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万見
- EMDB-61024: ATM/Tel1 in Basal state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61024
タイトルATM/Tel1 in Basal state
マップデータ
試料
  • 細胞: Tel1
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase tel1
キーワードATM / Tel1 / MMS / Inhibited state / Kinase / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


spatial regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / positive regulation of initiation of premeiotic DNA replication / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Pexophagy / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Sensing of DNA Double Strand Breaks / Processing of DNA double-strand break ends / histone H2A kinase activity / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / mitotic DNA damage checkpoint signaling ...spatial regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / positive regulation of initiation of premeiotic DNA replication / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Pexophagy / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Sensing of DNA Double Strand Breaks / Processing of DNA double-strand break ends / histone H2A kinase activity / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / mitotic DNA damage checkpoint signaling / telomere maintenance / DNA damage checkpoint signaling / double-strand break repair / chromosome / chromosome, telomeric region / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Telomere-length maintenance and DNA damage repair / Serine/threonine-protein kinase ATM, plant / ATM, catalytic domain / Telomere-length maintenance and DNA damage repair / Telomere-length maintenance and DNA damage repair / FATC domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC / FATC domain ...Telomere-length maintenance and DNA damage repair / Serine/threonine-protein kinase ATM, plant / ATM, catalytic domain / Telomere-length maintenance and DNA damage repair / Telomere-length maintenance and DNA damage repair / FATC domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase tel1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.32 Å
データ登録者Wang P
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanisms of ATM/Tel1 kinase Activation
著者: Wang P
履歴
登録2024年7月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月2日-
マップ公開2025年4月2日-
更新2025年4月2日-
現状2025年4月2日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61024.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61024.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.42 Å/pix.
x 256 pix.
= 363.52 Å		1.42 Å/pix.
x 256 pix.
= 363.52 Å		1.42 Å/pix.
x 256 pix.
= 363.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.42 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.396
最小 - 最大-1.667398 - 3.2606602
平均 (標準偏差)0.0054664044 (±0.0895856)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 363.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61024_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61024_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tel1

全体名称: Tel1
要素
  • 細胞: Tel1
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase tel1

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超分子 #1: Tel1

超分子名称: Tel1 / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

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分子 #1: Serine/threonine-protein kinase tel1

