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万見
- EMDB-60718: Cryo-EM structure of G1-ATPase dimer from Mycoplasma mobile glidi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60718
タイトルCryo-EM structure of G1-ATPase dimer from Mycoplasma mobile gliding machinery
マップデータ
試料
  • 複合体: G1-ATPase dimer from Mycoplasma mobile gliding machinery
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
  • リガンド: x 4種
キーワードATPase / Complex / kinase / Ring / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


H+-transporting two-sector ATPase / phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / : / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / gluconeogenesis / glycolytic process / ADP binding / hydrolase activity / ATP hydrolysis activity ...H+-transporting two-sector ATPase / phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / : / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / gluconeogenesis / glycolytic process / ADP binding / hydrolase activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate kinase / Phosphoglycerate kinase, N-terminal / Phosphoglycerate kinase, conserved site / Phosphoglycerate kinase superfamily / Phosphoglycerate kinase / Phosphoglycerate kinase signature. / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / : / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit ...Phosphoglycerate kinase / Phosphoglycerate kinase, N-terminal / Phosphoglycerate kinase, conserved site / Phosphoglycerate kinase superfamily / Phosphoglycerate kinase / Phosphoglycerate kinase signature. / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / : / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit / ATP synthase alpha/beta chain, C terminal domain / : / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoglycerate kinase / Uncharacterized protein / ATP synthase beta chain / ATP synthase alpha chain / Expressed protein / Expressed protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasma mobile 163K (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Toyonaga T / Kato T / Kawamoto A / Miyata T / Kawakami K / Fujita J / Hamaguchi T / Namba K / Miyata M
資金援助 日本, 4件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP17H01544 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR19S5 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP22am121003 日本
Other government
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Dimeric assembly of F-like ATPase for the gliding motility of .
著者: Takuma Toyonaga / Takayuki Kato / Akihiro Kawamoto / Tomoko Miyata / Keisuke Kawakami / Junso Fujita / Tasuku Hamaguchi / Keiichi Namba / Makoto Miyata /
要旨: Rotary ATPases, including FF-, VV-, and AA-ATPases, are molecular motors that exhibit rotational movements for energy conversion. In the gliding bacterium, , a dimeric F-like ATPase forms a chain ...Rotary ATPases, including FF-, VV-, and AA-ATPases, are molecular motors that exhibit rotational movements for energy conversion. In the gliding bacterium, , a dimeric F-like ATPase forms a chain structure within the cell, which is proposed to drive the gliding motility. However, the mechanisms of force generation and transmission remain unclear. We determined the electron cryomicroscopy (cryo-EM) structure of the dimeric F-like ATPase complex. The structure revealed an assembly distinct from those of dimeric FF-ATPases. The F-like ATPase unit associated by two subunits GliD and GliE was named G-ATPase as an R domain of rotary ATPases. G-β subunit, a homolog of the F-ATPase catalytic subunit, exhibited a specific N-terminal region that incorporates the glycolytic enzyme, phosphoglycerate kinase into the complex. Structural features of the ATPase displayed strong similarities to F-ATPase, suggesting a rotation based on the rotary catalytic mechanism. Overall, the cryo-EM structure provides insights into the mechanism through which G-ATPase drives the gliding motility.
履歴
登録2024年7月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年3月12日-
現状2025年3月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60718.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60718.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 561.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 528 pix.
= 459.36 Å		0.87 Å/pix.
x 528 pix.
= 459.36 Å		0.87 Å/pix.
x 528 pix.
= 459.36 Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.87 Å
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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-1.8194501 - 3.9432313
平均 (標準偏差)0.0068840273 (±0.085754596)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ528528528
Spacing528528528
セルA=B=C: 459.36002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #2

ファイルemd_60718_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

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ヒストグラム

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追加マップ: #1

ファイルemd_60718_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60718_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60718_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

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ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : G1-ATPase dimer from Mycoplasma mobile gliding machinery

