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万見
- EMDB-6095: Electron cryo-tomography of flagellar motor from Borrelia burgdor... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6095
タイトルElectron cryo-tomography of flagellar motor from Borrelia burgdorferi (FlgE mutant)
マップデータReconstruction of mutant of Borrelia burgdorferi flagellar motor (FlgE mutant)
試料
  • 試料: Flagellar motor mutant from Borrelia burgdorferi (FlgE mutant)
  • 細胞器官・細胞要素: flagellar motor
キーワードFlgE / type III secretion / flagellar motor / Borrelia burgdorferi / assembly
生物種Borrelia burgdorferi (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 43.0 Å
データ登録者Tu JG / Zhao XW / Manne A / Lees K / Yerke A / Zhang K / Li CH / Norris SJ / Motaleb MA / Liu J
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular architecture and secretion mechanism of the flagellar type III secretion machine in Borrelia burgdorferi
著者: Tu JG / Zhao XW / Manne A / Lees K / Yerke A / Zhang K / Li CH / Norris SJ / Motaleb MA / Liu J
履歴
登録2014年9月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年10月8日-
マップ公開2015年9月30日-
更新2015年9月30日-
現状2015年9月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.57
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.57
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6095.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6095.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of mutant of Borrelia burgdorferi flagellar motor (FlgE mutant)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.6 Å/pix.
x 256 pix.
= 1433.6 Å		5.6 Å/pix.
x 256 pix.
= 1433.6 Å		5.6 Å/pix.
x 256 pix.
= 1433.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.57 / ムービー #1: 1.57
最小 - 最大-16.92537308 - 16.513265610000001
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 1433.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.65.65.6
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1433.6001433.6001433.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-128-128-128
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-16.92516.5130.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Flagellar motor mutant from Borrelia burgdorferi (FlgE mutant)

全体名称: Flagellar motor mutant from Borrelia burgdorferi (FlgE mutant)
要素
  • 試料: Flagellar motor mutant from Borrelia burgdorferi (FlgE mutant)
  • 細胞器官・細胞要素: flagellar motor

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超分子 #1000: Flagellar motor mutant from Borrelia burgdorferi (FlgE mutant)

超分子名称: Flagellar motor mutant from Borrelia burgdorferi (FlgE mutant)
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: flagellar motor

超分子名称: flagellar motor / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Borrelia burgdorferi (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
日付2013年1月12日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 倍率（公称値）: 31000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -64 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 64 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 43.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, Protomo / 使用したサブトモグラム数: 716

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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