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- EMDB-60655: Orf virus scaffolding protein Orfv075 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60655
タイトルOrf virus scaffolding protein Orfv075
マップデータ3D reconstruction of Orfv075 (sharpened)
試料
  • 複合体: Orfv075 trimer
    • タンパク質・ペプチド: 62 kDa protein
  • リガンド: water
キーワードScaffold protein / Capsid protein / Poxvirus / VIRAL PROTEIN
機能・相同性Poxvirus rifampicin-resistance / Poxvirus rifampicin resistance protein / response to antibiotic / 62 kDa protein
機能・相同性情報
生物種Orf virus (strain NZ2) (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hyun J / Kim S / Ko S / Kim M / Jang Y
資金援助 韓国, 1件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Korea)2022R1A2C1005885 韓国
引用ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of orf virus scaffolding protein orfv075.
著者: Seungmi Kim / Sumin Ko / Minjae Kim / Yeontae Jang / Jaekyung Hyun /
要旨: Capsid-like poxvirus scaffold proteins self-assemble into semi-regular lattice that govern the formation of spherical immature virus particles. The scaffolding is a critical step in virus ...Capsid-like poxvirus scaffold proteins self-assemble into semi-regular lattice that govern the formation of spherical immature virus particles. The scaffolding is a critical step in virus morphogenesis as exemplified by the drug rifampicin that impairs the recruitment of scaffold onto the viral membrane in vaccinia virus (VACV). Here we report cryo-electron microscopy structure of scaffolding protein Orfv075 of orf virus (ORFV) that causes smallpox-like diseases in sheep, goats and occasionally humans via zoonotic infection. We demonstrate that the regions that are involved in intertrimeric interactions for scaffold assembly are largely conserved in comparison to its VACV orthologue protein D13 whose intermediate assembly structures have been previously characterized. By contrast, less conserved regions are located away from these interfaces, indicating both viruses share similar assembly mechanisms. We also show that the phenylalanine-rich binding site of rifampicin in D13 is conserved in Orfv075, and molecular docking simulation confirms similar binding modes. Our study provides structural basis of scaffolding protein as a target for anti-poxvirus treatment across wide range of poxvirus genera.
履歴
登録2024年6月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月7日-
マップ公開2024年8月7日-
更新2024年8月7日-
現状2024年8月7日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60655.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60655.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D reconstruction of Orfv075 (sharpened)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.65 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.3471265 - 0.6583064
平均 (標準偏差)0.000021669968 (±0.018351028)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 249.59999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_60655_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 3D reconstruction of Orfv075 (unsharpened)

ファイルemd_60655_additional_1.map
注釈3D reconstruction of Orfv075 (unsharpened)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: First halfmap of Orfv075 3D reconstruction

ファイルemd_60655_half_map_1.map
注釈First halfmap of Orfv075 3D reconstruction
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Second halfmap of Orfv075 3D reconstruction

ファイルemd_60655_half_map_2.map
注釈Second halfmap of Orfv075 3D reconstruction
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Orfv075 trimer

全体名称: Orfv075 trimer
要素
  • 複合体: Orfv075 trimer
    • タンパク質・ペプチド: 62 kDa protein
  • リガンド: water

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超分子 #1: Orfv075 trimer

超分子名称: Orfv075 trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Orf virus (strain NZ2) (ウイルス)
分子量理論値: 190 KDa

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分子 #1: 62 kDa protein

分子名称: 62 kDa protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Orf virus (strain NZ2) (ウイルス)
分子量理論値: 63.652172 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMNNSV VSLVGGDDAV RRASVFATDH RAPTVYMPQY ITTQGVVDTT SDAVTVTFEI RDKYISAMN NFVLSVDLPE IKGVGKMCYV PYIAYKLIRH VAVNSAADTI WETSGEELFD SCLDNERVME LSGFSRELND L STGSSPND ...文字列:
MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMNNSV VSLVGGDDAV RRASVFATDH RAPTVYMPQY ITTQGVVDTT SDAVTVTFEI RDKYISAMN NFVLSVDLPE IKGVGKMCYV PYIAYKLIRH VAVNSAADTI WETSGEELFD SCLDNERVME LSGFSRELND L STGSSPND VIKEAACVHA YIKTPFDADK TFSTLKLSDS KVTVTVTLNP VACVMVYDET FDAAKLAKEF PYSMELSFIG YM VKNLCPR PAFIEMPRRR VEQINHTTAV ITDVHACTSL SVYMKPVLSD ANNRFISYPG FQQSEGDFVM AFVERLLEDM VIV SNCYPE GFPETAEIVE VPPSGVVSIQ DTDVFVRIDD VPVGMRVFLH TNILVFATRK NSVVYNMSKK FSAITGAYSR ATSR IRFTT AIHSVNIGDA SVPVGVWTCQ RNVYNGDNRS PEARAKDLFV ADPFLKGVDF KNKIDVIARM DVRFGNEVLY SENSA VSRV FGEILGKTPG VRTLQFNFTP STFFSPTALN SNVSRGKDKL AVRVTTAHME AHNPLMYVPR QMVVVCNEVY RLSYDA GIV AEKVTAQ

UniProtKB: 62 kDa protein

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分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 150 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.13 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H11NO3Tris-HCl
500.0 mMNaClSodium chloride
50.0 mMC6H14N4O2C6H14N4O2L-arginine
50.0 mMC5H9NO4L-glutamic acid
2.0 mMC2H6OSBeta-mercapthoethanol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
温度最低: 77.0 K / 最高: 93.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10975 / 平均露光時間: 2.6 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 76923 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2051025
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
詳細: Initial model was generated using CryoSPARC ab-initio model generation from the particles that had been assorted by 2D classification.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
ソフトウェア - 詳細: CryoSPARC homogeneous refinement was used for final 3D reconstruction.
使用した粒子像数: 714562
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
ソフトウェア - 詳細: CryoSPARC ab-initio reconstruction and heterogenous refinement were used to assign initial 3D orientation.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
ソフトウェア - 詳細: CryoSPARC homogeneous refinement was used for final 3D orientation assignment.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7vfd


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 1-547 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Structure of orthologue protein D13 (PDB 7VFD) was fitted into the density map of orfv075 using UCSF Chimera. The fitted structure was modified in Coot based on sequence alignment between D13 and Orfv075. The resulting Orfv075 model was refined using PHENIX.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-9ikc:
Orf virus scaffolding protein Orfv075

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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