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- EMDB-60725: Cryo-EM structure of the hexameric DRT9-ncRNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60725
タイトルCryo-EM structure of the hexameric DRT9-ncRNA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: DRT9-ncRNA hexamer complex
    • タンパク質・ペプチド: RNA-dependent DNA polymerase
    • RNA: RNA (177-MER)
キーワードRNA BINDING / PROTEIN-RNA COMPLEX / ANTIVIRAL PROTEIN/RNA / ANTIVIRAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性: / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily / RNA-dependent DNA polymerase
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Zhang JT / Song XY / Xia YS / Liu YJ / Jia N
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Bacterial reverse transcriptase synthesizes long poly-A-rich cDNA for antiphage defense.
著者: Xin-Yi Song / Yushan Xia / Jun-Tao Zhang / Yu-Jun Liu / Hua Qi / Xin-Yang Wei / Hailiang Hu / Yu Xia / Xue Liu / Ying-Fei Ma / Ning Jia /
要旨: Prokaryotic defense-associated reverse transcriptases (DRTs) were recently identified with antiviral functions; however, their functional mechanisms remain largely unexplored. Here we show that DRT9 ...Prokaryotic defense-associated reverse transcriptases (DRTs) were recently identified with antiviral functions; however, their functional mechanisms remain largely unexplored. Here we show that DRT9 forms a hexameric complex with its upstream non-coding RNA (ncRNA) to mediate antiphage defense by inducing cell growth arrest via abortive infection. Upon phage infection, the phage-encoded ribonucleotide reductase NrdAB complex elevates intracellular dATP levels, activating DRT9 to synthesize long, poly-A-rich single-stranded cDNA, which likely sequesters the essential phage SSB protein and disrupts phage propagation. We further determined the cryo-electron microscopy structure of the DRT9-ncRNA hexamer complex, providing mechanistic insights into its cDNA synthesis. These findings highlight the diversity of RT-based antiviral defense mechanisms, expand our understanding of RT biological functions, and provide a structural basis for developing DRT9-based biotechnological tools.
履歴
登録2024年7月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月14日-
マップ公開2025年5月14日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60725.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60725.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 438. Å		1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 438. Å		1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 438. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.095 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025
最小 - 最大-0.08106296 - 1.6088266
平均 (標準偏差)0.00040671707 (±0.020866744)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 438.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_60725_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60725_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60725_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DRT9-ncRNA hexamer complex

全体名称: DRT9-ncRNA hexamer complex
要素
  • 複合体: DRT9-ncRNA hexamer complex
    • タンパク質・ペプチド: RNA-dependent DNA polymerase
    • RNA: RNA (177-MER)

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超分子 #1: DRT9-ncRNA hexamer complex

超分子名称: DRT9-ncRNA hexamer complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: RNA-dependent DNA polymerase

分子名称: RNA-dependent DNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 58.318961 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MKLEQQIQRV ILEEAKALIK DYHEYHNRVH LESVRNKKRL GDSAPDKKIH RPNYWSFDKK FDPFYVKSNY KSIARSIANK IENRTYLPN EPFTKDVPKP DGGIRKVSIY QIPDAAISKL FFNRLLAKNR HRFSSFSYAY RNDRNVHFAI QDISVDLKKN E RTFLAEFD ...文字列:
MKLEQQIQRV ILEEAKALIK DYHEYHNRVH LESVRNKKRL GDSAPDKKIH RPNYWSFDKK FDPFYVKSNY KSIARSIANK IENRTYLPN EPFTKDVPKP DGGIRKVSIY QIPDAAISKL FFNRLLAKNR HRFSSFSYAY RNDRNVHFAI QDISVDLKKN E RTFLAEFD FSDFFGSISH SFLNEQFNEN GFYISPEEKF IIRSFLRERK VGIPQGTSIS LFLANLTCWK LDQDLEREGV KF SRYADDT IIWSQEYSKI CNAFNIITNF SKSAGIKINP KKSEGISLLT KKGLPSEITS KNNLDFLGYT LSVENVSIKE KSV KKIKKQ ISYILYRNLI QPLKKTSLAG QTIPANDRDK NFLIAICEIR RYMYGGLSKS QIKDYLSGRS NRLYFKGIMS FYPL VNDVE QLKQLDGWIV SVIYRALKLR CQLLSKWGYN RSHNFPFILD REDIVDKCSK KTIAGRKLFE IPSFLLIHKA LQKGL QESG IEKIMNPQSL NYDYE

UniProtKB: RNA-dependent DNA polymerase

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分子 #2: RNA (177-MER)

分子名称: RNA (177-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 6
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 56.793293 KDa
配列文字列:
AUUCUCUCAU AGGGAUAACG GUGUGGCCUU CUACCUGUUA GAAAUAAUGG GUCUUCAGUU GUAAUUCGUU GCAACUGACG GGGGGGUGG UGUCAAAGCC GUUUCAACCA AGUGGUAACU UACUUUUACU UGGGUUUAUA CCGUGGAAAA GCCUGAGUCU A ACUCAGGC UUUUUUGUU

GENBANK: GENBANK: CP074354.1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 220612
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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