EMDB-60623: Tubular PuuE D-loop complex with C6 symmetry

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-60623

タイトル

Tubular PuuE D-loop complex with C6 symmetry

マップデータ

試料

複合体: Tubular PuuE D-loop complex with C6 symmetry

キーワード

Supramolecular complex / DE NOVO PROTEIN

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 26.0 Å

データ登録者

Noji M / Sugita Y / Suzuki Y

資金援助

日本, 5件

Organization	Grant number	国
Japan Science and Technology	JPMJPR22A7	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	21H05116	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	21H05117	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	19K22253	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	19H02832	日本

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Protein design of two-component tubular assemblies like cytoskeletons
著者: Noji M / Sugita Y / Yamazaki Y / Miyazaki M / Suzuki Y

履歴

登録	2024年6月21日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年6月25日	-
マップ公開	2025年6月25日	-
更新	2025年6月25日	-
現状	2025年6月25日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_60623.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_60623.map.gz	84.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-60623-v30.xml emd-60623.xml	14.7 KB 14.7 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_60623_fsc.xml	10.5 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_60623.png	57.4 KB
マスクデータ	emd_60623_msk_1.map	93 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-60623.cif.gz	4.1 KB
その他	emd_60623_half_map_1.map.gz emd_60623_half_map_2.map.gz	71.4 MB 71.4 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-60623 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-60623	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_60623_validation.pdf.gz	895.4 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_60623_full_validation.pdf.gz	895 KB	表示
XML形式データ	emd_60623_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	emd_60623_validation.cif.gz	22.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-60623 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-60623	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	60617C 60618C 60619C 60620C 60621C 60622C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_60623.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 93 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	2.78 Å/pix. x 290 pix. = 804.75 Å	2.78 Å/pix. x 290 pix. = 804.75 Å	2.78 Å/pix. x 290 pix. = 804.75 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 2.775 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.016
最小 - 最大	-0.015094573 - 0.02862087
平均 (標準偏差)	0.000109376415 (±0.0046960507)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_60623_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_60623_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_60623_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Tubular PuuE D-loop complex with C6 symmetry

全体	名称: Tubular PuuE D-loop complex with C6 symmetry
要素	複合体: Tubular PuuE D-loop complex with C6 symmetry

-
超分子 #1: Tubular PuuE D-loop complex with C6 symmetry

超分子	名称: Tubular PuuE D-loop complex with C6 symmetry / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	らせん対称体再構成法
試料の集合状態	helical array

-
試料調製

緩衝液	pH: 8
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS GLACIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm 最小デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 150000
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

最終再構成	想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 75.8 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 31.6 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C₆ (6回回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5) / 使用した粒子像数: 1291
CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデル	モデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終角度割当	タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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