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- EMDB-60522: 1.8 A resolution structure of the Photosystem I assembly intermed... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60522
タイトル1.8 A resolution structure of the Photosystem I assembly intermediate lacking stromal subunits.
マップデータ
試料
  • 複合体: Assembly Intermediate of Photosystem I lacking the cytosolic subunits PsaC, PsaD, and PsaE and the transmembrane subunit PsaL.
    • タンパク質・ペプチド: x 7種
  • リガンド: x 12種
キーワードPSI / assembly intermediates / photosystem I / biochemistry / cryo-EM / photosystem biogenesis. / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I reaction centre subunit VIII ...Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit VIII
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Naschberger A / Komenda J
資金援助 チェコ, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Grant Agency of the Czech Republic24-10227S チェコ
European Research Council (ERC)854126European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.8 A resolution structure of the Photosystem I assembly intermediate lacking stromal subunits
著者: Charras Q / Gupta S / Tichy M / Al-Amoudi A / Lukes M / Konik P / Sobotka R / Novak P / Komenda J / Naschberger A
履歴
登録2024年6月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月18日-
マップ公開2025年6月18日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60522.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60522.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 350 pix.
= 255.15 Å		0.73 Å/pix.
x 350 pix.
= 255.15 Å		0.73 Å/pix.
x 350 pix.
= 255.15 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.729 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.011908391 - 0.046950348
平均 (標準偏差)-0.0001754514 (±0.0013484322)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 255.15 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_60522_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_60522_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_60522_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_60522_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Assembly Intermediate of Photosystem I lacking the cytosolic subu...

全体名称: Assembly Intermediate of Photosystem I lacking the cytosolic subunits PsaC, PsaD, and PsaE and the transmembrane subunit PsaL.
要素
  • 複合体: Assembly Intermediate of Photosystem I lacking the cytosolic subunits PsaC, PsaD, and PsaE and the transmembrane subunit PsaL.
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: beta,beta-caroten-4-one
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: Zeaxanthin
  • リガンド: water

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超分子 #1: Assembly Intermediate of Photosystem I lacking the cytosolic subu...

超分子名称: Assembly Intermediate of Photosystem I lacking the cytosolic subunits PsaC, PsaD, and PsaE and the transmembrane subunit PsaL.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Synechocystis (バクテリア)

