EMDB-60969: Raw consensus map of Lactobacillus casei DdmDE bound with DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-60969

タイトル

Raw consensus map of Lactobacillus casei DdmDE bound with DNA

マップデータ

試料

複合体: Lactobacillus casei DdmDE bound with DNA

キーワード

Ago / DNA BINDING PROTEIN / Helicase / Nuclease

生物種

Lacticaseibacillus (バクテリア)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å

データ登録者

Huang PP / Chen MR / Xiao YB

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Res / 年: 2024
タイトル: The mechanism of bacterial defense system DdmDE from Lactobacillus casei.
著者: Pingping Huang / Purui Yan / Lijie Guo / Wenying Fei / Zhaoxing Li / Jingxian Liu / Jianping Kong / Yue Yao / Meiling Lu / Yibei Xiao / Meirong Chen /

履歴

登録	2024年7月28日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年1月1日	-
マップ公開	2025年1月1日	-
更新	2025年1月1日	-
現状	2025年1月1日	処理サイト: PDBc / 状態: 公開

添付画像	emd_60969.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_60969.map.gz	108.5 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-60969-v30.xml emd-60969.xml	12.1 KB 12.1 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_60969_fsc.xml	12.8 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_60969.png	76.4 KB
Filedesc metadata	emd-60969.cif.gz	3.8 KB
その他	emd_60969_half_map_1.map.gz emd_60969_half_map_2.map.gz	200.3 MB 200.3 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-60969 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-60969	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_60969_validation.pdf.gz	1 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_60969_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	emd_60969_validation.xml.gz	21.8 KB	表示
CIF形式データ	emd_60969_validation.cif.gz	28 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-60969 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-60969	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	60944C 60964C 60967C 60968C 60973C 9iw3C 9ix4C 9ixmC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_60969.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.93 Å/pix. x 384 pix. = 357.888 Å	0.93 Å/pix. x 384 pix. = 357.888 Å	0.93 Å/pix. x 384 pix. = 357.888 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.932 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.12
最小 - 最大	-0.3300582 - 0.60420954
平均 (標準偏差)	0.0008508762 (±0.014140205)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_60969_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_60969_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Lactobacillus casei DdmDE bound with DNA

全体	名称: Lactobacillus casei DdmDE bound with DNA
要素	複合体: Lactobacillus casei DdmDE bound with DNA

-
超分子 #1: Lactobacillus casei DdmDE bound with DNA

超分子	名称: Lactobacillus casei DdmDE bound with DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)	生物種: Lacticaseibacillus (バクテリア)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 45.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 94045
初期角度割当	タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終角度割当	タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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