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- EMDB-6106: Cryo-EM structure of calstabin-bound RYR1-EGTA (class 2) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6106
タイトルCryo-EM structure of calstabin-bound RYR1-EGTA (class 2)
マップデータReconstruction with C4 symmetry imposed of class 2 of the RYR1-EGTA dataset filtered at 4.8A and sharpened with a B factor of -214
試料
  • 試料: rabbit skeletal muscle type 1 RyR (RyR1), EGTA-treated, bound to calstabin2 (FKBP12.6)
  • タンパク質・ペプチド: Ryanodine Receptor 1
  • タンパク質・ペプチド: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B
キーワードcalcium release / excitation-contraction coupling in muscle / closed-state / alpha solenoid scaffold / six-transmembrane ion channel / EF-hands / calstabin / FKBP12 / SPRY
機能・相同性
機能・相同性情報


protein binding / ATP-gated ion channel activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / ossification involved in bone maturation / skin development / organelle membrane / cellular response to caffeine ...protein binding / ATP-gated ion channel activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / ossification involved in bone maturation / skin development / organelle membrane / cellular response to caffeine / outflow tract morphogenesis / intracellularly gated calcium channel activity / monoatomic ion channel activity / toxic substance binding / voltage-gated calcium channel activity / smooth endoplasmic reticulum / membrane => GO:0016020 / skeletal muscle fiber development / striated muscle contraction / monoatomic ion transport / release of sequestered calcium ion into cytosol / muscle contraction / sarcoplasmic reticulum membrane / cellular response to calcium ion / sarcoplasmic reticulum / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / transmembrane transport / sarcolemma / Z disc / intracellular calcium ion homeostasis / disordered domain specific binding / protein homotetramerization / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine receptor / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr ...Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine receptor / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / : / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / SPRY domain / Ion transport domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ryanodine receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Zalk R / Clarke OB / des Georges A / Grassucci RA / Reiken S / Mancia F / Hendrickson WA / Frank J / Marks AR
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structure of a mammalian ryanodine receptor.
著者: Ran Zalk / Oliver B Clarke / Amédée des Georges / Robert A Grassucci / Steven Reiken / Filippo Mancia / Wayne A Hendrickson / Joachim Frank / Andrew R Marks /
要旨: Ryanodine receptors (RyRs) mediate the rapid release of calcium (Ca(2+)) from intracellular stores into the cytosol, which is essential for numerous cellular functions including excitation- ...Ryanodine receptors (RyRs) mediate the rapid release of calcium (Ca(2+)) from intracellular stores into the cytosol, which is essential for numerous cellular functions including excitation-contraction coupling in muscle. Lack of sufficient structural detail has impeded understanding of RyR gating and regulation. Here we report the closed-state structure of the 2.3-megadalton complex of the rabbit skeletal muscle type 1 RyR (RyR1), solved by single-particle electron cryomicroscopy at an overall resolution of 4.8 Å. We fitted a polyalanine-level model to all 3,757 ordered residues in each protomer, defining the transmembrane pore in unprecedented detail and placing all cytosolic domains as tertiary folds. The cytosolic assembly is built on an extended α-solenoid scaffold connecting key regulatory domains to the pore. The RyR1 pore architecture places it in the six-transmembrane ion channel superfamily. A unique domain inserted between the second and third transmembrane helices interacts intimately with paired EF-hands originating from the α-solenoid scaffold, suggesting a mechanism for channel gating by Ca(2+).
履歴
登録2014年9月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年10月8日-
マップ公開2014年12月10日-
更新2015年1月14日-
現状2015年1月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6106.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6106.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 117.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction with C4 symmetry imposed of class 2 of the RYR1-EGTA dataset filtered at 4.8A and sharpened with a B factor of -214
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.66 Å/pix.
x 316 pix.
= 524.56 Å		1.66 Å/pix.
x 316 pix.
= 524.56 Å		1.66 Å/pix.
x 316 pix.
= 524.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.66 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.05748941 - 0.10936084
平均 (標準偏差)-0.00003626 (±0.00499099)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ316316316
Spacing316316316
セルA=B=C: 524.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.661.661.66
M x/y/z316316316
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z524.560524.560524.560
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ969680
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS316316316
D min/max/mean-0.0570.109-0.000

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添付データ

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添付マップデータ: emd 6106 additional 1.map

ファイルemd_6106_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : rabbit skeletal muscle type 1 RyR (RyR1), EGTA-treated, bound to ...

全体名称: rabbit skeletal muscle type 1 RyR (RyR1), EGTA-treated, bound to calstabin2 (FKBP12.6)
要素
  • 試料: rabbit skeletal muscle type 1 RyR (RyR1), EGTA-treated, bound to calstabin2 (FKBP12.6)
  • タンパク質・ペプチド: Ryanodine Receptor 1
  • タンパク質・ペプチド: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B

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超分子 #1000: rabbit skeletal muscle type 1 RyR (RyR1), EGTA-treated, bound to ...

超分子名称: rabbit skeletal muscle type 1 RyR (RyR1), EGTA-treated, bound to calstabin2 (FKBP12.6)
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: heterooctamer / Number unique components: 2
分子量理論値: 3 MDa / 手法: sequence

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分子 #1: Ryanodine Receptor 1

分子名称: Ryanodine Receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RYR1 / 詳細: Closed state, EGTA treated / コピー数: 4 / 集合状態: Tetramer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: rabbit / 組織: skeletal muscle
分子量実験値: 2.2 MDa / 理論値: 2.2 MDa
配列UniProtKB: Ryanodine receptor 1
GO: intracellular calcium ion homeostasis, ryanodine-sensitive calcium-release channel activity, membrane => GO:0016020, monoatomic ion transport, transmembrane transport, calcium ion transmembrane ...GO: intracellular calcium ion homeostasis, ryanodine-sensitive calcium-release channel activity, membrane => GO:0016020, monoatomic ion transport, transmembrane transport, calcium ion transmembrane transport, monoatomic ion channel activity, calcium channel activity, calcium ion binding, protein binding
InterPro: Ryanodine receptor, SPRY domain, B30.2/SPRY domain, EF-hand domain pair, Ion transport domain

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分子 #2: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B

分子名称: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Calstabin-2, FKBP-12.6 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 10 mM HEPES, pH 7.5, 1% w/v CHAPS, 1 M NaCl, 2 mM TCEP, 5 mM EGTA, 0.25% w/v CHAPS, 0.001% w/v DOPC (Avanti)
グリッド詳細: C-flat CF-1.2/1.3-2C-T, Protochips Inc, NC
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 95 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Wait 30 seconds, blot 1.5 seconds, then plunge.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 180,000 times magnification.
詳細8 second exposure, 23 frames
日付2014年7月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 3423 / 平均電子線量: 25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 31558 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.0 µm / 倍率（公称値）: 23000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Movie frames were aligned with Dosegpu_driftcorr. Particles were picked with Arachnid Autopicker and classified and refined with Relion.
CTF補正詳細: each particle
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 46400
最終 角度割当詳細: 0.5 degree sampling
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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