全体名称: G1-ATPase dimer from Mycoplasma mobile gliding machinery
要素
  • 複合体: G1-ATPase dimer from Mycoplasma mobile gliding machinery
    • タンパク質・ペプチド: G1-ATPase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: G1-ATPase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: G1-ATPase subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoglycerate kinase
    • タンパク質・ペプチド: G1-ATPase subunit D
    • タンパク質・ペプチド: G1-ATPase subunit E
    • タンパク質・ペプチド: UNKNOWN HELIX
    • タンパク質・ペプチド: UNKNOWN HELIX
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: PHOSPHATE ION

+
超分子 #1: G1-ATPase dimer from Mycoplasma mobile gliding machinery

超分子名称: G1-ATPase dimer from Mycoplasma mobile gliding machinery
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Mycoplasma mobile 163K (バクテリア) / 株: P476R gli521

+
分子 #1: G1-ATPase subunit beta

分子名称: G1-ATPase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: H+-transporting two-sector ATPase
由来(天然)生物種: Mycoplasma mobile 163K (バクテリア) / 株: P476R gli521
分子量理論値: 88.510383 KDa
配列文字列: MTTNNLTELE ILNIKKYLKT VNLNTLRAYA RRNVKDFSEK LIKVKVIEKI VEHDKKFDNI EDSIFVQISS QFGVNFETIL DGSFFLGQK AAKAMPKTFD TKIISETKSV QKFEEVKFAT SSKTEKIISE EKEILHLIEQ SKRDRDFIDN FSKILEEKNL T EEHQHMSC ...文字列:
MTTNNLTELE ILNIKKYLKT VNLNTLRAYA RRNVKDFSEK LIKVKVIEKI VEHDKKFDNI EDSIFVQISS QFGVNFETIL DGSFFLGQK AAKAMPKTFD TKIISETKSV QKFEEVKFAT SSKTEKIISE EKEILHLIEQ SKRDRDFIDN FSKILEEKNL T EEHQHMSC QVCYDHEKKH SDHNEKYATE HCDACVYHDF SDLDPEFVAS TYTEEEIIHN LLFKLYSVEQ LALFTIDQLN AL LFARGLG LEKNKVRAIK SLLTLQTSYE FMEKSQAALL PKVSFNPTNP LKPIEEKEFT IFGEIVEIRS QVYKIRIDKA EEE VLPKVI FYADVNGKEI QLEVADIFDK NLVSTFVLGN ETGLKIGTKV KSKNQSYAIK ISKRLLGRVI DPIGKILDDS IATP VHGNM YAPLEMQHDS EATRYVVSPK NAILETGIKV IDVLLPIPKG GKTGLLGGAG VGKTVIVQEL INAFIKFHDG VSVFA GIGE RIREGHELWK EAEALGFLNK TAFIFGQMNE SPGLRFRSGI SGVKVAEYFR NNLGKSVLLF MDNIFRYVQA GSEISS LLE KTPSAVGYQP TLFSEMGQLQ ERINSTKDGD ITSIQAMYIP ADDFTDPAAV AAFAHFDSTI ILSRQLAAEG VYPAIDP LE SNSKMLSIKY TSREHLDIAK KTVQTLEKTK TLEDIINILG FDALSEDDKK VVEVGRRLKW FLTQPFVVAE KFSGVPGK F VRLKDSLKGI KTILDGDLNH IPVSYFSFVG VVEEIIEKFN LDAKKEALKN ELEQNQKDLA SII

