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万見
- EMDB-60664: Structure and iron-transporting mechanism of BOCT1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60664
タイトルStructure and iron-transporting mechanism of BOCT1
マップデータ
試料
  • 細胞: mBOCT1
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 22 (organic cation transporter), member 17
  • リガンド: FE (II) ION
キーワードSLC / MFS / 11 TMs / Iron-transporting / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Sugar transport proteins signature 1. / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 22 member 17
類似検索 - 構成要素
生物種Mus spicilegus (ネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Chen J / Chen L
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32130048 and 92157301 中国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structure and iron-transporting mechanism of BOCT1
著者: Chen J / Chen L
履歴
登録2024年6月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月2日-
マップ公開2025年7月2日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60664.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60664.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 277.12 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 277.12 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 277.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.57
最小 - 最大-3.597755 - 4.858121
平均 (標準偏差)0.00094774173 (±0.075522535)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 277.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60664_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_60664_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : mBOCT1

全体名称: mBOCT1
要素
  • 細胞: mBOCT1
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 22 (organic cation transporter), member 17
  • リガンド: FE (II) ION

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超分子 #1: mBOCT1

超分子名称: mBOCT1 / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus spicilegus (ネズミ)

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分子 #1: Solute carrier family 22 (organic cation transporter), member 17

分子名称: Solute carrier family 22 (organic cation transporter), member 17
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus spicilegus (ネズミ)
分子量理論値: 55.716895 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASDPIFTLA PPLHCHYGAL PPNASGWEQP PNSSGVSVAG AALAASAASG VVTSTDPSCS GFAPPDFNHC LKDWDYNGLP VLTTNAIGQ WDLVCDLGWQ VILEQILFIL GFASGYLFLG YPADRFGRRG IVLLTLGLVG PCGVGGAAAG SSTGIMALRF L LGFLLAGV ...文字列:
MASDPIFTLA PPLHCHYGAL PPNASGWEQP PNSSGVSVAG AALAASAASG VVTSTDPSCS GFAPPDFNHC LKDWDYNGLP VLTTNAIGQ WDLVCDLGWQ VILEQILFIL GFASGYLFLG YPADRFGRRG IVLLTLGLVG PCGVGGAAAG SSTGIMALRF L LGFLLAGV DLGVYLMRLE LCDPTQRLRV ALAGELVGVG GHFLFLGLAL VSKDWRFLQR MITAPCILFL FYGWPGLFLE SA RWLIVKR QIEEAQSVLR ILAERNRPHG QMLGEEAQEA LQELENTCPL PATSTFSFAS LLNYRNIWKN LLILGFTNFI AHA IRHCYQ PVGGGGSPSD FYLCSLLASG TAALACVFLG VTVDRFGRRG ILLLSMTLTG IASLVLLGLW DYLNDAAITT FSVL GLFSS QASAILSTLL ASEIIPTTVR GRGLGLIMAL GALGGLSCPA QRLHMGHGAF LQHVVLAACA LLCILSIMLL PETKR KLLP EVLRDGELCR RPSLLRQPPP NRCDHVPLLA TPNPAL

UniProtKB: Solute carrier family 22 member 17

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分子 #2: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 8.2 / 構成要素 - 濃度: 5.6 mg/mL / 構成要素 - 式: NaCl / 構成要素 - 名称: Sodium Chloride / 詳細: 0.001% MNG 20 mM Hepes
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2.5 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 77.0 K / 最高: 77.0 K
特殊光学系球面収差補正装置: Yes
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 2.53 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 倍率（補正後）: 63000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 63000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2579209
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V4) / 使用した粒子像数: 171512
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V4)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V4)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 130000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9il4:
Structure and iron-transporting mechanism of BOCT1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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