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- EMDB-60898: cryo-EM structure of FtsE/X and ZipA complex in filament -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60898
タイトルcryo-EM structure of FtsE/X and ZipA complex in filament
マップデータ
試料
  • 複合体: complex of FtsE/X-ZipA in filament
    • タンパク質・ペプチド: Cell division protein ZipA
    • タンパク質・ペプチド: Cell division ATP-binding protein FtsE
    • タンパク質・ペプチド: Cell division protein FtsX
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
キーワードcell division / division filament / FtsE/X / ZipA / CELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


division septum / divisome complex / Gram-negative-bacterium-type cell wall / signal recognition particle binding / peptidoglycan turnover / plasma membrane protein complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site ...division septum / divisome complex / Gram-negative-bacterium-type cell wall / signal recognition particle binding / peptidoglycan turnover / plasma membrane protein complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / ATPase complex / positive regulation of cell division / cell division / GTPase activity / GTP binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ZipA, C-terminal FtsZ-binding domain / Cell division protein ZipA / ZipA, C-terminal FtsZ-binding domain superfamily / ZipA, C-terminal FtsZ-binding domain / ZipA, C-terminal domain (FtsZ-binding) / : / Cell division protein FtsE, ATP-binding / Cell division protein FtsX / FtsX, extracellular domain / FtsX extracellular domain ...ZipA, C-terminal FtsZ-binding domain / Cell division protein ZipA / ZipA, C-terminal FtsZ-binding domain superfamily / ZipA, C-terminal FtsZ-binding domain / ZipA, C-terminal domain (FtsZ-binding) / : / Cell division protein FtsE, ATP-binding / Cell division protein FtsX / FtsX, extracellular domain / FtsX extracellular domain / Signal-recognition particle receptor FtsY / MacB, ATP-binding domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division protein FtsX / Cell division protein ZipA / Cell division ATP-binding protein FtsE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhu KF / Li JW / Luo M
資金援助 シンガポール, 1件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: cryo-EM structure of FtsE/X and ZipA complex in filament
著者: Zhu KF / Li JW / Luo M
履歴
登録2024年7月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月23日-
マップ公開2025年7月23日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60898.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60898.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 512 pix.
= 542.72 Å		1.06 Å/pix.
x 512 pix.
= 542.72 Å		1.06 Å/pix.
x 512 pix.
= 542.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.123
最小 - 最大-0.84669983 - 1.7637507
平均 (標準偏差)0.0003754357 (±0.024354419)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 542.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60898_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60898_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : complex of FtsE/X-ZipA in filament

全体名称: complex of FtsE/X-ZipA in filament
要素
  • 複合体: complex of FtsE/X-ZipA in filament
    • タンパク質・ペプチド: Cell division protein ZipA
    • タンパク質・ペプチド: Cell division ATP-binding protein FtsE
    • タンパク質・ペプチド: Cell division protein FtsX
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

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超分子 #1: complex of FtsE/X-ZipA in filament

超分子名称: complex of FtsE/X-ZipA in filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)

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分子 #1: Cell division protein ZipA

分子名称: Cell division protein ZipA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
分子量理論値: 36.517199 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MMQDLRLILI IVGAIAIIAL LVHGFWTSRK ERSSMFRDRP LKRMKSKRDD DSYDEDVEDD EGVGEVRVHR VNHAPANAQE HEAARPSPQ HQYQPPYASA QPRQPVQQPP EAQVPPQHAP HPAQPVQQPA YQPQPEQPLQ QPVSPQVAPA PQPVHSAPQP A QQAFQPAE ...文字列:
MMQDLRLILI IVGAIAIIAL LVHGFWTSRK ERSSMFRDRP LKRMKSKRDD DSYDEDVEDD EGVGEVRVHR VNHAPANAQE HEAARPSPQ HQYQPPYASA QPRQPVQQPP EAQVPPQHAP HPAQPVQQPA YQPQPEQPLQ QPVSPQVAPA PQPVHSAPQP A QQAFQPAE PVAAPQPEPV AEPAPVMDKP KRKEAVIIMN VAAHHGSELN GELLLNSIQQ AGFIFGDMNI YHRHLSPDGS GP ALFSLAN MVKPGTFDPE MKDFTTPGVT IFMQVPSYGD ELQNFKLMLQ SAQHIADEVG GVVLDDQRRM MTPQKLREYQ DII REVKDA NA

UniProtKB: Cell division protein ZipA

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分子 #2: Cell division ATP-binding protein FtsE

分子名称: Cell division ATP-binding protein FtsE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
分子量理論値: 24.832695 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SGLVMIRFEH VSKAYLGGRQ ALQGVTFHMQ PGEMAFLTGH SGAGKSTLLK LICGIERPSA GKIWFSGHDI TRLKNREVPF LRRQIGMIF QDHHLLMDRT VYDNVAIPLI IAGASGDDIR RRVSAALDKV GLLDKAKNFP IQLSGGEQQR VGIARAVVNK P AVLLADEP ...文字列:
SGLVMIRFEH VSKAYLGGRQ ALQGVTFHMQ PGEMAFLTGH SGAGKSTLLK LICGIERPSA GKIWFSGHDI TRLKNREVPF LRRQIGMIF QDHHLLMDRT VYDNVAIPLI IAGASGDDIR RRVSAALDKV GLLDKAKNFP IQLSGGEQQR VGIARAVVNK P AVLLADEP TGNLDDALSE GILRLFEEFN RVGVTVLMAT HDINLISRRS YRMLTLSDGH LHGGVGHE

UniProtKB: Cell division ATP-binding protein FtsE

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分子 #3: Cell division protein FtsX

分子名称: Cell division protein FtsX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
分子量理論値: 38.5835 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MNKRDAINHI RQFGGRLDRF RKSVGGSGDG GRNAPKRAKS SPKPVNRKTN VFNEQVRYAF HGALQDLKSK PFATFLTVMV IAISLTLPS VCYMVYKNVN QAATQYYPSP QITVYLQKTL DDDAAAGVVA QLQAEQGVEK VNYLSREDAL GEFRNWSGFG G ALDMLEEN ...文字列:
MNKRDAINHI RQFGGRLDRF RKSVGGSGDG GRNAPKRAKS SPKPVNRKTN VFNEQVRYAF HGALQDLKSK PFATFLTVMV IAISLTLPS VCYMVYKNVN QAATQYYPSP QITVYLQKTL DDDAAAGVVA QLQAEQGVEK VNYLSREDAL GEFRNWSGFG G ALDMLEEN PLPAVAVVIP KLDFQGTESL NTLRDRITQI NGIDEVRMDD SWFARLAALT GLVGRVSAMI GVLMVAAVFL VI GNSVRLS IFARRDSINV QKLIGATDGF ILRPFLYGGA LLGFSGALLS LILSEILVLR LSSAVAEVAQ VFGTKFDING LSF DECLLL LLVCSMIGWV AAWLATVQHL RHFTPE

UniProtKB: Cell division protein FtsX

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分子 #4: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 18 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#0 - 平均電子線量: 40.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#1 - 平均電子線量: 36.65 e/Å2 / #2 - Image recording ID: 3
#2 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#2 - 平均電子線量: 36.65 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析 #1

Image processing ID1
Image recording ID1
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8w6i

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 194215
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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画像解析 #2

Image processing ID2
Image recording ID2
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8w6i

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 194215

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画像解析 #3

Image processing ID3
Image recording ID3
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8w6i

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 194215

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画像解析 #4

Image processing ID4
Image recording ID1
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8w6i

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 194215
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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