[日本語] English
万見
- EMDB-60659: Cryo-EM structure of TLP-4 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60659
タイトルCryo-EM structure of TLP-4
マップデータCryo-EM map of TLP-4
試料
  • 複合体: TLP-4
    • タンパク質・ペプチド: TLP-4
キーワードFibril / PROTEIN FIBRIL
生物種algae metagenome (メタゲノム)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Yan N / Yan C / Li Z / Wang T
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32330052 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32341016 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171204 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: CryoSeek II: Cryo-EM analysis of glycofibrils from freshwater reveals well-structured glycans coating linear tetrapeptide repeats.
著者: Tongtong Wang / Wenze Huang / Kui Xu / Yitong Sun / Qiangfeng Cliff Zhang / Chuangye Yan / Zhangqiang Li / Nieng Yan /
要旨: Despite the recent breakthrough in structure determination and prediction of proteins, the structural investigation of carbohydrates remains a challenge. Here, we report the cryo-EM analysis of a ...Despite the recent breakthrough in structure determination and prediction of proteins, the structural investigation of carbohydrates remains a challenge. Here, we report the cryo-EM analysis of a glycofibril found in the freshwater in the Tsinghua Lotus Pond. The fibril, which we name TLP-4, is made of a linear chain of tetrapeptide repeats coated with >4 nm thick glycans. In each repeat, two glycans are O-linked to a 3,4-dihydroxyproline and another glycan attaches to the adjacent Ser or Thr. The fibril structure is entirely maintained through glycan packing. Bioinformatic analysis confirms the conservation of the TLP-4 repeats across species, suggesting the existence of a large number of glycofibrils to be discovered. Our findings not only provide valuable insights into the structural roles of glycans in bio-assemblies but also demonstrate the potential of our recently formulated research strategy of CryoSeek to find bioentities and establish prototypes for structural studies of carbohydrates.
履歴
登録2024年6月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月8日-
マップ公開2025年1月8日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_60659.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60659.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of TLP-4
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 351.328 Å		1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 351.328 Å		1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 351.328 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0979 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.79287744 - 2.402559
平均 (標準偏差)0.0009564067 (±0.05093104)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 351.328 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half A map of TLP-4

ファイルemd_60659_half_map_1.map
注釈Half_A map of TLP-4
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half B map of TLP-4

ファイルemd_60659_half_map_2.map
注釈Half_B map of TLP-4
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : TLP-4

全体名称: TLP-4
要素
  • 複合体: TLP-4
    • タンパク質・ペプチド: TLP-4

-
超分子 #1: TLP-4

超分子名称: TLP-4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: algae metagenome (メタゲノム)

-
分子 #1: TLP-4

分子名称: TLP-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: algae metagenome (メタゲノム)
分子量理論値: 7.008729 KDa
配列文字列:
(A1D9O)TAS(A1D9O)TAS(A1D9O)T AS(A1D9O)TAS(A1D9O)TAS (A1D9O)TAS(A1D9O)TAS(A1D9O)T AS (A1D9O)TAS(A1D9O)TA S(A1D9O)TAS(A1D9O)TAS(A1D9O) TAS(A1D9O)TAS(A1D9O)TA S(A1D9O)TAS (A1D9O)TAS (A1D9O)TAS

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

-
試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 12.41 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 134.79 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 27189
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る