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万見
- EMDB-60924: Cryo-EM structure of AbA-bound Aur1-Kei1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60924
タイトルCryo-EM structure of AbA-bound Aur1-Kei1 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Aur1-Kei1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Inositol phosphorylceramide synthase catalytic subunit AUR1
    • タンパク質・ペプチド: Inositol phosphorylceramide synthase regulatory subunit KEI1
    • タンパク質・ペプチド: Aureobasidin A
キーワードInhibitor / Complex / Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol phosphorylceramide synthase / mannosyl diphosphorylinositol ceramide metabolic process / inositol phosphoceramide synthase activity / inositol phosphoceramide synthase complex / inositol phosphoceramide synthase regulator activity / inositol phosphoceramide metabolic process / sphingolipid biosynthetic process / Golgi cisterna membrane / Golgi membrane / endoplasmic reticulum ...inositol phosphorylceramide synthase / mannosyl diphosphorylinositol ceramide metabolic process / inositol phosphoceramide synthase activity / inositol phosphoceramide synthase complex / inositol phosphoceramide synthase regulator activity / inositol phosphoceramide metabolic process / sphingolipid biosynthetic process / Golgi cisterna membrane / Golgi membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inositolphosphorylceramide synthase subunit Kei1 / Inositolphosphotransferase Aur1/Ipt1 / : / Inositolphosphorylceramide synthase subunit Kei1 / PAP2 superfamily / Acid phosphatase homologues / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Inositol phosphorylceramide synthase catalytic subunit AUR1 / Inositol phosphorylceramide synthase regulatory subunit KEI1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / Aureobasidium pullulans R106 (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Xie T / Wu X / Gong X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Mechanisms of aureobasidin A inhibition and drug resistance in a fungal IPC synthase complex.
著者: Xinyue Wu / Xin Gong / Tian Xie /
要旨: The enzyme inositol phosphorylceramide (IPC) synthase is essential for survival and virulence in fungi, while absent in mammals, thus representing a potential target for antifungal treatments. ...The enzyme inositol phosphorylceramide (IPC) synthase is essential for survival and virulence in fungi, while absent in mammals, thus representing a potential target for antifungal treatments. Aureobasidin A (AbA), a natural cyclic peptide, displays antifungal activity and inhibits IPC synthase, but the precise molecular mechanism remains unclear. Here, we present the cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae IPC synthase, composed of catalytic subunit Aur1 and regulatory subunit Kei1, in its AbA-bound state. The complex is resolved as a dimer of Aur1-Kei1 heterodimers, with Aur1 mediating homodimerization. AbA occupies a predominantly hydrophobic pocket in the catalytic core domain of each Aur1 subunit, blocking the entry of both substrates. Mutations conferring AbA resistance cluster near the AbA-binding site, thus interfering with AbA binding. Our study lays a foundation for the development of therapeutic drugs targeting fungal IPC synthase.
履歴
登録2024年7月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月18日-
マップ公開2025年6月18日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60924.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60924.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 343.04 Å		1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 343.04 Å		1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 343.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.072 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.37
最小 - 最大-2.518743 - 3.3651314
平均 (標準偏差)-0.0011119796 (±0.06186317)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 343.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60924_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60924_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Aur1-Kei1 complex

全体名称: Aur1-Kei1 complex
要素
  • 複合体: Aur1-Kei1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Inositol phosphorylceramide synthase catalytic subunit AUR1
    • タンパク質・ペプチド: Inositol phosphorylceramide synthase regulatory subunit KEI1
    • タンパク質・ペプチド: Aureobasidin A

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超分子 #1: Aur1-Kei1 complex

超分子名称: Aur1-Kei1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)

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分子 #1: Inositol phosphorylceramide synthase catalytic subunit AUR1

分子名称: Inositol phosphorylceramide synthase catalytic subunit AUR1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: inositol phosphorylceramide synthase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 49.956934 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASGHSAWSH PQFEKGGGSG GGSGGSAWSH PQFEKVGSDE VDAGSSGRMA NPFSRWFLSE RPPNCHVADL ETSLDPHQTL LKVQKYKPA LSDWVHYIFL GSIMLFVFIT NPAPWIFKIL FYCFLGTLFI IPATSQFFFN ALPILTWVAL YFTSSYFPDD R RPPITVKV ...文字列:
MASGHSAWSH PQFEKGGGSG GGSGGSAWSH PQFEKVGSDE VDAGSSGRMA NPFSRWFLSE RPPNCHVADL ETSLDPHQTL LKVQKYKPA LSDWVHYIFL GSIMLFVFIT NPAPWIFKIL FYCFLGTLFI IPATSQFFFN ALPILTWVAL YFTSSYFPDD R RPPITVKV LPAVETILYG DNLSDILATS TNSFLDILAW LPYGLFHFGA PFVVAAILFV FGPPTVLQGY AFAFGYMNLF GV IMQNVFP AAPPWYKILY GLQSANYDMH GSPGGLARID KLLGINMYTT AFSNSSVIFG AFPSLHSGCA TMEALFFCYC FPK LKPLFI AYVCWLWWST MYLTHHYFVD LMAGSVLSYV IFQYTKYTHL PIVDTSLFCR WSYTSIEKYD ISKSDPLAAD SNDI ESVPL SNLELDFDLN MTDEPSVSPS LFDGSTSVSR SSATSITSLG VKRA

UniProtKB: Inositol phosphorylceramide synthase catalytic subunit AUR1

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分子 #2: Inositol phosphorylceramide synthase regulatory subunit KEI1

分子名称: Inositol phosphorylceramide synthase regulatory subunit KEI1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 27.777113 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MADYKDDDDK SGPDEVDASG RMRSSLLTLP KSFLGFMPLY LAVEIVLGIS ILNKCSGAYG ILALFTGHPL DFMQWIAYLW SVFTLIVFS QGLYLIHKPN LLVFSQICVL YTIDTISTCF FTLWFTTQWF TLEDTANIDG NNALQSNPIS TGKLTERGID I SKQSATES ...文字列:
MADYKDDDDK SGPDEVDASG RMRSSLLTLP KSFLGFMPLY LAVEIVLGIS ILNKCSGAYG ILALFTGHPL DFMQWIAYLW SVFTLIVFS QGLYLIHKPN LLVFSQICVL YTIDTISTCF FTLWFTTQWF TLEDTANIDG NNALQSNPIS TGKLTERGID I SKQSATES YEYTMTILIT LVSLIFRFYF NFILASFVQE LLHHPKYLVD RDDVEQNLKN KPIWKRLWAK SQKGCYKLCK NL LE

UniProtKB: Inositol phosphorylceramide synthase regulatory subunit KEI1

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分子 #3: Aureobasidin A

分子名称: Aureobasidin A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aureobasidium pullulans R106 (菌類)
分子量理論値: 1.119435 KDa
配列文字列:
(IIL)(MVA)L(A1L3I)(A1L3J)(MVA)F(MEA)P

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 186487
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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