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- EMDB-60697: CODANIN-1 sequesters ASF1 by using a histone H3 mimic helix to re... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60697
タイトルCODANIN-1 sequesters ASF1 by using a histone H3 mimic helix to regulate histone supply
マップデータEM density map for Codanin-1-Asf1a complex
試料
  • 複合体: CODANIN-1_ASF1A complex
    • 複合体: CODANIN-1
      • タンパク質・ペプチド: Codanin-1
    • 複合体: ASF1A
      • タンパク質・ペプチド: Histone chaperone ASF1A
キーワードHistone chaperone / DNA replication / complex / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


histone chaperone activity / DNA replication-dependent chromatin assembly / muscle cell differentiation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / DNA repair-dependent chromatin remodeling / replication fork processing / osteoblast differentiation / nucleosome assembly / site of double-strand break / histone binding ...histone chaperone activity / DNA replication-dependent chromatin assembly / muscle cell differentiation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / DNA repair-dependent chromatin remodeling / replication fork processing / osteoblast differentiation / nucleosome assembly / site of double-strand break / histone binding / DNA repair / chromatin binding / chromatin / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone chaperone ASF1-like / Histone chaperone ASF1-like superfamily / ASF1 like histone chaperone
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone chaperone ASF1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Jeong TK / Frater RCM / Yoon J / Groth A / Song JJ
資金援助 韓国, 4件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2024-00333346 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2023-00266300 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2024-00440614 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2024-00440614 韓国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: CODANIN-1 sequesters ASF1 by using a histone H3 mimic helix to regulate the histone supply.
著者: Tae-Kyeong Jeong / R Ciaran MacKenzie Frater / Jongha Yoon / Anja Groth / Ji-Joon Song /
要旨: ASF1 is a major histone chaperone that regulates the supply of histone H3-H4 and facilitates nucleosome assembly to maintain chromatin structure during DNA replication and transcription. CODANIN-1 ...ASF1 is a major histone chaperone that regulates the supply of histone H3-H4 and facilitates nucleosome assembly to maintain chromatin structure during DNA replication and transcription. CODANIN-1 negatively regulates the function of ASF1. However, the molecular mechanism by which CODANIN-1 inhibits the ASF1-mediated histone supply remains elusive. Here, we present the cryo-EM structure of a human CODANIN-1_ASF1A complex at 3.75 Å resolution. The structure reveals that CODANIN-1 forms a dimer where each monomer holds two ASF1 molecules, utilizing two B-domains and two histone H3 mimic helices (HMHs). The interaction of CODANIN-1 with ASF1 via the HMH and B-domains inhibits the formation of an ASF1/H3-H4 complex and sequesters ASF1 in the cytoplasm. Our study provides a structural and molecular basis for the function of CODANIN-1 as negative regulator that highjacks ASF1 interaction sites with histones and downstream chaperones to inhibit nucleosome assembly.
履歴
登録2024年7月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月19日-
マップ公開2025年3月19日-
更新2025年3月19日-
現状2025年3月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60697.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60697.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM density map for Codanin-1-Asf1a complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 280 pix.
= 308. Å		1.1 Å/pix.
x 280 pix.
= 308. Å		1.1 Å/pix.
x 280 pix.
= 308. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-1.999761 - 2.9323442
平均 (標準偏差)-0.0003698243 (±0.07472723)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 308.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_60697_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map B

ファイルemd_60697_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map A

ファイルemd_60697_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CODANIN-1_ASF1A complex

全体名称: CODANIN-1_ASF1A complex
要素
  • 複合体: CODANIN-1_ASF1A complex
    • 複合体: CODANIN-1
      • タンパク質・ペプチド: Codanin-1
    • 複合体: ASF1A
      • タンパク質・ペプチド: Histone chaperone ASF1A

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超分子 #1: CODANIN-1_ASF1A complex

超分子名称: CODANIN-1_ASF1A complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: ASF1A is a truncated form (1-172 a.a.)
分子量理論値: 300 KDa

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超分子 #2: CODANIN-1

超分子名称: CODANIN-1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: CODANIN-1 chain A
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 135 KDa

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超分子 #3: ASF1A

超分子名称: ASF1A / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 / 詳細: A truncated ASF1A (1-172 a.a.)
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19 KDa

