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万見
- EMDB-60525: cryoEM structure of JR14a bound C3aR-BRIL-BAG2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60525
タイトルcryoEM structure of JR14a bound C3aR-BRIL-BAG2 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: JR14a bound C3aR-BRIL-BAG2 complex
    • タンパク質・ペプチド: Beta-2 adrenergic receptor,C3a anaphylatoxin chemotactic receptor,Soluble cytochrome b562
    • タンパク質・ペプチド: anti-BRIL Fab LC
    • タンパク質・ペプチド: anti-BRIL Fab HC
  • リガンド: (2~{S})-5-[bis(azanyl)methylideneamino]-2-[[5-[bis(4-chlorophenyl)methyl]-3-methyl-thiophen-2-yl]carbonylamino]pentanoic acid
キーワードcomplement receptor / C3aR / Non-peptide agonist / JR14a / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


complement component C3a receptor activity / complement component C5a receptor activity / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / beta2-adrenergic receptor activity / negative regulation of smooth muscle contraction / positive regulation of neutrophil chemotaxis / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of autophagosome maturation / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure ...complement component C3a receptor activity / complement component C5a receptor activity / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / beta2-adrenergic receptor activity / negative regulation of smooth muscle contraction / positive regulation of neutrophil chemotaxis / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of autophagosome maturation / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / norepinephrine binding / heat generation / Adrenoceptors / blood circulation / positive regulation of lipophagy / azurophil granule membrane / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of multicellular organism growth / adrenergic receptor signaling pathway / endosome to lysosome transport / response to psychosocial stress / diet induced thermogenesis / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / adenylate cyclase binding / smooth muscle contraction / bone resorption / positive regulation of bone mineralization / potassium channel regulator activity / neuronal dense core vesicle / brown fat cell differentiation / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / specific granule membrane / intercellular bridge / regulation of sodium ion transport / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / receptor-mediated endocytosis / response to cold / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / calcium-mediated signaling / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / G protein-coupled receptor activity / electron transport chain / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / cellular response to amyloid-beta / chemotaxis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / mitotic spindle / Clathrin-mediated endocytosis / amyloid-beta binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / microtubule cytoskeleton / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / transcription by RNA polymerase II / periplasmic space / early endosome / electron transfer activity / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / lysosome / receptor complex / Ub-specific processing proteases / endosome / positive regulation of MAPK cascade / ciliary basal body / cilium / apical plasma membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
C3a anaphylatoxin chemotactic receptor / Anaphylatoxin chemotactic receptor, C3a/C5a1/C5a2 / Formyl peptide receptor-related / Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. ...C3a anaphylatoxin chemotactic receptor / Anaphylatoxin chemotactic receptor, C3a/C5a1/C5a2 / Formyl peptide receptor-related / Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2 adrenergic receptor / Soluble cytochrome b562 / C3a anaphylatoxin chemotactic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Luo P / Xu Y / Xu HE
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82121005 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32130022 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the agonist activity of the nonpeptide modulator JR14a on C3aR.
著者: Ping Luo / Wenwen Xin / Shimeng Guo / Xin Li / Qing Zhang / Youwei Xu / Xinheng He / Yue Wang / Wenjia Fan / Qingning Yuan / Kai Wu / Wen Hu / Youwen Zhuang / H Eric Xu / Xin Xie /
履歴
登録2024年6月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月14日-
マップ公開2025年5月14日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60525.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60525.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 296.64 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 296.64 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 296.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.824 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012
最小 - 最大-0.023137579 - 0.055358503
平均 (標準偏差)0.000050014758 (±0.00089846924)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 296.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60525_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60525_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : JR14a bound C3aR-BRIL-BAG2 complex

