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- EMDB-60520: RPS4-TIR induced At EDS1-PAD4-ADR1 heterotrimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60520
タイトルRPS4-TIR induced At EDS1-PAD4-ADR1 heterotrimer
マップデータ
試料
  • 複合体: At EDS1-PAD4-ADR1 heterotrimer by RPS4
    • タンパク質・ペプチド: Disease resistance protein ADR1
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 1 of Protein EDS1
    • タンパク質・ペプチド: PAD4
  • リガンド: [(2R,3R,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-[(2S,3R,4S,5R)-3,4-bis(oxidanyl)-5-(phosphonooxymethyl)oxolan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate
キーワードEffector-triggered immunity (ETI) / TNL signaling pathway / EDS1 / PAD4 / ADR1 / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


aerenchyma formation / EDS1 disease-resistance complex / leaf abscission / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / systemic acquired resistance / plant-type hypersensitive response / response to singlet oxygen / lipase activity / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / response to water deprivation ...aerenchyma formation / EDS1 disease-resistance complex / leaf abscission / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / systemic acquired resistance / plant-type hypersensitive response / response to singlet oxygen / lipase activity / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / response to water deprivation / response to other organism / chloroplast / defense response / ADP binding / lipid metabolic process / kinase activity / defense response to Gram-negative bacterium / response to hypoxia / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arabidopsis broad-spectrum mildew resistance protein RPW8 / Powdery mildew resistance protein, RPW8 domain / RPW8 domain profile. / EDS1, EP domain / EDS1-like / Enhanced disease susceptibility 1 protein EP domain / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC ...Arabidopsis broad-spectrum mildew resistance protein RPW8 / Powdery mildew resistance protein, RPW8 domain / RPW8 domain profile. / EDS1, EP domain / EDS1-like / Enhanced disease susceptibility 1 protein EP domain / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Lipases, serine active site. / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PAD4 / Disease resistance protein ADR1 / Protein EDS1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Xu WY / Zhang Y / Yu H / Wan L
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Activation of a helper NLR by plant and bacterial TIR immune signaling.
著者: Hua Yu / Weiying Xu / Sisi Chen / Xiaoxian Wu / Weiwei Rao / Xiaoxiao Liu / Xiaoyan Xu / Jingqi Chen / Marc T Nishimura / Yu Zhang / Li Wan /
要旨: Plant intracellular nucleotide-binding leucine-rich repeat (NLR) receptors with an N-terminal Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domain sense pathogen effectors to initiate immune signaling. TIR ...Plant intracellular nucleotide-binding leucine-rich repeat (NLR) receptors with an N-terminal Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domain sense pathogen effectors to initiate immune signaling. TIR domains across different kingdoms have NADase activities and can produce phosphoribosyl adenosine monophosphate/diphosphate (pRib-AMP/ADP) or cyclic ADPR (cADPR) isomers. The lipase-like proteins EDS1 and PAD4 transduce immune signals from sensor TIR-NLRs to a helper NLR called ADR1, which executes immune function. We report the structure and function of an EDS1-PAD4-ADR1 (EPA) heterotrimer in complex with pRib-AMP/ADP activated by plant or bacterial TIR signaling. 2'cADPR can be hydrolyzed into pRib-AMP and thus activate EPA signaling. Bacterial TIR domains producing 2'cADPR also activate EPA function. Our findings suggest that 2'cADPR may be the storage form of the unstable signaling molecule pRib-AMP.
履歴
登録2024年6月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月6日-
マップ公開2024年11月6日-
更新2025年1月1日-
現状2025年1月1日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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添付画像

emd_60520.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60520.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.74 Å/pix.
x 300 pix.
= 222. Å		0.74 Å/pix.
x 300 pix.
= 222. Å		0.74 Å/pix.
x 300 pix.
= 222. Å

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投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.74 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.25060308 - 0.76001453
平均 (標準偏差)0.003589307 (±0.028961418)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 222.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60520_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60520_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : At EDS1-PAD4-ADR1 heterotrimer by RPS4

全体名称: At EDS1-PAD4-ADR1 heterotrimer by RPS4
要素
  • 複合体: At EDS1-PAD4-ADR1 heterotrimer by RPS4
    • タンパク質・ペプチド: Disease resistance protein ADR1
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 1 of Protein EDS1
    • タンパク質・ペプチド: PAD4
  • リガンド: [(2R,3R,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-[(2S,3R,4S,5R)-3,4-bis(oxidanyl)-5-(phosphonooxymethyl)oxolan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate

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超分子 #1: At EDS1-PAD4-ADR1 heterotrimer by RPS4

超分子名称: At EDS1-PAD4-ADR1 heterotrimer by RPS4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: Disease resistance protein ADR1

