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- EMDB-60685: Structure of influenza A virus RNA polymerase PB1 and nuclear imp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60685
タイトルStructure of influenza A virus RNA polymerase PB1 and nuclear import host factor RanBP5 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: influenza A virus RNA polymerase PB1 and nuclear import host factor RanBP5 complex.
    • 複合体: RanBP5
      • タンパク質・ペプチド: Importin-5
    • 複合体: RNA polymerase PB1
      • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
キーワードvirus RNA polymerase / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cRNA Synthesis / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / GTPase inhibitor activity / vRNA Synthesis ...cRNA Synthesis / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / GTPase inhibitor activity / vRNA Synthesis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / NLS-bearing protein import into nucleus / nuclear localization sequence binding / ribosomal protein import into nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / nuclear import signal receptor activity / Viral Messenger RNA Synthesis / vRNP Assembly / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / negative regulation of cell cycle / Viral mRNA Translation / nuclear pore / cellular response to amino acid stimulus / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / protein import into nucleus / nuclear membrane / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / nucleolus / host cell nucleus / Golgi apparatus / RNA binding / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Importin repeat / Importin repeat 6 / Importin repeat 4 / Importin repeat / Importin repeat / Importin repeat 6 / Importin beta family / TOG domain / TOG / HEAT-like repeat ...Importin repeat / Importin repeat 6 / Importin repeat 4 / Importin repeat / Importin repeat / Importin repeat 6 / Importin beta family / TOG domain / TOG / HEAT-like repeat / HEAT repeat / HEAT repeat / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin-5 / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (strain A/Puerto Rico/8/1934 H1N1) (A型インフルエンザウイルス) / Influenza A virus (strain A/Puerto Rico/8/1934 H1N1)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Uchikubo-Kamo T / Ishimoto N / Park SY
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2024
タイトル: Structural insights into Influenza A virus RNA polymerase PB1 binding to nuclear import host factor RanBP5.
著者: Tomomi Uchikubo-Kamo / Naito Ishimoto / Haruka Umezawa / Mikako Hirohama / Maasa Ono / Haruka Kawabata / Kenichi Kamata / Mio Ohki / Hisashi Yoshida / Jae-Hyun Park / Jeremy R H Tame / ...著者: Tomomi Uchikubo-Kamo / Naito Ishimoto / Haruka Umezawa / Mikako Hirohama / Maasa Ono / Haruka Kawabata / Kenichi Kamata / Mio Ohki / Hisashi Yoshida / Jae-Hyun Park / Jeremy R H Tame / Atsushi Kawaguchi / Sam-Yong Park /
要旨: The genome of influenza A viruses consists of eight RNA segments that form a heterotrimer, and the viral genome undergoes transcription and replication in the nucleus. Thus, during infection, newly ...The genome of influenza A viruses consists of eight RNA segments that form a heterotrimer, and the viral genome undergoes transcription and replication in the nucleus. Thus, during infection, newly synthesized RNA polymerase subunits must be imported into the nucleus. Although several models have been proposed for this process, the consensus is that the RNA polymerase subunits PB1 and PA form a dimer in the cytoplasm and are transported into the nucleus by Ran binding protein 5 (RanBP5). The PB2 subunit undergoes separate transport to complete the nuclear import. However, the molecular mechanism of nuclear import by host factors and their interactions with proteins are largely unknown. Here we present the structural analysis of the RanBP5 and PB1 NLS domain complex by cryo-EM at 3.2 Å resolution. The pattern shows that the NLS domain of PB1 does not exist in a secondary structure and interacts with RanBP5 in a wrapped state. In addition, biochemical analyses of the mutant have identified critical amino acid sites involved in complex binding. The results suggest a stepwise assembly of influenza virus structural components regulated by nuclear import mechanisms and host factor binding, with important implications for drug discovery research.
履歴
登録2024年7月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月27日-
マップ公開2024年11月27日-
更新2024年11月27日-
現状2024年11月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60685.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60685.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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= 212.48 Å		0.83 Å/pix.
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表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.35700458 - 0.62977946
平均 (標準偏差)0.0002680041 (±0.014965555)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 212.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_60685_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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追加マップ: #1

ファイルemd_60685_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60685_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60685_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : influenza A virus RNA polymerase PB1 and nuclear import host fact...