UniProtKB: ATP synthase beta chain

+
分子 #2: G1-ATPase subunit alpha

分子名称: G1-ATPase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: H+-transporting two-sector ATPase
由来(天然)生物種: Mycoplasma mobile 163K (バクテリア) / 株: P476R gli521
分子量理論値: 58.794668 KDa
配列文字列: MKNLKITAIK DNLIFVEGEH QFSFLEIIKF SDKVEGVVLK ANDRSAIVAI LNEDKDLNLT VGSLAEATGE LYKIPIYDNY LGSIINVLG ESLVKQYERT NVALDKKYVF TEAQPIFTRS AVNEPLVTGI TVVDGVLPVG RGQKELIIGD RGTGKTAIAL N AMLAQENT ...文字列:
MKNLKITAIK DNLIFVEGEH QFSFLEIIKF SDKVEGVVLK ANDRSAIVAI LNEDKDLNLT VGSLAEATGE LYKIPIYDNY LGSIINVLG ESLVKQYERT NVALDKKYVF TEAQPIFTRS AVNEPLVTGI TVVDGVLPVG RGQKELIIGD RGTGKTAIAL N AMLAQENT DVINIFIAIG KKRDEIVEIY GTFKKHNILH KSIIVSAASD DAVAARYLAP YAGMAIAEFF QQIGKDVLVV MD DLTNHAD AYRELSLLAG IAPAREAYPG DIFYVHSSLL ERGGKYGPEF GGGSITILPI AQTLAGDISG YIPTNLISIT DGQ IYTSAK LFNEGTRPAI DVNLSVSRLG SAAQSKFMAF ASSGLKKIYT EYKYLKRLSS FSSKISNRDL ETLQKGKAFE SLID QAEYE VIDYETSAIL FLLLKKGFLN FYTEKTEALK VIIGVIKVFL AKDVLGRKMR AILVEHGIDS IVWNLYLNHM ILPLL KYHL LSELQYLATN REFIKKFKDI RNDGRILLAY ERKGYERGIA YDYK

UniProtKB: ATP synthase alpha chain

+
分子 #3: G1-ATPase subunit gamma

分子名称: G1-ATPase subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma mobile 163K (バクテリア) / 株: P476R gli521
分子量理論値: 39.810602 KDa
配列文字列: MKRKDVEEKK QNLDFYHNYI DISKIKVLQK LNEEIASLNM LKLQKGESHY LLNRIINKWF PHNSNIYHEL HHENDRKELY ILIDPKKLD LFSEALLRKL SQTVKERIRP DKDFVITVGT NVDNIARQLN LNIIDHYDLD LFNQIDDFAN RIGELVDVGL N NKIFNYVS ...文字列:
MKRKDVEEKK QNLDFYHNYI DISKIKVLQK LNEEIASLNM LKLQKGESHY LLNRIINKWF PHNSNIYHEL HHENDRKELY ILIDPKKLD LFSEALLRKL SQTVKERIRP DKDFVITVGT NVDNIARQLN LNIIDHYDLD LFNQIDDFAN RIGELVDVGL N NKIFNYVS LLIAQSSTKN NGGLVQERIV PFNTKNIKVW NESNQDENGM PIVSEENEVE IMSYAKTLRN INFKKHTWLP NI NTFYEQF VKSVFKQELF EFKSISVIEE LKIELQLLDE KKKRLEEQKK ELILKWNRAR KEEATLQSTL LFSAFKVKNQ KST RDEILR LSKGKNRNGA