分子名称: Disease resistance protein ADR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 90.252016 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MASFIDLFAG DITTQLLKLL ALVANTVYSC KGIAERLITM IRDVQPTIRE IQYSGAELSN HHQTQLGVFY EILEKARKLC EKVLRCNRW NLKHVYHANK MKDLEKQISR FLNSQILLFV LAEVCHLRVN GDRIERNMDR LLTERNDSLS FPETMMEIET V SDPEIQTV ...文字列:
MASFIDLFAG DITTQLLKLL ALVANTVYSC KGIAERLITM IRDVQPTIRE IQYSGAELSN HHQTQLGVFY EILEKARKLC EKVLRCNRW NLKHVYHANK MKDLEKQISR FLNSQILLFV LAEVCHLRVN GDRIERNMDR LLTERNDSLS FPETMMEIET V SDPEIQTV LELGKKKVKE MMFKFTDTHL FGISGMSGSG KTTLAIELSK DDDVRGLFKN KVLFLTVSRS PNFENLESCI RE FLYDGVH QRKLVILDDV WTRESLDRLM SKIRGSTTLV VSRSKLADPR TTYNVELLKK DEAMSLLCLC AFEQKSPPSP FNK YLVKQV VDECKGLPLS LKVLGASLKN KPERYWEGVV KRLLRGEAAD ETHESRVFAH MEESLENLDP KIRDCFLDMG AFPE DKKIP LDLLTSVWVE RHDIDEETAF SFVLRLADKN LLTIVNNPRF GDVHIGYYDV FVTQHDVLRD LALHMSNRVD VNRRE RLLM PKTEPVLPRE WEKNKDEPFD AKIVSLHTGE MDEMNWFDMD LPKAEVLILN FSSDNYVLPP FIGKMSRLRV LVIINN GMS PARLHGFSIF ANLAKLRSLW LKRVHVPELT SCTIPLKNLH KIHLIFCKVK NSFVQTSFDI SKIFPSLSDL TIDHCDD LL ELKSIFGITS LNSLSITNCP RILELPKNLS NVQSLERLRL YACPELISLP VEVCELPCLK YVDISQCVSL VSLPEKFG K LGSLEKIDMR ECSLLGLPSS VAALVSLRHV ICDEETSSMW EMVKKVVPEL CIEVAKKCFT VDWLDD

UniProtKB: Disease resistance protein ADR1

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分子 #2: Isoform 1 of Protein EDS1

分子名称: Isoform 1 of Protein EDS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 71.784195 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAFEALTGIN GDLITRSWSA SKQAYLTERY HKEEAGAVVI FAFQPSFSEK DFFDPDNKSS FGEIKLNRVQ FPCMRKIGKG DVATVNEAF LKNLEAIIDP RTSFQASVEM AVRSRKQIVF TGHSSGGATA ILATVWYLEK YFIRNPNVYL EPRCVTFGAP L VGDSIFSH ...文字列:
MAFEALTGIN GDLITRSWSA SKQAYLTERY HKEEAGAVVI FAFQPSFSEK DFFDPDNKSS FGEIKLNRVQ FPCMRKIGKG DVATVNEAF LKNLEAIIDP RTSFQASVEM AVRSRKQIVF TGHSSGGATA ILATVWYLEK YFIRNPNVYL EPRCVTFGAP L VGDSIFSH ALGREKWSRF FVNFVSRFDI VPRIMLARKA SVEETLPHVL AQLDPRKSSV QESEQRITEF YTRVMRDTST VA NQAVCEL TGSAEAFLET LSSFLELSPY RPAGTFVFST EKRLVAVNNS DAILQMLFYT SQASDEQEWS LIPFRSIRDH HSY EELVQS MGKKLFNHLD GENSIESTLN DLGVSTRGRQ YVQAALEEEK KRVENQKKII QVIEQERFLK KLAWIEDEYK PKCQ AHKNG YYDSFKVSNE ENDFKANVKR AELAGVFDEV LGLMKKCQLP DEFEGDIDWI KLATRYRRLV EPLDIANYHR HLKNE DTGP YMKRGRPTRY IYAQRGYEHY ILKPNGMIAE DVFWNKVNGL NLGLQLEEIQ ETLKNSGSEC GSCFWAEVEE LKGKPY EEV EVRVKTLEGM LGEWITDGEV DDKEIFLEGS TFRKWWITLP KNHKSHSPLR DYMMDEITDT

UniProtKB: Protein EDS1

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分子 #3: PAD4

分子名称: PAD4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 61.054504 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDDCRFETSE LQASVMISTP LFTDSWSSCN TANCNGSIKI HDIAGITYVA IPAVSMIQLG NLVGLPVTGD VLFPGLSSDE PLPMVDAAI LKLFLQLKIK EGLELELLGK KLVVITGHST GGALAAFTAL WLLSQSSPPS FRVFCITFGS PLLGNQSLST S ISRSRLAH ...文字列:
MDDCRFETSE LQASVMISTP LFTDSWSSCN TANCNGSIKI HDIAGITYVA IPAVSMIQLG NLVGLPVTGD VLFPGLSSDE PLPMVDAAI LKLFLQLKIK EGLELELLGK KLVVITGHST GGALAAFTAL WLLSQSSPPS FRVFCITFGS PLLGNQSLST S ISRSRLAH NFCHVVSIHD LVPRSSNEQF WPFGTYLFCS DKGGVCLDNA GSVRLMFNIL NTTATQNTEE HQRYGHYVFT LS HMFLKSR SFLGGSIPDN SYQAGVALAV EALGFSNDDT SGVLVKECIE TATRIVRAPI LRSAELANEL ASVLPARLEI QWY KDRCDA SEEQLGYYDF FKRYSLKRDF KVNMSRIRLA KFWDTVIKMV ETNELPFDFH LGKKWIYASQ FYQLLAEPLD IANF YKNRD IKTGGHYLEG NRPKRYEVID KWQKGVKVPE ECVRSRYAST TQDTCFWAKL EQAKEWLDEA RKESSDPQRR SLLRE KIVP FESYANTLVT KKEVSLDVKA KNSSYSVWEA NLKEFKCKMG YENEIEMVVD ESDAMET

UniProtKB: PAD4

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分子 #4: [(2R,3R,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-[(2S,3R,4S,5R)-3,4-bis(oxi...

分子名称: [(2R,3R,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-[(2S,3R,4S,5R)-3,4-bis(oxidanyl)-5-(phosphonooxymethyl)oxolan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: A1D8A
分子量理論値: 639.296 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 150167
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
得られたモデル

PDB-8zw9:
RPS4-TIR induced At EDS1-PAD4-ADR1 heterotrimer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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