全体名称: influenza A virus RNA polymerase PB1 and nuclear import host factor RanBP5 complex.
要素
  • 複合体: influenza A virus RNA polymerase PB1 and nuclear import host factor RanBP5 complex.
    • 複合体: RanBP5
      • タンパク質・ペプチド: Importin-5
    • 複合体: RNA polymerase PB1
      • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

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超分子 #1: influenza A virus RNA polymerase PB1 and nuclear import host fact...

超分子名称: influenza A virus RNA polymerase PB1 and nuclear import host factor RanBP5 complex.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: RanBP5

超分子名称: RanBP5 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: RNA polymerase PB1

超分子名称: RNA polymerase PB1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Influenza A virus (strain A/Puerto Rico/8/1934 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Importin-5

分子名称: Importin-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 126.154023 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRGSHHHHHH GSENLYFQGG SMAAAAAEQQ QFYLLLGNLL SPDNVVRKQA EETYENIPGQ SKITFLLQAI RNTTAAEEAR QMAAVLLRR LLSSAFDEVY PALPSDVQTA IKSELLMIIQ METQSSMRKK VCDIAAELAR NLIDEDGNNQ WPEGLKFLFD S VSSQNVGL ...文字列:
MRGSHHHHHH GSENLYFQGG SMAAAAAEQQ QFYLLLGNLL SPDNVVRKQA EETYENIPGQ SKITFLLQAI RNTTAAEEAR QMAAVLLRR LLSSAFDEVY PALPSDVQTA IKSELLMIIQ METQSSMRKK VCDIAAELAR NLIDEDGNNQ WPEGLKFLFD S VSSQNVGL REAALHIFWN FPGIFGNQQQ HYLDVIKRML VQCMQDQEHP SIRTLSARAT AAFILANEHN VALFKHFADL LP GFLQAVN DSCYQNDDSV LKSLVEIADT VPKYLRPHLE ATLQLSLKLC GDTSLNNMQR QLALEVIVTL SETAAAMLRK HTN IVAQTI PQMLAMMVDL EEDEDWANAD ELEDDDFDSN AVAGESALDR MACGLGGKLV LPMIKEHIMQ MLQNPDWKYR HAGL MALSA IGEGCHQQME GILNEIVNFV LLFLQDPHPR VRYAACNAVG QMATDFAPGF QKKFHEKVIA ALLQTMEDQG NQRVQ AHAA AALINFTEDC PKSLLIPYLD NLVKHLHSIM VLKLQELIQK GTKLVLEQVV TSIASVADTA EEKFVPYYDL FMPSLK HIV ENAVQKELRL LRGKTIECIS LIGLAVGKEK FMQDASDVMQ LLLKTQTDFN DMEDDDPQIS YMISAWARMC KILGKEF QQ YLPVVMGPLM KTASIKPEVA LLDTQDMENM SDDDGWEFVN LGDQQSFGIK TAGLEEKSTA CQMLVCYAKE LKEGFVEY T EQVVKLMVPL LKFYFHDGVR VAAAESMPLL LECARVRGPE YLTQMWHFMC DALIKAIGTE PDSDVLSEIM HSFAKCIEV MGDGCLNNEH FEELGGILKA KLEEHFKNQE LRQVKRQDED YDEQVEESLQ DEDDNDVYIL TKVSDILHSI FSSYKEKVLP WFEQLLPLI VNLICPHRPW PDRQWGLCIF DDVIEHCSPA SFKYAEYFLR PMLQYVCDNS PEVRQAAAYG LGVMAQYGGD N YRPFCTEA LPLLVRVIQS ADSKTKENVN ATENCISAVG KIMKFKPDCV NVEEVLPHWL SWLPLHEDKE EAVQTFNYLC DL IESNHPI VLGPNNTNLP KIFSIIAEGE MHEAIKHEDP CAKRLANVVR QVQTSGGLWT ECIAQLSPEQ QAAIQELLNS A

UniProtKB: Importin-5

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分子 #2: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

分子名称: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Influenza A virus (strain A/Puerto Rico/8/1934 H1N1)
分子量理論値: 6.51849 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
HHHHHHGSEN LYFQGGSTTH FQRKRRVRDN MTKKMITQRT IGKKKQRLNK RSY

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
#0 - 平均電子線量: 47.37 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
#1 - 平均電子線量: 47.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6xu2

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 226937
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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