV GSLAMGLLAN LPFGLAPGMG ANAYIAYNVV GFRGSGSISY H TAMAIVLL ...文字列:
MGREKTLCKS WSDMKKHLND TVSKSFIGRF FKLEARKTTF TTELRAATAT FLTMAYIITV NANILADSGA TCSINDCSTV ASSSPPGPE CVLGSNPGYE QCISRVKKDL VVATSLSAMV GSLAMGLLAN LPFGLAPGMG ANAYIAYNVV GFRGSGSISY H TAMAIVLL EGCAFLAVSA LGLRGKLARL IPQTVRLACA VGIGMFIAFV GLQMNQGIGL VGPDKSTLVT LTACAETDPV TG ACLGGKM KSPTFWLAVV GFLITSFGLM KNVKGSMIYG IVFVTAISWI RGTQVTIFPH TPLGDSNYNY FTKIVDFHKI QST LGAISF TEFRKSEVWV AFATLFYVDL LGTTGVLYTM AEIGGFVEDG KFEGEYAAYL VDAGSSVVGS ALGVTTTATF VESS AGLKE GGKTGLTAVI VGLYFLASMF FTPLVTNVPR WAVGPSLVMV GVMMMGVVKD IRWGETKEAV TAFVTILLMP LTYSI ANGI IAGIGIYLAL SMYDVVLGVA KWLNGVRKRV MREHNQVSSV ATVEIV

UniProtKB: Adenine/guanine permease AZG2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 65805
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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