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- EMDB-61049: Apo state purinergic receptor P2Y14-BRIL/PPTN/1B3 Fab-4/9Glue -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61049
タイトルApo state purinergic receptor P2Y14-BRIL/PPTN/1B3 Fab-4/9Glue
マップデータ
試料
  • 複合体: Apo state purinergic receptor P2Y14-BRIL/PPTN/1B3 Fab-4/9Glue
    • タンパク質・ペプチド: P2Y purinoceptor 14,Soluble cytochrome b562
    • タンパク質・ペプチド: Antibody 1b3 Fab Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Antibody 1b3 Fab Light chain
キーワードComplex / MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled UDP receptor activity / P2Y receptors / G protein-coupled purinergic nucleotide receptor activity / hematopoietic stem cell homeostasis / electron transport chain / G alpha (i) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding ...G protein-coupled UDP receptor activity / P2Y receptors / G protein-coupled purinergic nucleotide receptor activity / hematopoietic stem cell homeostasis / electron transport chain / G alpha (i) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding / heme binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
P2Y14 purinoceptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / P2Y purinoceptor 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wang TX / Tang WQ
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Apo state purinergic receptor P2Y14-BRIL/PPTN/1B3 Fab-4/9Glue
著者: Wang TX / Tang WQ
履歴
登録2024年8月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月6日-
マップ公開2025年8月6日-
更新2025年8月6日-
現状2025年8月6日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61049.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61049.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.24 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.24 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.32
最小 - 最大-4.5468755 - 6.271559
平均 (標準偏差)-0.001998312 (±0.070822075)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_61049_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_61049_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_61049_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Apo state purinergic receptor P2Y14-BRIL/PPTN/1B3 Fab-4/9Glue

全体名称: Apo state purinergic receptor P2Y14-BRIL/PPTN/1B3 Fab-4/9Glue
要素
  • 複合体: Apo state purinergic receptor P2Y14-BRIL/PPTN/1B3 Fab-4/9Glue
    • タンパク質・ペプチド: P2Y purinoceptor 14,Soluble cytochrome b562
    • タンパク質・ペプチド: Antibody 1b3 Fab Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Antibody 1b3 Fab Light chain

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超分子 #1: Apo state purinergic receptor P2Y14-BRIL/PPTN/1B3 Fab-4/9Glue

超分子名称: Apo state purinergic receptor P2Y14-BRIL/PPTN/1B3 Fab-4/9Glue
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: P2Y purinoceptor 14,Soluble cytochrome b562

分子名称: P2Y purinoceptor 14,Soluble cytochrome b562 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.084027 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SFVIKKPINI PDYSYRPTIG RGSMKTIIAL SYIFCLVFAH HHHHHHHHHD YKDDDDKLEV LFQGPAINST STQPPDESCS QNLLITQQI IPVLYCMVFI AGILLNGVSG WIFFYVPSSK SFIIYLKNIV IADFVMSLTF PFKILGDSGL GPWQLNVFVC R VSAVLFYV ...文字列:
SFVIKKPINI PDYSYRPTIG RGSMKTIIAL SYIFCLVFAH HHHHHHHHHD YKDDDDKLEV LFQGPAINST STQPPDESCS QNLLITQQI IPVLYCMVFI AGILLNGVSG WIFFYVPSSK SFIIYLKNIV IADFVMSLTF PFKILGDSGL GPWQLNVFVC R VSAVLFYV NMYVSIVFFG LISFDRYYKI VKPLWTSFIQ SVSYSKLLSV IVWMLMLLLA VPNIILTNQS VREVTQIKCI EL KSELGRK WHKASNYIFV AIFWIVFLLL IVFYTAITKK IFKSHADLED NWETLNDNLK VIEKADNAAQ VKDALTKMRA AAL DAQKAS GSGSPEMKDF RHGFDILVGQ IDDALKLANE GKVKEAQAAA EQLKTTRNAY IQKYLSVKKK SSRNIFSIVF VFFV CFVPY HIARIPYTKS QTEAHYSCQS KEILRYMKEF TLLLSAANVC LDPIIYFFLC QPFREILCKK LKIAALKEKI AALKE KIAA LKEAEEKRAS RLEEELRRRL TE

UniProtKB: P2Y purinoceptor 14, Soluble cytochrome b562, P2Y purinoceptor 14

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分子 #2: Antibody 1b3 Fab Heavy chain

分子名称: Antibody 1b3 Fab Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.704461 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFAMH HHHHHHHHHL EVLFQGPEIS EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFNI YYSSMHWVRQ APGKGLEWVA SISPYSGSTY YADSVKGRFT ISADTSKNTA YLQMNSLRAE DTAVYYCARP W YPWSYWSG ...文字列:
MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFAMH HHHHHHHHHL EVLFQGPEIS EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFNI YYSSMHWVRQ APGKGLEWVA SISPYSGSTY YADSVKGRFT ISADTSKNTA YLQMNSLRAE DTAVYYCARP W YPWSYWSG LDYWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQ SSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKS

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分子 #3: Antibody 1b3 Fab Light chain

分子名称: Antibody 1b3 Fab Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.768082 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFASD IQMTQSPSSL SASVGDRVTI TCRASQSVSS AVAWYQQKPG KAPKLLIYS ASSLYSGVPS RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQQ PWSWGSALIT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI F PPSDSQLK ...文字列:
MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFASD IQMTQSPSSL SASVGDRVTI TCRASQSVSS AVAWYQQKPG KAPKLLIYS ASSLYSGVPS RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQQ PWSWGSALIT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI F PPSDSQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS GNSQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV TH QGLSSPV TKSFNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 88888
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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