+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-60820 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of human CCR8 in the inactive form at 3.15 angstrom resolution from Biortus | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Belongs to the G-protein coupled receptor 1 family (Protein from Homo sapiens) / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (Human) (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Shi H / Yang Y / Hu J / Hu Y | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of human CCR8 in the inactive form at 3.15 angstrom resolution from Biortus 著者: Shi H / Yang Y / Hu J / Hu Y | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_60820.map.gz | 122.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-60820-v30.xml emd-60820.xml | 11.1 KB 11.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_60820_fsc.xml | 13.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_60820.png | 77.3 KB | ||
マスクデータ | emd_60820_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-60820.cif.gz | 3.7 KB | ||
その他 | emd_60820_half_map_1.map.gz emd_60820_half_map_2.map.gz | 226.5 MB 226.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-60820 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-60820 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_60820_validation.pdf.gz | 861.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_60820_full_validation.pdf.gz | 860.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_60820_validation.xml.gz | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_60820_validation.cif.gz | 27.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-60820 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-60820 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_60820.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.925 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_60820_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_60820_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_60820_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : C-C chemokine receptor type 8
全体 | 名称: C-C chemokine receptor type 8 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: C-C chemokine receptor type 8
超分子 | 名称: C-C chemokine receptor type 8 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (Human) (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |