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- EMDB-60540: the Planar Cell Polarity Core Protein Vangl1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60540
タイトルthe Planar Cell Polarity Core Protein Vangl1
マップデータ
試料
  • 複合体: Vang-like protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Vang-like protein 1
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
キーワードNTD / PCP / Vangl / Prickle / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mucociliary clearance / RHOD GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / RND1 GTPase cycle / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / pigmentation ...mucociliary clearance / RHOD GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / RND1 GTPase cycle / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / pigmentation / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / lateral plasma membrane / RAC1 GTPase cycle / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Vang-like protein / Strabismus protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Vang-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhang F / Chen S
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82101213 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure and oligomerization of the human planar cell polarity core protein Vangl1.
著者: Fan Zhang / Shaobai Li / Hao Wu / Shanshuang Chen /
要旨: Vangl is a planar cell polarity (PCP) core protein essential for aligned cell orientation along the epithelial plane perpendicular to the apical-basal direction, which is important for tissue ...Vangl is a planar cell polarity (PCP) core protein essential for aligned cell orientation along the epithelial plane perpendicular to the apical-basal direction, which is important for tissue morphogenesis, development and collective cell behavior. Mutations in Vangl are associated with developmental defects, including neural tube defects (NTDs), according to human cohort studies of sporadic and familial cases. The complex mechanisms underlying Vangl-mediated PCP signaling or Vangl-associated human congenital diseases have been hampered by the lack of molecular characterizations of Vangl. Here, we show biochemical and structural evidence that human Vangl1 oligomerizes as dimers of trimers, and that the dimerization of trimers promotes binding to the PCP effector Prickle1 (Pk1) in vitro. Mapping of human disease-associated point mutations suggests potential pathological mechanisms and paves the way for future studies on the importance of lipid binding, central vestibule and oligomerization of Vangl, thereby providing insights into the molecular mechanisms of the PCP signaling pathway.
履歴
登録2024年6月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月27日-
マップ公開2024年11月27日-
更新2025年3月26日-
現状2025年3月26日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60540.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60540.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.2 Å/pix.
x 320 pix.
= 384. Å		1.2 Å/pix.
x 320 pix.
= 384. Å		1.2 Å/pix.
x 320 pix.
= 384. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.206
最小 - 最大-1.1802546 - 2.2171571
平均 (標準偏差)0.0009078518 (±0.03478771)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 384.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60540_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60540_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Vang-like protein 1

全体名称: Vang-like protein 1
要素
  • 複合体: Vang-like protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Vang-like protein 1
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

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超分子 #1: Vang-like protein 1

超分子名称: Vang-like protein 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Vang-like protein 1

分子名称: Vang-like protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.053887 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDTESTYSGY SYYSSHSKKS HRQGERTRER HKSPRNKDGR GSEKSVTIQP PTGEPLLGND STRTEEVQDD NWGETTTAIT GTSEHSISQ EDIARISKDM EDSVGLDCKR YLGLTVASFL GLLVFLTPIA FILLPPILWR DELEPCGTIC EGLFISMAFK L LILLIGTW ...文字列:
MDTESTYSGY SYYSSHSKKS HRQGERTRER HKSPRNKDGR GSEKSVTIQP PTGEPLLGND STRTEEVQDD NWGETTTAIT GTSEHSISQ EDIARISKDM EDSVGLDCKR YLGLTVASFL GLLVFLTPIA FILLPPILWR DELEPCGTIC EGLFISMAFK L LILLIGTW ALFFRKRRAD MPRVFVFRAL LLVLIFLFVV SYWLFYGVRI LDSRDRNYQG IVQYAVSLVD ALLFIHYLAI VL LELRQLQ PMFTLQVVRS TDGESRFYSL GHLSIQRAAL VVLENYYKDF TIYNPNLLTA SKFRAAKHMA GLKVYNVDGP SNN ATGQSR AMIAAAARRR DSSHNELYYE EAEHERRVKK RKARLVVAVE EAFIHIQRLQ AEEQQKAPGE VMDPREAAQA IFPS MARAL QKYLRITRQQ NYHSMESILQ HLAFCITNGM TPKAFLERYL SAGPTLQYDK DRWLSTQWRL VSDEAVTNGL RDGIV FVLK CLDFSLVVNV KKIPFIILSE EFIDPKSHKF VLRLQSETSV

UniProtKB: Vang-like protein 1

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分子 #2: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #3: 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: MC3
分子量理論値: 677.933 Da
Chemical component information

ChemComp-MC3:
1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 718127
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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