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万見
- EMDB-60832: CryoEM structure of Plant-Complex-C-5b -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60832
タイトルCryoEM structure of Plant-Complex-C-5b
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of plant c5b
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 6b
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 5b
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 2
  • リガンド: ZINC ION
キーワードcomplex / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of photomorphogenesis / regulation of L-ascorbic acid biosynthetic process / response to absence of light / COP9 signalosome assembly / red, far-red light phototransduction / response to jasmonic acid / response to auxin / protein deneddylation / embryo development ending in seed dormancy / COP9 signalosome ...negative regulation of photomorphogenesis / regulation of L-ascorbic acid biosynthetic process / response to absence of light / COP9 signalosome assembly / red, far-red light phototransduction / response to jasmonic acid / response to auxin / protein deneddylation / embryo development ending in seed dormancy / COP9 signalosome / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / hyperosmotic response / response to light stimulus / response to salt stress / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / protein catabolic process / metalloendopeptidase activity / positive regulation of protein catabolic process / metallopeptidase activity / protein-containing complex assembly / protein-containing complex / proteolysis / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
COP9 signalosome, subunit CSN8 / : / COP9 signalosome complex subunit 3, N-terminal helical repeats / COP9 signalosome subunit 6 / : / COP9 signalosome complex subunit 1, C-terminal helix / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M eIF3m/COP9 signalosome complex subunit 7 COPS7 / : ...COP9 signalosome, subunit CSN8 / : / COP9 signalosome complex subunit 3, N-terminal helical repeats / COP9 signalosome subunit 6 / : / COP9 signalosome complex subunit 1, C-terminal helix / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M eIF3m/COP9 signalosome complex subunit 7 COPS7 / : / : / : / PSMD12/CSN4, N-terminal / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7/COP9 signalosome complex subunit 1 / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7, N-terminal / 26S proteasome subunit RPN7 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 12/COP9 signalosome complex subunit 4 / PCI/PINT associated module / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / : / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COP9 signalosome complex subunit 8 / COP9 signalosome complex subunit 1 / COP9 signalosome complex subunit 4 / COP9 signalosome complex subunit 6b / COP9 signalosome complex subunit 2 / COP9 signalosome complex subunit 3 / COP9 signalosome complex subunit 7 / COP9 signalosome complex subunit 5b
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Wang JZ / Zhao J / Li XH / Xu B
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271253 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Plant protein complex CC5b
著者: Wang JZ / Zhao J / Li XH / Xu B
履歴
登録2024年7月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月23日-
マップ公開2025年7月23日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60832.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60832.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0862
最小 - 最大-0.41447902 - 0.68721133
平均 (標準偏差)0.000574599 (±0.019450014)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 272.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60832_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_60832_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of plant c5b

全体名称: Complex of plant c5b
要素
  • 複合体: Complex of plant c5b
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 6b
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 5b
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 2
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Complex of plant c5b

超分子名称: Complex of plant c5b / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

+
分子 #1: COP9 signalosome complex subunit 1

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 50.650867 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MERDEEASGP MMEMCTNGGE ETSNRRPIIS GEPLDIEAYA ALYKGRTKIM RLLFIANHCG GNHALQFDAL RMAYDEIKKG ENTQLFREV VNKIGNRLGE KYGMDLAWCE AVDRRAEQKK VKLENELSSY RTNLIKESIR MGYNDFGDFY YACGMLGDAF K NYIRTRDY ...文字列:
MERDEEASGP MMEMCTNGGE ETSNRRPIIS GEPLDIEAYA ALYKGRTKIM RLLFIANHCG GNHALQFDAL RMAYDEIKKG ENTQLFREV VNKIGNRLGE KYGMDLAWCE AVDRRAEQKK VKLENELSSY RTNLIKESIR MGYNDFGDFY YACGMLGDAF K NYIRTRDY CTTTKHIIHM CMNAILVSIE MGQFTHVTSY VNKAEQNPET LEPMVNAKLR CASGLAHLEL KKYKLAARKF LD VNPELGN SYNEVIAPQD IATYGGLCAL ASFDRSELKQ KVIDNINFRN FLELVPDVRE LINDFYSSRY ASCLEYLASL KSN LLLDIH LHDHVDTLYD QIRKKALIQY TLPFVSVDLS RMADAFKTSV SGLEKELEAL ITDNQIQARI DSHNKILYAR HADQ RNATF QKVLQMGNEF DRDVRAMLLR ANLLKHEYHA RSARKL