全体名称: JR14a bound C3aR-BRIL-BAG2 complex
要素
  • 複合体: JR14a bound C3aR-BRIL-BAG2 complex
    • タンパク質・ペプチド: Beta-2 adrenergic receptor,C3a anaphylatoxin chemotactic receptor,Soluble cytochrome b562
    • タンパク質・ペプチド: anti-BRIL Fab LC
    • タンパク質・ペプチド: anti-BRIL Fab HC
  • リガンド: (2~{S})-5-[bis(azanyl)methylideneamino]-2-[[5-[bis(4-chlorophenyl)methyl]-3-methyl-thiophen-2-yl]carbonylamino]pentanoic acid

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超分子 #1: JR14a bound C3aR-BRIL-BAG2 complex

超分子名称: JR14a bound C3aR-BRIL-BAG2 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Beta-2 adrenergic receptor,C3a anaphylatoxin chemotactic receptor...

分子名称: Beta-2 adrenergic receptor,C3a anaphylatoxin chemotactic receptor,Soluble cytochrome b562
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 72.253016 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDVDM GQPGNGSAFL LAPNGSHAPD HDVTQQRDEE NLYFQGASMA SFSAETNSTD LLSQPWNEPP VILSMVILSL TFLLGLPGN GLVLWVAGLK MQRTVNTIWF LHLTLADLLC CLSLPFSLAH LALQGQWPYG RFLCKLIPSI IVLNMFASVF L LTAISLDR ...文字列:
DYKDDDDVDM GQPGNGSAFL LAPNGSHAPD HDVTQQRDEE NLYFQGASMA SFSAETNSTD LLSQPWNEPP VILSMVILSL TFLLGLPGN GLVLWVAGLK MQRTVNTIWF LHLTLADLLC CLSLPFSLAH LALQGQWPYG RFLCKLIPSI IVLNMFASVF L LTAISLDR CLVVFKPIWC QNHRNVGMAC SICGCIWVVA FVMCIPVFVY REIFTTDNHN RCGYKFGLSS SLDYPDFYGD PL ENRSLEN IVQPPGEMND RLDPSSFQTN DHPWTVPTVF QPQTFQRPSA DSLPRGSARL TSQNLYSNVF KPADVVSPKI PSG FPIEDH ETSPLDNSDA FLSTHLKLFP SASSNSFYES ELPQGFQDYY NLGQFTDDDQ VPTPLVAITI TRLVVGFLLP SVIM IACYS FIVFRARRQL ADLEDNWETL NDNLKVIEKA DNAAQVKDAL TKMRAAALDA QKATPPKLED KSPDSPEMKD FRHGF DILV GQIDDALKLA NEGKVKEAQA AAEQLKTTRN AYIQKYLERA RSTLSKTFRV AVVVVAVFLV CWTPYHIFGV LSLLTD PET PLGKTLMSWD HVCIALASAN SCFNPFLYAL LGKDFRKKAR QSIQGILEAA FSEELTRSTH CPSNNVISER NSTTVHH HH HHHH

UniProtKB: Beta-2 adrenergic receptor, C3a anaphylatoxin chemotactic receptor, Soluble cytochrome b562, C3a anaphylatoxin chemotactic receptor

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分子 #2: anti-BRIL Fab LC

分子名称: anti-BRIL Fab LC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.91566 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYLYYSLVT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列:
SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYLYYSLVT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGECVD ENLYFQGASH HHHHHHH

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分子 #3: anti-BRIL Fab HC

分子名称: anti-BRIL Fab HC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.321084 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVVDFSLHWV RQAPGKGLEW VAYISSSSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARWGYWPGEP WWKAFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW ...文字列:
EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVVDFSLHWV RQAPGKGLEW VAYISSSSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARWGYWPGEP WWKAFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEPK S

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分子 #4: (2~{S})-5-[bis(azanyl)methylideneamino]-2-[[5-[bis(4-chlorophenyl...

分子名称: (2~{S})-5-[bis(azanyl)methylideneamino]-2-[[5-[bis(4-chlorophenyl)methyl]-3-methyl-thiophen-2-yl]carbonylamino]pentanoic acid
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: A1D9A
分子量理論値: 533.47 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.3
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 150052
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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