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- EMDB-60978: Cryo-EM structure of MERS-CoV S1-NTD bound with KNIH-88 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60978
タイトルCryo-EM structure of MERS-CoV S1-NTD bound with KNIH-88 Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of MERS-CoV S1-NTD bound with KNIH-88 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain from KNIH-88, monoclonal antibody
    • タンパク質・ペプチド: Light chain from KNIH-88, monoclonal antibody
キーワードmonoclonal antibody / MERS-CoV S1-NTD / KNIH-88 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Jeon H / Yoo Y / Park K / Choi K
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: J Infect Dis / 年: 2025
タイトル: A Novel Antibody Against the Non-RBD Region of Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus Spike Protein.
著者: So-Young Lee / Hye-Min Woo / Hyunbum Jeon / Na-Young Kim / Da Sol Kim / Chan Ki Park / Hyun-Joo Kim / Kyung-Chang Kim / Joo-Yeon Lee / Kunwoong Park / Youngki Yoo / Kiju Choi / Hansaem Lee /
要旨: The Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) was first identified in 2012 and has since spread worldwide. To date, no vaccines or therapeutics against MERS have been approved for ...The Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) was first identified in 2012 and has since spread worldwide. To date, no vaccines or therapeutics against MERS have been approved for clinical use. The spike (S) protein of MERS-CoV facilitates attachment and fusion with target cell membranes. Therefore, inhibiting S protein attachment represents a key therapeutic strategy for treating early MERS-CoV infection. Herein, we present seven human neutralizing antibodies (KNIH-58, -68, -72, -78, -88, -90, and -95) against MERS-CoV. KNIH-58 and -68 bound to the receptor-binding subdomain (RBD) of the spike protein, while the other five monoclonal antibodies (mAbs) did not. KNIH-88, which targets the non-RBD region, exhibited potent neutralizing activities in vitro and in a transgenic mouse model, with similar results for KNIH-58. Structural analysis of KNIH-88 bound to the spike protein revealed novel epitopes in the non-RBD region. These findings may facilitate therapeutic and prophylactic antibody development against MERS-CoV.
履歴
登録2024年7月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月30日-
マップ公開2025年4月30日-
更新2025年4月30日-
現状2025年4月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60978.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60978.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.75 Å/pix.
x 400 pix.
= 298.04 Å		0.75 Å/pix.
x 400 pix.
= 298.04 Å		0.75 Å/pix.
x 400 pix.
= 298.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.7451 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0547
最小 - 最大-0.47531694 - 0.6780739
平均 (標準偏差)0.00013574833 (±0.009418999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 298.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_60978_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60978_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60978_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of MERS-CoV S1-NTD bound with KNIH-88 Fab

全体名称: Cryo-EM structure of MERS-CoV S1-NTD bound with KNIH-88 Fab
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of MERS-CoV S1-NTD bound with KNIH-88 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain from KNIH-88, monoclonal antibody
    • タンパク質・ペプチド: Light chain from KNIH-88, monoclonal antibody

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超分子 #1: Cryo-EM structure of MERS-CoV S1-NTD bound with KNIH-88 Fab

超分子名称: Cryo-EM structure of MERS-CoV S1-NTD bound with KNIH-88 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
分子量理論値: 39.307207 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MIHSVFLLMF LLTPTESYVD VGPDSVKSAC IEVDIQQTFF DKTWPRPIDV SKADGIIYPQ GRTYSNITIT YQGLFPYQGD HGDMYVYSA GHATGTTPQK LFVANYSQDV KQFANGFVVR IGAAANSTGT VIISPSTSAT IRKIYPAFML GSSVGNFSDG K MGRFFNHT ...文字列:
MIHSVFLLMF LLTPTESYVD VGPDSVKSAC IEVDIQQTFF DKTWPRPIDV SKADGIIYPQ GRTYSNITIT YQGLFPYQGD HGDMYVYSA GHATGTTPQK LFVANYSQDV KQFANGFVVR IGAAANSTGT VIISPSTSAT IRKIYPAFML GSSVGNFSDG K MGRFFNHT LVLLPDGCGT LLRAFYCILE PRSGNHCPAG NSYTSFATYH TPATDCSDGN YNRNASLNSF KEYFNLRNCT FM YTYNITE DEILEWFGIT QTAQGVHLFS SRYVDLYGGN MFQFATLPVY DTIKYYSIIP HSIRSIQSDR KAWAAFYVYK LQP LTFLLD FSVDGYIRRA IDCGFNDLSQ LHCS

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: Heavy chain from KNIH-88, monoclonal antibody

分子名称: Heavy chain from KNIH-88, monoclonal antibody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.800584 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGG LIQPGGSLRL SCAASGFTVI DYYMTWVRQA PGKGLEWVSV IYAGGSTYYA DSVKGRFTVS RDYSRNTLYL QMNSLKAED TAVYYCTRDY LAAGGLWGQG ALVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS G ALTSGVHT ...文字列:
EVQLVESGGG LIQPGGSLRL SCAASGFTVI DYYMTWVRQA PGKGLEWVSV IYAGGSTYYA DSVKGRFTVS RDYSRNTLYL QMNSLKAED TAVYYCTRDY LAAGGLWGQG ALVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS G ALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKKVEP

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分子 #3: Light chain from KNIH-88, monoclonal antibody

分子名称: Light chain from KNIH-88, monoclonal antibody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.218848 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EIVLTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQGIR NNLAWYQQKP GQVPELLIYG ASNLKPGVPS RFSGSASGTD FTLTISSMQP EDVATYYCQ KYDSAPLTFG GGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
EIVLTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQGIR NNLAWYQQKP GQVPELLIYG ASNLKPGVPS RFSGSASGTD FTLTISSMQP EDVATYYCQ KYDSAPLTFG GGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1235152
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 150340
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5x4r

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9ixv:
Cryo-EM structure of MERS-CoV S1-NTD bound with KNIH-88 Fab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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