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 1

+
分子 #2: COP9 signalosome complex subunit 8

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 22.573637 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDLSPVKEAL AAKSFDKIAD ICDTLMLQVA SEGIEYHDDW PYAIHLLGYF YVDDCDSARF LWKRIPTAIK ERKPEVVAAW GIGQKLWTH DYAGVYEAIR GYDWSQEAKD MVAAFSDLYT KRMFQLLLSA YSTITIHDLA LFLGMTEDDA TTYVVENGWT V DAASQMAS ...文字列:
MDLSPVKEAL AAKSFDKIAD ICDTLMLQVA SEGIEYHDDW PYAIHLLGYF YVDDCDSARF LWKRIPTAIK ERKPEVVAAW GIGQKLWTH DYAGVYEAIR GYDWSQEAKD MVAAFSDLYT KRMFQLLLSA YSTITIHDLA LFLGMTEDDA TTYVVENGWT V DAASQMAS VKKQAVKREQ KVDSSKLQRL TEYVFHLEH

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 8

+
分子 #3: COP9 signalosome complex subunit 7

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 29.508859 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDIEQKQAEI IDQLVKRAST CKSEALGPLI IEATSHPSLF AFSEILALPN VAQLEGTTDS VYLDLLRLFA HGTWGDYKCN ATRLPHLSP DQILKLKQLT VLTLAESNKV LPYDTLMVEL DVSNVRELED FLINECMYAG IVRGKLDQLK RCFEVPFAAG R DLRPGQLG ...文字列:
MDIEQKQAEI IDQLVKRAST CKSEALGPLI IEATSHPSLF AFSEILALPN VAQLEGTTDS VYLDLLRLFA HGTWGDYKCN ATRLPHLSP DQILKLKQLT VLTLAESNKV LPYDTLMVEL DVSNVRELED FLINECMYAG IVRGKLDQLK RCFEVPFAAG R DLRPGQLG NMLHTLSNWL NTSENLLISI QDKIKWADNM SEMDKKHRKE AEEGVEEVKK SLSMKGDVDI RGNKEMFGEP SG VMDYEED GIRPKRRRHP VTR

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 7

+
分子 #4: COP9 signalosome complex subunit 6b

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 6b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 35.44634 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAPSSSSGLT FKLHPLVMLN ISDHFTRVKT QLNPPAASCA TGNGSNNADA MLLQNPRVYG CVIGLQRGRT VEIFNSFELI FDPALDTLD RSFLEKKQEL YKKVFPDFYV LGWYSTGSDA TESDMHIHKA LMDINESPVY VLLNPAINHA QKDLPVTIYE S EFHVIDGI ...文字列:
MAPSSSSGLT FKLHPLVMLN ISDHFTRVKT QLNPPAASCA TGNGSNNADA MLLQNPRVYG CVIGLQRGRT VEIFNSFELI FDPALDTLD RSFLEKKQEL YKKVFPDFYV LGWYSTGSDA TESDMHIHKA LMDINESPVY VLLNPAINHA QKDLPVTIYE S EFHVIDGI PQSIFVHTSY TIETVEAERI SVDHVAHLKP SDGGSAATQL AAHLTGIHSA IKMLNSRIRV LYQHIVAMQK GD KPCENSV LRQVSSLLRS LPAAESEKFN ENFLMEYNDK LLMSYLAMIT NCTSNMNEVV DKFNTAYDKH SRRGGRTAFM

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 6b

+
分子 #5: COP9 signalosome complex subunit 5b

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 5b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 40.361953 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MEGSSSTIAR KTWELENSIL TVDSPDSTSD NIFYYDDTSQ TRFQQEKPWE NDPHYFKRVK ISALALLKMV VHARSGGTIE IMGLMQGKT DGDTIIVMDA FALPVEGTET RVNAQDDAYE YMVEYSQTNK LAGRLENVVG WYHSHPGYGC WLSGIDVSTQ R LNQQHQEP ...文字列:
MEGSSSTIAR KTWELENSIL TVDSPDSTSD NIFYYDDTSQ TRFQQEKPWE NDPHYFKRVK ISALALLKMV VHARSGGTIE IMGLMQGKT DGDTIIVMDA FALPVEGTET RVNAQDDAYE YMVEYSQTNK LAGRLENVVG WYHSHPGYGC WLSGIDVSTQ R LNQQHQEP FLAVVIDPTR TVSAGKVEIG AFRTYSKGYK PPDEPVSEYQ TIPLNKIEDF GVHCKQYYSL DVTYFKSSLD SH LLDLLWN KYWVNTLSSS PLLGNGDYVA GQISDLAEKL EQAESHLVQS RFGGVVPSSL HKKKEDESQL TKITRDSAKI TVE QVHGLM SQVIKDELFN SMRQSNNKSP TDSSDPDPMI TY

