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- EMDB-60964: Cryo-EM structure of Lactobacillus casei DdmD dimer bound with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60964
タイトルCryo-EM structure of Lactobacillus casei DdmD dimer bound with DNA
マップデータ
試料
  • 複合体: Lactobacillus casei DdmD bound with DNA substrate
    • タンパク質・ペプチド: DdmD
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*CP*C)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*CP*C)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードAgo / DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Lacticaseibacillus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Huang PP / Chen MR / Xiao YB
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2024
タイトル: The mechanism of bacterial defense system DdmDE from Lactobacillus casei.
著者: Pingping Huang / Purui Yan / Lijie Guo / Wenying Fei / Zhaoxing Li / Jingxian Liu / Jianping Kong / Yue Yao / Meiling Lu / Yibei Xiao / Meirong Chen /
履歴
登録2024年7月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月1日-
マップ公開2025年1月1日-
更新2025年1月1日-
現状2025年1月1日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60964.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60964.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 384 pix.
= 357.888 Å		0.93 Å/pix.
x 384 pix.
= 357.888 Å		0.93 Å/pix.
x 384 pix.
= 357.888 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.932 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11
最小 - 最大-0.37636355 - 0.7530811
平均 (標準偏差)0.00030791762 (±0.017146422)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 357.888 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60964_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_60964_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Lactobacillus casei DdmD bound with DNA substrate

全体名称: Lactobacillus casei DdmD bound with DNA substrate
要素
  • 複合体: Lactobacillus casei DdmD bound with DNA substrate
    • タンパク質・ペプチド: DdmD
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*CP*C)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*CP*C)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: Lactobacillus casei DdmD bound with DNA substrate

超分子名称: Lactobacillus casei DdmD bound with DNA substrate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Lacticaseibacillus (バクテリア)

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分子 #1: DdmD

分子名称: DdmD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Sequence reference for Lacticaseibacillus (2759736) is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt ID A0A5R8LS59.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lacticaseibacillus (バクテリア)
分子量理論値: 137.294719 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MQVSDFSGMI KKLQSQSPEH ALMLLNAPTG TGKSYTIIRA LCRYAIKHEN FRAFFVTDQK KNLKEQDFEV AWREESGAVH KAFSERVAV VRSLEDTVNK LINDWDRQQI PDLYRSSPIF KKSLENLGNA FKSFGMMKEN EFDLKNAWTM LSRAEYQVRR A MITILADK ...文字列:
MQVSDFSGMI KKLQSQSPEH ALMLLNAPTG TGKSYTIIRA LCRYAIKHEN FRAFFVTDQK KNLKEQDFEV AWREESGAVH KAFSERVAV VRSLEDTVNK LINDWDRQQI PDLYRSSPIF KKSLENLGNA FKSFGMMKEN EFDLKNAWTM LSRAEYQVRR A MITILADK AHVKLKNISE AGASAFKLDS ISKGKIREFV SKQPKADSKW LNETYPTFDL EKKQIIILTT AKFIKSYTPF FE KRSKAFR YSPILKDALV VLDEFDSTKK QILESAIDEA LKIQADLNSL FVDLSKGLNK VNEGQLPAKL GKSFTFRDAF KEI LNDAEQ LTAEFKLDFL YKMEEQGRDS GFVMRVPQTN WVSVGKPWNA YFDEELRQVV LGRQPRNDLN FQRMLPRISV FLKG ATKFI LNRAREYQVS ENQKLSSLDD AMTIEDACFS IYAALGLSKS QAKILFSLGH DFSSPTKVKT TYHAHSGRRF QQRGL SLFQ FTNDPQHDLQ TKINACFFNE TPERYLLNLL SKANVLGLSA TATLPTVLDN YDLGYLREML GPRLLDGVHY LSDTTI KEF DFESRYAKQK IEVKVETGIV DRFFSEILPK NNQKIDNKKI WELDAELAKL VNCIPASEQS RIDKKYFARR YLNLFNS FV IFLTDPSMTS FLGLQSLLPG ADGRMDENYI KETFTTLKDL VGGQDGVNTE LRIVSSRNQE GIQEQLSEAL NLVSQGGK R VYILSAYQTI GIGQNLQHEM NEFEREQAAN IAPKGVSKSD RRQHTIDLAG MYLGEVTHIL SSNLPFRMDA AGLRSIIEQ EYLFDANEIN IKYLNKYLKG LQHQRLERHP EYARSLYVSY SRTIIQALGR MNRSFNKMPL IRLVMPVNVL QMVTDSGIDV EKTSQEYRC LLTAAKDWER DFEKPSAEIA KQNATFNTFR DYRFVLAYLQ TSKSWAQIYH DTRWFYVRHP TVSDKDLKSS Q VFQQRDDE FGLQYLLNEH LDVSYEVKPI NHDNGQFDFS GTGMEVSAEA AGLVAMCRYP GLKEAFESLD IPTKWEPNER IL NPAQFYN YRGLLGEVSG QFIFQNEWSL KLADFGKPEN YELFDFHWEG KVVIDFKNWR DAPDVDTKAE RQKVEAKLAK LQA NTQREW RVIIINILAS NQTRPVMTVD GKILEISGLI DHQGKFLLTP EQKLNVWRFL NGTAVNDSND TIRLQN

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #2: DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*CP*C)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*CP*C)-3')
タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Lacticaseibacillus (バクテリア)
分子量理論値: 3.965609 KDa
配列文字列:
(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DC)(DC)

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分子 #3: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*CP*C)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*CP*C)-3') / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Lacticaseibacillus (バクテリア)
分子量理論値: 3.661416 KDa
配列文字列:
(DA)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DC)(DC)

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分子 #4: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3') / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Lacticaseibacillus (バクテリア)
分子量理論値: 3.08711 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)

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分子 #5: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 122811
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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