UniProtKB: Expressed protein

+
分子 #4: Phosphoglycerate kinase

分子名称: Phosphoglycerate kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: phosphoglycerate kinase
由来(天然)生物種: Mycoplasma mobile 163K (バクテリア) / 株: P476R gli521
分子量理論値: 56.68075 KDa
配列文字列: MKKTLDQISL KNKKVIIRVD FNVPIVNGIV TSNKRIEAVI PTIKKVVNEG GKAILMSHLG RVKSEEDLKK KSLAPVVEIL VNLLGMPIT FVPATNGTEL EETINSMKSG EIVMMENTRF EDLNNDAESS NNPDLGMYWA SLGDVFINDA FGTVHRKHAS N VGISTYIA ...文字列:
MKKTLDQISL KNKKVIIRVD FNVPIVNGIV TSNKRIEAVI PTIKKVVNEG GKAILMSHLG RVKSEEDLKK KSLAPVVEIL VNLLGMPIT FVPATNGTEL EETINSMKSG EIVMMENTRF EDLNNDAESS NNPDLGMYWA SLGDVFINDA FGTVHRKHAS N VGISTYIA ESGIGYLVEK EIKNLDKALS RPERPIVAIL GGAKVSDKIG VLNNLLKYVD KIIIGGAMAY TFLAAQGIGI GK SLVEEDK IDLAREYLKN NLDKFVLPID YALAKDFEDV KPFYNLENTL EIPNGYMGLD IGPKSIEVFK KYIKDAKTIL WNG PLGVTE FKYFKEGTKA IAKAITELKG NVYTVVGGGD SVAIIEELGL DRRFSHVSTG GGATLEFLEG KELPGIQAIQ NEGE LGRTK EEIFSILTQN SEEVLHEHTA AFSTSEVEPA NEEFPSEYND SNSQTYFSNE VENDEDFLLN TNDFPTREAS FPNEV KTEE IILNENDDEF DIEDEELDSL PNDDIKF

UniProtKB: Phosphoglycerate kinase

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分子 #5: G1-ATPase subunit D

分子名称: G1-ATPase subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma mobile 163K (バクテリア) / 株: P476R gli521
分子量理論値: 33.753953 KDa
配列文字列: MKKTDKNQTG KEIMKKELLI KTNEQDINLA PKSQSTSKKL SNTWNYEELI NQTKEIDVNS KIVKTELEYV EEDSRLRKEK IELIQKNYD NLNAKPLVGV DLYESYSLVL NKSAWNYNEI IQRDTQLTIL DMALQVHLFL YEGKIIDIAH IQKIIKTFVL N VFAKIIKG ...文字列:
MKKTDKNQTG KEIMKKELLI KTNEQDINLA PKSQSTSKKL SNTWNYEELI NQTKEIDVNS KIVKTELEYV EEDSRLRKEK IELIQKNYD NLNAKPLVGV DLYESYSLVL NKSAWNYNEI IQRDTQLTIL DMALQVHLFL YEGKIIDIAH IQKIIKTFVL N VFAKIIKG VPIVLNPIII FDSVRFDKSK ILPVAVANPK LMPPLGVQDW DTIVDEDEEI KKIVSTFIKL LENALTVGHE VE FFQDTLL VRNVDGITSL YVSEKAAQVF NNSVIDQIMP EKPKYEALED PFSNKK

UniProtKB: Expressed protein

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分子 #6: G1-ATPase subunit E

分子名称: G1-ATPase subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma mobile 163K (バクテリア) / 株: P476R gli521
分子量理論値: 13.264168 KDa
配列文字列:
MTKNIFANKI ANQKAYFKRD IKTVHTFLGR VNYIQRASKF NDEKRVFRPL QIELSGTNEI VDIYLEATTY ISKKALDEIR QNSYIFLEA KWLPESNFLN NPLFEIQNIV IEN

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #7: UNKNOWN HELIX

分子名称: UNKNOWN HELIX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma mobile 163K (バクテリア) / 株: P476R gli521
分子量理論値: 1.124378 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #8: UNKNOWN HELIX

分子名称: UNKNOWN HELIX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasma mobile 163K (バクテリア) / 株: P476R gli521
分子量理論値: 783.958 Da
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #9: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 8 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #10: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 10 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #11: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #12: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.3
構成要素:
濃度式名称
8.1 mMNa2HPO4disodium hydrogenphosphate
1.5 mMKH2PO4potassium dihydrogen phosphate
2.7 mMKClpotassium chloride
137.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMMgCl2magnesium chloride
0.1 %C32H58N2O7SCHAPS
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 詳細: Epoxidized graphene grid (EG-grid) was used.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7350 / 平均露光時間: 3.3 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 633820
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
ソフトウェア:
名称詳細
cryoSPARC (ver. 3.3.2)
RELION (ver. 4.0)Mask creation and post-processing were done in RELION 4.0.

使用した粒子像数: 142490
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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