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分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Synechocystis (バクテリア)
分子量理論値: 83.036398 KDa
配列文字列: MTISPPEREA KAKVSVDNNP VPTSFEKWGK PGHFDRTLAR GPKTTTWIWN LHANAHDFDS QTSDLEDVSR KIFSAHFGHL AVVFVWLSG MYFHGAKFSN YEGWLADPTH IKPSAQVVWP IVGQGILNGD VGGGFHGIQI TSGLFYLWRA SGFTDSYQLY C TAIGGLVM ...文字列:
MTISPPEREA KAKVSVDNNP VPTSFEKWGK PGHFDRTLAR GPKTTTWIWN LHANAHDFDS QTSDLEDVSR KIFSAHFGHL AVVFVWLSG MYFHGAKFSN YEGWLADPTH IKPSAQVVWP IVGQGILNGD VGGGFHGIQI TSGLFYLWRA SGFTDSYQLY C TAIGGLVM AALMLFAGWF HYHVKAPKLE WFQNVESMMN HHLAGLLGLG SLGWAGHQIH VSMPINKLLD AGVAPKDIPL PH EFILEPS KMAELYPSFA QGLTPFFTLN WGVYSDFLTF KGGLNPVTGG LWLSDTAHHH LAIAVLFIIA GHMYRTNWGI GHS MKEILE AHKGPFTGEG HKGLYEILTT SWHAQLAINL ALLGSLTIIV AQHMYAMPPY PYQAIDYATQ LSLFTHHMWI GGFL IVGAG AHGAIFMVRD YDPAKNVNNL LDRMLRHRDA IISHLNWVCI FLGFHSFGLY IHNDTMRALG RPQDMFSDTA IQLQP IFAQ WVQHLHTLAP GATAPNALAT ASYAFGGETI AVAGKVAMMP ITLGTADFMV HHIHAFTIHV TALILLKGVL YARSSR LVP DKANLGFRFP CDGPGRGGTC QVSGWDHVFL GLFWMYNSLS IVIFHFSWKM QSDVWGTVSP DGSVTHVTLG NFAQSAI TI NGWLRDFLWA QAANVINSYG SALSAYGIMF LAGHFVFAFS LMFLFSGRGY WQELIESIVW AHNKLNVAPA IQPRALSI I QGRAVGVAHY LLGGIVTTWA FFLARSLSIG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Synechocystis (バクテリア)
分子量理論値: 81.369531 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ DLAQDPTTRR IWYGIATAHD FETHDGMTEE NLYQKIFASH FGHIAIIFLW TSGTLFHVAW QGNFEQWIKD PLNIRPIAH AIWDPHFGEG AVNAFTQAGA SNPVNIAYSG VYHWFYTIGM TTNQELYSGA VFLLVLASLF LFAGWLHLQP K FRPSLAWF ...文字列:
MATKFPKFSQ DLAQDPTTRR IWYGIATAHD FETHDGMTEE NLYQKIFASH FGHIAIIFLW TSGTLFHVAW QGNFEQWIKD PLNIRPIAH AIWDPHFGEG AVNAFTQAGA SNPVNIAYSG VYHWFYTIGM TTNQELYSGA VFLLVLASLF LFAGWLHLQP K FRPSLAWF KNAESRLNHH LAGLFGVSSL AWAGHLVHVA IPEARGQHVG WDNFLSTPPH PAGLMPFFTG NWGVYAADPD TA GHIFGTS EGAGTAILTF LGGFHPQTES LWLTDIAHHH LAIAVIFIIA GHMYRTNWGI GHSIKEILNA HKGPLTGAGH TNL YDTINN SLHFQLGLAL ASLGVITSLV AQHMYSLPSY AFIAQDHTTQ AALYTHHQYI AGFLMVGAFA HGAIFFVRDY DPVA NKDNV LARMLEHKEA LISHLSWVSL FLGFHTLGLY VHNDVVVAFG TPEKQILIEP VFAQWIQATS GKALYGFDVL LSNPD SIAS TTGAAWLPGW LDAINSGTNS LFLTIGPGDF LVHHAIALGL HTTALILIKG ALDARGSKLM PDKKDFGYSF PCDGPG RGG TCDISAWDAF YLAMFWMLNT LGWLTFYWHW KHLGVWSGNV AQFNENSTYL MGWFRDYLWA NSAQLINGYN PYGVNNL SV WAWMFLFGHL VWATGFMFLI SWRGYWQELI ETIVWAHERT PLANLVRWKD KPVALSIVQA RLVGLAHFTV GYVLTYAA F LIASTAGKFG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #3: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis (バクテリア)
分子量理論値: 18.267082 KDa
配列文字列:
MKHLLALLLA FTLWFNFAPS ASADDFANLT PCSENPAYLA KSKNFLNTTN DPNSGKIRAE RYASALCGPE GYPHLIVDGR FTHAGDFLI PSILFLYIAG WIGWVGRSYL IEIRESKNPE MQEVVINVPL AIKKMLGGFL WPLAAVGEYT SGKLVMKDSE I PTSPR

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis (バクテリア)
分子量理論値: 4.414148 KDa
配列文字列:
MDGSYAASYL PWILIPMVGW LFPAVTMGLL FIHIESEGEG

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis (バクテリア)
分子量理論値: 4.535415 KDa
配列文字列:
MDGLKSFLST APVMIMALLT FTAGILIEFN RFYPDLLFHP

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1

分子名称: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis (バクテリア)
分子量理論値: 8.649268 KDa
配列文字列:
MHSFLLATAV PATLSWSPKV AGVMIACNIL AIAFGKLTIK QQNVGTPMPS SNFFGGFGLG AVLGTASFGH ILGAGVILGL ANMGVL

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis (バクテリア)
分子量理論値: 3.382063 KDa
配列文字列:
MALSDTQILA ALVVALLPAF LAFRLSTELY K

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XII

+
分子 #8: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #9: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #10: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 92 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #11: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #12: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 14 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

+
分子 #13: beta,beta-caroten-4-one

分子名称: beta,beta-caroten-4-one / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 5 / 式: ECH
分子量理論値: 550.856 Da
Chemical component information

ChemComp-ECH:
beta,beta-caroten-4-one / (9′Z)-β-エキネノン

+
分子 #14: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #15: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 26 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #16: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #17: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #18: Zeaxanthin

分子名称: Zeaxanthin / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: 5X6
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-K3I:
Zeaxanthin

+
分子 #19: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 355 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 詳細: 30mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 1.9000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5oy0

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 333941
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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