分子名称: Serine/threonine-protein kinase tel1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 327.514094 KDa
組換発現生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
配列文字列: MTSLNDIVNK LSSSKIKTRS DALQNLRSYI IYSRNGNSLN QEDALIIEKA IKRAFELEWQ ISANHGKRQI SKASQEQKLQ DISYLLRTC VESYILLFRE PHILALLDII LRHTFTANGS ICEVVCLNFS KALRLLLSHS PHLHHLRFSD WQSLVSYCCQ A IEKLSIAE ...文字列:
MTSLNDIVNK LSSSKIKTRS DALQNLRSYI IYSRNGNSLN QEDALIIEKA IKRAFELEWQ ISANHGKRQI SKASQEQKLQ DISYLLRTC VESYILLFRE PHILALLDII LRHTFTANGS ICEVVCLNFS KALRLLLSHS PHLHHLRFSD WQSLVSYCCQ A IEKLSIAE ETYVSDSEEE PISQKNYQEI SIWKSHDVIR VKQEVVELIY VMRSLVQWYA APINFVSEQL LKFFEFFFYA YT EETDAHL PALQCLFQLC AYAIPNCNDY SASVVLLVFK ILINSDKWKR LDLRLQLIQC LAISYPLWSN SETWDPHRSI RSF NLDLLN SSFFSLKNFL NFFGKRSSLS LANFRFHTVE PKNNIAKLYD PRLHLFFSLR HNSFFESYFI YFFLAKLILL KKTV LSLAS TEQANKKQKT CSQIEELLLQ AELANISASS FSLQLMVIIT AISDNLTNDD LLSIQKMSLN FTEKKNELQS WSFFI LFNI CYNKAYSSML TTSCKKEILA AASRGLLNSV TSPVCYQILT YFNMYRPLCF ASIFPFIKQQ FILFNDYSPM LSYEAI DYW KSLYILLNEN LFVGQSSFKS VFLKWLKWHL YHLFSKEGEL PFFSFTDSSI IIFDLLMMIF YRPLSLSYIT TEIRSPF ER NLFHLKEAWS PVTLRFPYTT DEICKQSTEG CYPFNSNHTI DCDSLQNVIK MLESSIDEIS SASYDKDELD KETPSFEA V MIFSQISFLC GFLNCFIQKK GIHNVTPNNL VIFKNLFPEV LSFVKSNHSY DPIINCISTN LQFTISDEPK HLRYEIGSD LIRSTHFRDS NPLKTLVLYI MDMASKNVFI KPQEFDHDEY FSQEEEDIYR PENLIRNHQI LGLMEGSLEQ IRNTDLFILQ KYIDYFSSH PHDSLINILH LYPIETFCFG MSAIGAYFLD VARTSEPIFY KCLEILAQKI LMNYDYERDE VYLMIFIKIF Q KCVHSKLQ FTDATLKLIV KITKFIEKVF IETKFSSLSG RQTFLKFIFQ LSPTSHVYSK FDYQKLISLT LKDSDVCVIY NF VDDLVIF LKKCDKTLIE GFVLPILSIK IEKSLYKGFC YLYLTLKVFL SISSNRSALL YQLLKLANSY ETSTIFEPLL RKL HIQSAN IKQLFRIYRL EIFWSFVSKD LSNTTNDFLE FPYKPIYFSL SDFLKENSDE IILVLILTKN ITLAKLITSR MSVD FSEKY TQLIPVITTY THLSEVENKK YSLRFNSIDE ALDVELLNRS KAFLFCLEML KEVKELGSTF KSISSTSFKV YSQLT IFAN RVSFNNSTAI PFFSTKSVLW YCNRLFQELE GFSSIPSVID LVLRRLAIQL HFATDEELQV TISFRLCAFL CFSDPF ITS NYLVMIVLRI ARQLLSIPCT QSLGLGIARF HLKKFKPTDF DYFFQLAEFC MDFLGFCYNT IGTKMEAIQD FYTWFDG YV TALLNFEYEG YGFLRCQINF VRSVMTTKNE WIEVSNKLFE RGHFLKRIAM NNYLCLYFWQ VLDACPRNVL HSLSLEIW K CYKAYDITEF PDSLKLFFSD IMGWNFFKSP EIADLNHYIP KTDPRLCDTK TYEESKLIIW KLICQKACSL LFKYDILLD SFIEDCIRMF FENGNHQELR KFLNFPKDSI IYDSDFKTLV SEEGSFQWVK LQPTNFDSLS NWTKEETLKL LNMMGKSSTT HSLKLLSTY MVGFSTSIIQ YIIHLILLEF DFNGNNKKQK EYVTQLILSG LLNKNTNSIR KTCMNILLYL RRQLGHHALN P FEANYWVP INYSVAASTA YDCHLYEQSL LFLTIHNTKT DELDITLLSD ILSQLPCPDA YYGIKRETSF KNILLKAVHE KR SPLAISY LDAANMYRSN EDEGTKMMFS NTLNNAGFFS LNEFYIDSLK ANDAIDECSN EVYASAWRMQ KWDIPPLSLD NKT TKDCLV FEVLHAVHNY AIYGNYLHLE EYINKKLLLI NPNEEPDSLL FYALAYDLKF LIRCNQSQFN CDILQLLKEN KQMS SQLHE CFQLLLEIRN VLLSLLQSHK QLDLSDDLAS FRKYYILELL KISESFLIVD NLQNAFSVAM LSDALYRKFD LADEN LKHD IDFLSSKILW QRDEKIDAIG MLSESLSKTN SSIFPSISYA YLGNWLYTTK SEKTELVSKN YFEKSLSHMS HLNAKE KAK IYCMFAQFCD NNYSSPDLTE DFKRMEKLYF EKKNDIQQLE RSIVNASNMK EEKMLKNHHS REMSSFIIDE REYLRMS TF RSKMLTQSIT HYLKCLSESD ENDVLISRCC TMWLSNSHLD ELNNSLQHYL QNLPCKKFIP VFYQLAARLM NENSKFQQ S LTSICYNVGR NHPYHSLHVL FSLVSNVPEI ENLDAGSRYR AVKKILDLLK VNQGLSNLVT KLLCSFENYV SLAEWNPRS KVDSTSFSRF PGYKWFLKDA ANYGLPPITM NVKVNDTGDY SNIPTVSSFD DTIHFASGIN APKVITCLGS NGHTYKQLVK GGNDDLRQD AVMEQVFEQV NGFLRSYRKT SQRNLSMRTY KVIPLALKTG VIEWVQDTIP LGEYLDSAHK VYHPKEWSLS T CRKLIAEK QMEDLETRLK VYDLVCRHYR PVFRHFFLES YADPVQWFTT QTNYARSTAV ASVLGHVLGL GDRHGQNILI DK TSGEVIH IDLGIAFEQG KKLPVPECVP FRLTRDVVDG MGITGVEGVF RRCMEFTLET LRREEDSLLS VLEVLRYDPL FSW LISPLR RMKKQKMQLE NFNQPESGNI TTDASRDPKI QRNNVSGESE AERAILKVRQ KLSSTLSVEA SVGELIRIAQ DPSY LALMF CGWSAFQ

UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase tel1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 17894
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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