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分子 #1: Codanin-1

分子名称: Codanin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: GenBank AAH66640.1; L1228-Q1241 are EXPRESSION TAG / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 135.938969 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAAVLESLLR EEVSVAAVVR WIARSTQGSE DNAGEAAALS SLRALRKEFV PFLLNFLREQ SSRVLPQGPP TPAKTPGASA ALPGRPGGP PRGSRGARSQ LFPPTEAQST AAEAPLARRG GRRRGPGPAR ERGGRGLEEG VSGESLPGAG GRRLRGSGSP S RPSLTLSD ...文字列:
MAAVLESLLR EEVSVAAVVR WIARSTQGSE DNAGEAAALS SLRALRKEFV PFLLNFLREQ SSRVLPQGPP TPAKTPGASA ALPGRPGGP PRGSRGARSQ LFPPTEAQST AAEAPLARRG GRRRGPGPAR ERGGRGLEEG VSGESLPGAG GRRLRGSGSP S RPSLTLSD PPNLSNLEEF PPVGSVPPGP TGTKPSRRIN PTPVSEERSL SKPKTCFTSP PISCVPSSQP SALDTSPWGL GL PPGCRSL QEEREMLRKE RSKQLQQSPT PTCPTPELGS PLPSRTGSLT DEPADPARVS SRQRLELVAL VYSSCIAENL VPN LFLELF FVFQLLTARR MVTAKDSDPE LSPAVLDSLE SPLFQSIHDC VFFAVQVLEC HFQVLSNLDK GTLKLLAENE RLLC FSPAL QGRLRAAYEG SVAKVFLVMP PSTQAVSFQP ETDNRANFSS DRAFHTFKKQ RDVFYEVLRE WEDHHEEPGW DFEKG LGSR IRAMMGQLSA ACSHSHFVRL FQKQLLQMCQ SPGGAGGTVL GEAPDVLSML GADKLGRLWR LQERLMAPQS SGGPCP PPT FPGCQGFFRD FILSASSFQF NQHLMDSLSL KIQELNGLAL PQHEPNDEDG ESDVDWQGER KQFAVVLLSL RLLAKFL GF VAFLPYRGPE PPPTGELQDS ILALRSQVPP VLDVRTLLQR GLQARRAVLT VPWLVEFLSF ADHVVPLLEY YRDIFTLL L RLHRSLVLSQ ESEGKMCFLN KLLLLAVLGW LFQIPTVPED LFFLEEGPSY AFEVDTVAPE HGLDNAPVVD QQLLYTCCP YIGELRKLLA SWVSGSSGRS GGFMRKITPT TTTSLGAQPS QTSQGLQAQL AQAFFHNQPP SLRRTVEFVA ERIGSNCVKH IKATLVADL VRQAESLLQE QLVTQGEEGG DPAQLLEILC SQLCPHGAQA LALGREFCQR KSPGAVRALL PEETPAAVLS S AENIAVGL ATEKACAWLS ANITALIRRE VKAAVSRTLR AQGPEPAARG ERRGCSRACE HHAPLPSHLI SEIKDVLSLA VG PRDPDEG VSPEHLEQLL GQLGQTLRCR QFLCPPAEQH LAKCSVELAS LLVADQIPIL GPPAQYRLER GQARRLLHML LSL WKEDFQ GPVPLQLLLS PRNVGLLADT RPREWDLLLF LLRELVEKGL MGRMEIEACL GSLHQAQWPG DFAEELATLS NLFL AEPHL PEPQLRACEL VQPNRGTVLA QSLEACGTKL ENLYFQ

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分子 #2: Histone chaperone ASF1A

分子名称: Histone chaperone ASF1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.688793 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GSMAKVQVNN VVVLDNPSPF YNPFQFEITF ECIEDLSEDL EWKIIYVGSA ESEEYDQVLD SVLVGPVPAG RHMFVFQADA PNPGLIPDA DAVGVTVVLI TCTYRGQEFI RVGYYVNNEY TETELRENPP VKPDFSKLQR NILASNPRVT RFHINWEDNT E KLEDAESS NPNLQS

UniProtKB: Histone chaperone ASF1A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
500.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa / 詳細: Glow discharge at 15mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 18 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4282 / 平均電子線量: 58.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1592795
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2io5


詳細: We used 2IO5 for ASF1A startup model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 使用した粒子像数: 56039
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 37300 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain詳細

2io5

chain_id: A, residue_range: 1-154, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
residue_range: 246-262, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelHMH-N (246-262 a.a) domain of CODANIN-1
精密化空間: REAL / 温度因子: 107.1
得られたモデル

PDB-9imz:
CODANIN-1 sequesters ASF1 by using a histone H3 mimic helix to regulate histone supply

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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