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 5b

+
分子 #6: COP9 signalosome complex subunit 3

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 47.792895 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MIGAVNSVEA VITSIQGLSG SPEDLSALHD LLRGAQDSLR AEPGVNFSTL DQLDASKHSL GYLYFLEVLT CGPVSKEKAA YEIPIIARF INSCDAGQIR LASYKFVSLC KILKDHVIAL GDPLRGVGPL LNAVQKLQVS SKRLTALHPD VLQLCLQAKS Y KSGFSILS ...文字列:
MIGAVNSVEA VITSIQGLSG SPEDLSALHD LLRGAQDSLR AEPGVNFSTL DQLDASKHSL GYLYFLEVLT CGPVSKEKAA YEIPIIARF INSCDAGQIR LASYKFVSLC KILKDHVIAL GDPLRGVGPL LNAVQKLQVS SKRLTALHPD VLQLCLQAKS Y KSGFSILS DDIVEIDQPR DFFLYSYYGG MICIGLKRFQ KALELLYNVV TAPMHQVNAI ALEAYKKYIL VSLIHNGQFT NT LPKCAST AAQRSFKNYT GPYIELGNCY NDGKIGELEA LVVARNAEFE EDKNLGLVKQ AVSSLYKRNI LRLTQKYLTL SLQ DIANMV QLGNAKEAEM HVLQMIQDGQ IHALINQKDG MVRFLEDPEQ YKSSEMIEIM DSVIQRTIGL SKNLLAMDES LSCD PLYLG KVGRERQRYD FGDDFDTVPQ KFSM

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 3

+
分子 #7: COP9 signalosome complex subunit 4

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 45.007125 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDEALTNASA IGDQRQKIEQ YKLILSSVLS SNDLLQAQRF IDHILSDDVP LVVSRQLLQS FAQELGRLEP ETQKEIAQFT LTQIQPRVV SFEEQALVIR EKLAGLYESE QEWSKAAQML SGIDLDSGMR AVDDNFKLSK CIQIARLYLE DDDAVNAEAF I NKASFLVS ...文字列:
MDEALTNASA IGDQRQKIEQ YKLILSSVLS SNDLLQAQRF IDHILSDDVP LVVSRQLLQS FAQELGRLEP ETQKEIAQFT LTQIQPRVV SFEEQALVIR EKLAGLYESE QEWSKAAQML SGIDLDSGMR AVDDNFKLSK CIQIARLYLE DDDAVNAEAF I NKASFLVS NSQNEVLNLQ YKVCYARILD MKRKFLEAAL RYYGISQIEQ RQIGDEEIDE NALEQALSAA VTCTILAGAG PQ RSRVLAT LYKDERCSKL KIYPILQKVY LERILRRPEI DAFSEELRPH QKASLPDKST VLDRAMIEHN LLSASKLYTN IRF DELGTL LAIDPRKAEK IAANMIGQDR MRGSIDQEEA VIHFEDDVEE LQQWDQQISG LCQALNDILD GMAKKGMSVP V

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 4

+
分子 #8: COP9 signalosome complex subunit 2

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 51.254418 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MASDADMEDY GFEYSDEEQE EQDVDIENQY YNSKGMVETE PEEALSGFAE VVQMEPEKAD WGFKALKQTV KIYYRLGKYK EMMEAYTEM LTYIKSAVTR NYSEKCINNI MDFVSGSASQ NTGLLQEFYQ TTLKALEEAK NERLWFKTNL KLCNIWFDIG E YRRMTKIL ...文字列:
MASDADMEDY GFEYSDEEQE EQDVDIENQY YNSKGMVETE PEEALSGFAE VVQMEPEKAD WGFKALKQTV KIYYRLGKYK EMMEAYTEM LTYIKSAVTR NYSEKCINNI MDFVSGSASQ NTGLLQEFYQ TTLKALEEAK NERLWFKTNL KLCNIWFDIG E YRRMTKIL KELHKSCQKE DGTDDQKKGS QLLEVYAIEI QIYTETKDNK KLKQLYHKAL AIKSAIPHPR IMGIIRECGG KM HMAERQW EEAATDFFEA FKNYDEAGNQ RRIQCLKYLV LANMLMESEV NPFDGQEAKP YKNDPEILAM TNLIAAYQRN EII EFERIL KSNRRTIMDD PFIRNYMEDL LKKVRTQVLL KLIKPYTKIG IPFISKELNV PETDVTELLV SLILDSRIDG HIDE MNRYL LRGDSGNGRK LHKAVDKWNS QLKSLSSNIT SRVC

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 2

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分子 #9: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 69921
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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