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- EMDB-60686: Cryo-EM structure for the GPRC5D complexed with Talquetamab Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60686
タイトルCryo-EM structure for the GPRC5D complexed with Talquetamab Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: GPCR antibody complex
    • 複合体: antibody
      • タンパク質・ペプチド: Talquetamab Fab (anti-GPRC5D) Heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Talquetamab Fab (anti-GPRC5D) Light chain
    • 複合体: GPCR
      • タンパク質・ペプチド: G-protein coupled receptor family C group 5 member D
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードTalquetamab / class C GPCR / multiple myeloma / bispecific antibody / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase activator activity / G protein-coupled receptor activity / receptor complex / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR
類似検索 - ドメイン・相同性
G-protein coupled receptor family C group 5 member D
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Jeong J / Shin J / Park J / Cho Y
資金援助 韓国, 1件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Korea)2021R1A2C301335711 韓国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural Basis for the Recognition of GPRC5D by Talquetamab, a Bispecific Antibody for Multiple Myeloma.
著者: Jihong Jeong / Junhyeon Park / Geun Young Mo / Jinwoo Shin / Yunje Cho /
要旨: Multiple myeloma (MM) is a complex hematological malignancy characterized by abnormal antibody production from plasma cells. Despite advances in the treatment, many patients experience disease ...Multiple myeloma (MM) is a complex hematological malignancy characterized by abnormal antibody production from plasma cells. Despite advances in the treatment, many patients experience disease relapse or become refractory to treatment. G-protein-coupled receptor class C group 5 member D (GPRC5D), an orphan GPCR predominantly expressed in MM cells, is emerging as a promising target for MM immunotherapy. Talquetamab, a Food and Drug Administration-approved T-cell-directing bispecific antibody developed for treatment of MM, targets GPRC5D. Here, we elucidate the structure of GPRC5D complexed with the Fab fragment of talquetamab, using cryo-electron microscopy, providing the basis for recognition of GPRC5D by the bispecific antibody. GPRC5D forms a symmetric homodimer with the interface between transmembrane helix (TM) 4 of one protomer and TM4/5 of the other protomer. A single talquetamab Fab interacts with the GPRC5D dimer with its orientation toward the dimer interface. All six complementarity-determining regions of talquetamab engage with extracellular loops and TM3/5/7. In particular, the side-chain of an arginine residue from the antibody penetrates into a shallow pocket on the extracellular surface of GPRC5D. The structure offers insights for optimizing antibody design against GPRC5D for relapsed or refractory MM therapy.
履歴
登録2024年7月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60686.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60686.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 193.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 370 pix.
= 305.805 Å		0.83 Å/pix.
x 370 pix.
= 305.805 Å		0.83 Å/pix.
x 370 pix.
= 305.805 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8265 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.74638516 - 1.2379642
平均 (標準偏差)-0.00020127432 (±0.030147834)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ370370370
Spacing370370370
セルA=B=C: 305.805 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60686_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60686_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GPCR antibody complex

全体名称: GPCR antibody complex
要素
  • 複合体: GPCR antibody complex
    • 複合体: antibody
      • タンパク質・ペプチド: Talquetamab Fab (anti-GPRC5D) Heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Talquetamab Fab (anti-GPRC5D) Light chain
    • 複合体: GPCR
      • タンパク質・ペプチド: G-protein coupled receptor family C group 5 member D
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: GPCR antibody complex

超分子名称: GPCR antibody complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

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超分子 #2: antibody

超分子名称: antibody / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: GPCR

超分子名称: GPCR / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Talquetamab Fab (anti-GPRC5D) Heavy chain

分子名称: Talquetamab Fab (anti-GPRC5D) Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.137211 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYSFT GYTMNWVRQA PGQGLEWMGL INPYNSDTNY AQKLQGRVTM TTDTSTSTAY MELRSLRSD DTAVYYCARV ALRVALDYWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APCSRSTSES TAALGCLVKD YFPEPVTVSW N SGALTSGV ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYSFT GYTMNWVRQA PGQGLEWMGL INPYNSDTNY AQKLQGRVTM TTDTSTSTAY MELRSLRSD DTAVYYCARV ALRVALDYWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APCSRSTSES TAALGCLVKD YFPEPVTVSW N SGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTKT YTCNVDHKPS NTKVDKRVES KYGLVPRGSH HHHHH

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分子 #2: Talquetamab Fab (anti-GPRC5D) Light chain

分子名称: Talquetamab Fab (anti-GPRC5D) Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.666236 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCKASQNVA THVGWYQQKP GKAPKRLIYS ASYRYSGVPS RFSGSGSGTE FTLTISNLQP EDFATYYCQ QYNRYPYTFG QGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCKASQNVA THVGWYQQKP GKAPKRLIYS ASYRYSGVPS RFSGSGSGTE FTLTISNLQP EDFATYYCQ QYNRYPYTFG QGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #3: G-protein coupled receptor family C group 5 member D

分子名称: G-protein coupled receptor family C group 5 member D
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.540027 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVDMYKDCIE STGDYFLLCD AEGPWGIILE SLAILGIVVT ILLLLAFLFL MRKIQDCSQW NVLPTQLLFL LSVLGLFGLA FAFIIELNQ QTAPVRYFLF GVLFALCFSC LLAHASNLVK LVRGCVSFSW TTILCIAIGC SLLQIIIATE YVTLIMTRGM M FVNMTPCQ ...文字列:
MVDMYKDCIE STGDYFLLCD AEGPWGIILE SLAILGIVVT ILLLLAFLFL MRKIQDCSQW NVLPTQLLFL LSVLGLFGLA FAFIIELNQ QTAPVRYFLF GVLFALCFSC LLAHASNLVK LVRGCVSFSW TTILCIAIGC SLLQIIIATE YVTLIMTRGM M FVNMTPCQ LNVDFVVLLV YVLFLMALTF FVSKATFCGP CENWKQHGRL IFITVLFSII IWVVWISMLL RGNPQFQRQP QW DDPVVCI ALVTNAWVFL LLYIVPELCI LYRSCRQECP LQGNACPVTA YQHSFQVENQ ELSRARDSDG AEEDSGSGSG RGR GGSENL YFQGGSGSGG DYKDDDDKDY KDDDDK

UniProtKB: G-protein coupled receptor family C group 5 member D

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分子 #4: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.73 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 628867
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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