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- EMDB-60703: Integrin alpha-v beta-8 in complex with the Fab of 130H2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60703
タイトルIntegrin alpha-v beta-8 in complex with the Fab of 130H2
マップデータ
試料
  • 複合体: Integrin alpha-v beta-8 complexed with antibody Fab fragment of 130H2
    • 複合体: Integrin alpha-v beta-8
      • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-V heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-8
    • 複合体: 130H2-Fab
      • タンパク質・ペプチド: The heavy chain of 130H2-Fab
      • タンパク質・ペプチド: The light chain of 130H2-Fab
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードCryo-EM / Integrin / Complex / SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ganglioside metabolic process / Langerhans cell differentiation / integrin alphav-beta8 complex / integrin alphav-beta6 complex / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / extracellular matrix protein binding / opsonin binding / integrin alphav-beta1 complex ...ganglioside metabolic process / Langerhans cell differentiation / integrin alphav-beta8 complex / integrin alphav-beta6 complex / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / extracellular matrix protein binding / opsonin binding / integrin alphav-beta1 complex / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / placenta blood vessel development / Laminin interactions / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / negative regulation of lipid transport / hard palate development / regulation of phagocytosis / Elastic fibre formation / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / transforming growth factor beta binding / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / cartilage development / filopodium membrane / extracellular matrix binding / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / apoptotic cell clearance / integrin complex / wound healing, spreading of epidermal cells / heterotypic cell-cell adhesion / Molecules associated with elastic fibres / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / negative chemotaxis / cell adhesion mediated by integrin / Syndecan interactions / positive regulation of osteoblast proliferation / microvillus membrane / cell-substrate adhesion / endodermal cell differentiation / PECAM1 interactions / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / positive regulation of intracellular signal transduction / lamellipodium membrane / fibronectin binding / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / vasculogenesis / voltage-gated calcium channel activity / specific granule membrane / coreceptor activity / phagocytic vesicle / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ERK1 and ERK2 cascade / substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of cell adhesion / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein kinase C binding / cell-matrix adhesion / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / Signal transduction by L1 / integrin-mediated signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / cell-cell adhesion / calcium ion transmembrane transport / response to virus / VEGFA-VEGFR2 Pathway / ruffle membrane / positive regulation of angiogenesis / integrin binding / cell migration / virus receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / protease binding / angiogenesis / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell migration / negative regulation of gene expression / external side of plasma membrane / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / symbiont entry into host cell / cell surface / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Teneurin-like EGF domain / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin EGF domain / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain ...Teneurin-like EGF domain / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin EGF domain / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin alpha-V / Integrin beta-8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo (哺乳類) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Sun H / Zheng Q / Gui X / Li S
資金援助1件
OrganizationGrant number
Not funded
引用ジャーナル: J Exp Clin Cancer Res / : 2025
タイトル: Specifically blocking αvβ8-mediated TGF-β signaling to reverse immunosuppression by modulating macrophage polarization.
著者: Cuicui Guo / Hui Sun / Yulei Du / Xiaodong Dai / Yu Pang / Zhen Han / Xinhui Xiong / Shaowei Li / Junhua Zhang / Qingbing Zheng / Xun Gui /
要旨: BACKGROUND: Targeting the TGF-β pathway in tumor therapy has proven challenging due to the highly context-dependent functions of TGF-β. Integrin αvβ8, a pivotal activator of TGF-β, has been ...BACKGROUND: Targeting the TGF-β pathway in tumor therapy has proven challenging due to the highly context-dependent functions of TGF-β. Integrin αvβ8, a pivotal activator of TGF-β, has been implicated in TGF-β signaling within tumors, as demonstrated by the significant anti-tumor effects of anti-αvβ8 antibodies. Nevertheless, the expression profile of αvβ8 remains a subject of debate, and the precise mechanisms underlying the anti-tumor effects of anti-αvβ8 antibodies are not yet fully elucidated.
手法: We utilized single-cell RNA sequencing to assess αvβ8 expression across various human tumors. An anti-αvβ8 antibody was developed and characterized for its binding and blocking properties ...手法: We utilized single-cell RNA sequencing to assess αvβ8 expression across various human tumors. An anti-αvβ8 antibody was developed and characterized for its binding and blocking properties in vitro. Cryo-EM single-particle analysis was employed to study the detailed interaction between αvβ8 and the antibody Fab fragment. The anti-tumor efficacy of the antibody was evaluated in syngeneic mouse models with varying levels of αvβ8 expression, both as a monotherapy and in combination with PD-1 antibodies. Human PBMCs were isolated to investigate αvβ8 expression in myeloid cells, and macrophages were exposed to the antibody to study its impact on macrophage polarization. Pharmacokinetic studies of the αvβ8 antibody were conducted in cynomolgus monkeys.
RESULTS: Integrin αvβ8 is notably expressed in certain tumor types and tumor-infiltrating macrophages. The specific αvβ8 antibody 130H2 demonstrated high affinity, specificity, and blocking ...RESULTS: Integrin αvβ8 is notably expressed in certain tumor types and tumor-infiltrating macrophages. The specific αvβ8 antibody 130H2 demonstrated high affinity, specificity, and blocking potency in vitro. Cryo-EM analysis further revealed that 130H2 interacts exclusively with the β8 subunit, without binding to the αv subunit. In vivo studies showed that this antibody significantly inhibited tumor growth and alleviated immunosuppression by promoting immune cell infiltration. Furthermore, combining the antibody with PD-1 inhibition produced a synergistic anti-tumor effect. In human PBMCs, monocytes exhibited high αvβ8 expression, and the antibody directly modulated macrophage polarization. Tumors with elevated αvβ8 expression were particularly responsive to 130H2 treatment. Additionally, favorable pharmacokinetic properties were observed in cynomolgus monkeys.
CONCLUSIONS: In summary, integrin αvβ8 is highly expressed in certain tumors and tumor-infiltrating macrophages. Targeting αvβ8 with a blocking antibody significantly inhibits tumor growth by ...CONCLUSIONS: In summary, integrin αvβ8 is highly expressed in certain tumors and tumor-infiltrating macrophages. Targeting αvβ8 with a blocking antibody significantly inhibits tumor growth by modulating macrophage polarization and enhancing immune cell infiltration. Combining αvβ8 targeting with PD-1 treatment markedly increases the sensitivity of immune-excluded tumors. These results support further clinical evaluation of αvβ8 antibodies.
履歴
登録2024年7月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月22日-
マップ公開2025年1月22日-
更新2025年1月22日-
現状2025年1月22日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60703.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 400 pix.
= 260. Å
0.65 Å/pix.
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= 260. Å
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表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.65 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.058357805 - 2.0724828
平均 (標準偏差)0.0011017092 (±0.02287528)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 260.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60703_half_map_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60703_half_map_2.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Integrin alpha-v beta-8 complexed with antibody Fab fragment of 130H2

