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万見
- EMDB-60606: human alpha 7 nicotinic acetylcholine receptor in complex with GA... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60606
タイトルhuman alpha 7 nicotinic acetylcholine receptor in complex with GAT107 and calcium (open state)
マップデータ
試料
  • 複合体: human alpha 7 nicotinic acetylcholine receptor in complex with GAT107
    • タンパク質・ペプチド: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードLigand-gated ion channel / Positive allosteric modulator / Ago-PAM / Allosteric modulation / Calcium potentiation / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sensory processing / dendrite arborization / response to acetylcholine / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated channel complex / short-term memory / regulation of amyloid fibril formation / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / : ...sensory processing / dendrite arborization / response to acetylcholine / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated channel complex / short-term memory / regulation of amyloid fibril formation / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / : / dendritic spine organization / acetylcholine binding / chloride channel regulator activity / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of amyloid-beta formation / modulation of excitatory postsynaptic potential / response to amyloid-beta / monoatomic ion channel activity / negative regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / plasma membrane raft / toxic substance binding / monoatomic ion transport / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of long-term synaptic potentiation / excitatory postsynaptic potential / response to nicotine / synapse organization / calcium channel activity / memory / cognition / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / calcium ion transport / amyloid-beta binding / monoatomic ion transmembrane transport / postsynaptic membrane / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / learning or memory / positive regulation of protein phosphorylation / response to hypoxia / postsynapse / neuron projection / positive regulation of cell population proliferation / synapse / signal transduction / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nicotinic acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Liu S / Zheng Y / Tian C
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2025
タイトル: Structural basis for allosteric agonism of human α7 nicotinic acetylcholine receptors.
著者: Sanling Liu / Yining Zheng / Haopeng Chen / Xin Li / Qipeng Yan / Wenjun Mu / Yaning Fu / Huan Chen / Hongwei Hou / Lei Liu / Changlin Tian /
要旨: The α7 nicotinic acetylcholine receptor (nAChR), a pentameric ligand-gated ion channel, plays important roles in cognition, neuroprotection, and anti-inflammation. As a potential drug target, α7 ...The α7 nicotinic acetylcholine receptor (nAChR), a pentameric ligand-gated ion channel, plays important roles in cognition, neuroprotection, and anti-inflammation. As a potential drug target, α7 nAChR has different binding sites for different ligands, particularly agonists and positive allosteric modulators (PAMs). Ago-PAMs can both directly activate and allosterically modulate α7 nAChR. However, the mechanism underlying α7 nAChR modulation by ago-PAM has yet to be fully elucidated. Here, we present cryo-EM structures of α7 nAChR in complex with the ago-PAM GAT107 and Ca in the open and desensitized states, respectively. Our results from both structural comparisons and functional assays suggest an allosteric mechanism underlying GAT107 modulation and calcium potentiation of α7 nAChR, involving local conformational changes in the ECD-TMD coupling region and a global structural rearrangement in the transmembrane domain. This work provides a new mechanism of α7 nAChR gating distinct from that of conventional agonist binding. These findings would aid in drug design and enrich our biophysical understanding of pentameric ligand-gated ion channels.
履歴
登録2024年6月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年4月23日-
現状2025年4月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60606.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60606.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 256.8 Å		1.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 256.8 Å		1.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 256.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.22
最小 - 最大-2.3803837 - 4.172625
平均 (標準偏差)0.0075131194 (±0.10168025)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 256.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60606_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60606_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human alpha 7 nicotinic acetylcholine receptor in complex with GAT107

全体名称: human alpha 7 nicotinic acetylcholine receptor in complex with GAT107
要素
  • 複合体: human alpha 7 nicotinic acetylcholine receptor in complex with GAT107
    • タンパク質・ペプチド: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: human alpha 7 nicotinic acetylcholine receptor in complex with GAT107

超分子名称: human alpha 7 nicotinic acetylcholine receptor in complex with GAT107
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7

分子名称: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.61625 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRCSPGGVWL ALAASLLHVS LQGEFQRKLY KELVKNYNPL ERPVANDSQP LTVYFSLSLL QIMDVDEKNQ VLTTNIWLQM SWTDHYLQW NVSEYPGVKT VRFPDGQIWK PDILLYNSAD ERFDATFHTN VLVNSSGHCQ YLPPGIFKSS CYIDVRWFPF D VQHCKLKF ...文字列:
MRCSPGGVWL ALAASLLHVS LQGEFQRKLY KELVKNYNPL ERPVANDSQP LTVYFSLSLL QIMDVDEKNQ VLTTNIWLQM SWTDHYLQW NVSEYPGVKT VRFPDGQIWK PDILLYNSAD ERFDATFHTN VLVNSSGHCQ YLPPGIFKSS CYIDVRWFPF D VQHCKLKF GSWSYGGWSL DLQMQEADIS GYIPNGEWDL VGIPGKRSER FYECCKEPYP DVTFTVTMRR RTLYYGLNLL IP CVLISAL ALLVFLLPAD SGEKISLGIT VLLSLTVFML LVAEIMPATS DSVPLIAQYF ASTMIIVGLS VVVTVIVLQY HHH DPDGGK MPKWTRVILL NWCAWFLRMK RPGEDKVRPA CQHKQRRCSL ASVEMSAVAP PPASNGNLLY IGFRGLDGVH CVPT PDSGV VCGRMACSPT HDEHLLHGGQ PPEGDPDLAK ILEEVRYIAN RFRCQDESEA VCSEWKFAAC VVDRLCLMAF SVFTI ICTI GILMSAPNFV EAVSKDFAGG DYKDDDDK

UniProtKB: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 10 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #4: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 118309
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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