全体名称: Integrin alpha-v beta-8 complexed with antibody Fab fragment of 130H2
要素
  • 複合体: Integrin alpha-v beta-8 complexed with antibody Fab fragment of 130H2
    • 複合体: Integrin alpha-v beta-8
      • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-V heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-8
    • 複合体: 130H2-Fab
      • タンパク質・ペプチド: The heavy chain of 130H2-Fab
      • タンパク質・ペプチド: The light chain of 130H2-Fab
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Integrin alpha-v beta-8 complexed with antibody Fab fragment of 130H2

超分子名称: Integrin alpha-v beta-8 complexed with antibody Fab fragment of 130H2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

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超分子 #2: Integrin alpha-v beta-8

超分子名称: Integrin alpha-v beta-8 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #4
由来(天然)生物種: Homo (哺乳類)

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超分子 #3: 130H2-Fab

超分子名称: 130H2-Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Integrin alpha-V heavy chain

分子名称: Integrin alpha-V heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.991176 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: FNLDVDSPAE YSGPEGSYFG FAVDFFVPSA SSRMFLLVGA PKANTTQPGI VEGGQVLKCD WSSTRRCQPI EFDATGNRDY AKDDPLEFK SHQWFGASVR SKQDKILACA PLYHWRTEMK QEREPVGTCF LQDGTKTVEY APCRSQDIDA DGQGFCQGGF S IDFTKADR ...文字列:
FNLDVDSPAE YSGPEGSYFG FAVDFFVPSA SSRMFLLVGA PKANTTQPGI VEGGQVLKCD WSSTRRCQPI EFDATGNRDY AKDDPLEFK SHQWFGASVR SKQDKILACA PLYHWRTEMK QEREPVGTCF LQDGTKTVEY APCRSQDIDA DGQGFCQGGF S IDFTKADR VLLGGPGSFY WQGQLISDQV AEIVSKYDPN VYSIKYNNQL ATRTAQAIFD DSYLGYSVAV GDFNGDGIDD FV SGVPRAA RTLGMVYIYD GKNMSSLYNF TGEQMAAYFG FSVAATDING DDYADVFIGA PLFMDRGSDG KLQEVGQVSV SLQ RASGDF QTTKLNGFEV FARFGSAIAP LGDLDQDGFN DIAIAAPYGG EDKKGIVYIF NGRSTGLNAV PSQILEGQWA ARSM PPSFG YSMKGATDID KNGWPDLIVG AFGVDRAILY RARPV

UniProtKB: Integrin alpha-V

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分子 #2: The heavy chain of 130H2-Fab

分子名称: The heavy chain of 130H2-Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.290723 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT NYGINWVRQA PGQGLEWMGY FYIGNGYTEY NEKFKGRVTM TSDTSTSTVY MELSSLRSE DTAVYYCALN YFGSRKFDYW GQGTTVTVSS

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分子 #3: The light chain of 130H2-Fab

分子名称: The light chain of 130H2-Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.332628 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EIVLTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASQNII TNLHWYQQKP GQAPRLLIKY ASQSISGIPA RFSGSGSGTD FTLTISSLEP EDFAVYFCQ QSDDWPLTFG QGTKL

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分子 #4: Integrin beta-8

分子名称: Integrin beta-8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.304863 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NEINTQVTPG EVSIQLRPGA EANFMLKVHP LKKYPVDLYY LVDVSASMHN NIEKLNSVGN DLSRKMAFFS RDFRLGFGSY VDKTVSPYI SIHPERIHNQ CSDYNLDCMP PHGYIHVLSL TENITEFEKA VHRQKISGNI DTPEGGFDAM LQAAVCESHI G WRKEAKRL ...文字列:
NEINTQVTPG EVSIQLRPGA EANFMLKVHP LKKYPVDLYY LVDVSASMHN NIEKLNSVGN DLSRKMAFFS RDFRLGFGSY VDKTVSPYI SIHPERIHNQ CSDYNLDCMP PHGYIHVLSL TENITEFEKA VHRQKISGNI DTPEGGFDAM LQAAVCESHI G WRKEAKRL LLVMTDQTSH LALDSKLAGI VVPNDGNCHL KNNVYVKSTT MEHPSLGQLS EKLIDNNINV IFAVQGKQFH WY KDLLPLL PGTIAGEIES KAANLNNLVV EAYQKLISEV KVQVENQVQG IYFNITAICP DGSRKPGMEG CRNVTSNDEV LFN VTVTMK KCDVTGGKNY AIIKPIGFNE TAKIHI

UniProtKB: Integrin beta-8

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / : NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 96290
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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