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- EMDB-60483: Cryo-EM structure of P.nat ACE2 mutant in complex with MOW15-22 RBD -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60483
タイトルCryo-EM structure of P.nat ACE2 mutant in complex with MOW15-22 RBD
マップデータ
試料
  • 複合体: P.nat ACE2-MOW15-22 RBD
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme
    • タンパク質・ペプチド: MOW15-22 RBD
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ZINC ION
キーワードACE2 / RBD / VIRAL PROTEIN/HYDROLASE / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex
生物種Pipistrellus nathusii (ナトゥージウスアブラコウモリ) / Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Tang J / Deng Z
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Multiple independent acquisitions of ACE2 usage in MERS-related coronaviruses.
著者: Cheng-Bao Ma / Chen Liu / Young-Jun Park / Jingjing Tang / Jing Chen / Qing Xiong / Jimin Lee / Cameron Stewart / Daniel Asarnow / Jack Brown / M Alejandra Tortorici / Xiao Yang / Ye-Hui Sun ...著者: Cheng-Bao Ma / Chen Liu / Young-Jun Park / Jingjing Tang / Jing Chen / Qing Xiong / Jimin Lee / Cameron Stewart / Daniel Asarnow / Jack Brown / M Alejandra Tortorici / Xiao Yang / Ye-Hui Sun / Yuan-Mei Chen / Xiao Yu / Jun-Yu Si / Peng Liu / Fei Tong / Mei-Ling Huang / Jing Li / Zheng-Li Shi / Zengqin Deng / David Veesler / Huan Yan /
要旨: The angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor is shared by various coronaviruses with distinct receptor-binding domain (RBD) architectures, yet our understanding of these convergent acquisition ...The angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor is shared by various coronaviruses with distinct receptor-binding domain (RBD) architectures, yet our understanding of these convergent acquisition events remains elusive. Here, we report that two bat MERS-related coronaviruses (MERSr-CoVs) infecting Pipistrellus nathusii (P.nat)-MOW15-22 and PnNL2018B-use ACE2 as their receptor, with narrow ortholog specificity. Cryoelectron microscopy structures of the MOW15-22/PnNL2018B RBD-ACE2 complexes unveil an unexpected and entirely distinct binding mode, mapping >45 Å away from that of any other known ACE2-using coronaviruses. Functional profiling of ACE2 orthologs from 105 mammalian species led to the identification of host tropism determinants, including an ACE2 N432-glycosylation restricting viral recognition, and the design of a soluble P.nat ACE2 mutant with potent viral neutralizing activity. Our findings reveal convergent acquisition of ACE2 usage for merbecoviruses found in European bats, underscoring the extraordinary diversity of ACE2 recognition modes among coronaviruses and the promiscuity of this receptor.
履歴
登録2024年6月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月12日-
マップ公開2025年2月12日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60483.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60483.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.95 Å/pix.
x 200 pix.
= 190. Å		0.95 Å/pix.
x 200 pix.
= 190. Å		0.95 Å/pix.
x 200 pix.
= 190. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.95 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-1.9875267 - 2.2903867
平均 (標準偏差)0.0011234555 (±0.06262494)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 190.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60483_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60483_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : P.nat ACE2-MOW15-22 RBD

全体名称: P.nat ACE2-MOW15-22 RBD
要素
  • 複合体: P.nat ACE2-MOW15-22 RBD
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme
    • タンパク質・ペプチド: MOW15-22 RBD
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: P.nat ACE2-MOW15-22 RBD

超分子名称: P.nat ACE2-MOW15-22 RBD / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Pipistrellus nathusii (ナトゥージウスアブラコウモリ)

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分子 #1: Angiotensin-converting enzyme

分子名称: Angiotensin-converting enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pipistrellus nathusii (ナトゥージウスアブラコウモリ)
分子量理論値: 90.767672 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EEKAREFLDK FNSEAENWSH ESALASWDYN TNINDKNAQK MNEADSKWSA FYKEHSKLAQ GFPLQEIQNS TIKLQLQILQ QNGSSVLTA EKSKRLSTIL TTMSTIYSTG KVCNPNNPQQ CFTLSGLEDI MEKSKDYHQR LWIWEGWRSE VGKQLRPLYE E YVALKNEM ...文字列:
EEKAREFLDK FNSEAENWSH ESALASWDYN TNINDKNAQK MNEADSKWSA FYKEHSKLAQ GFPLQEIQNS TIKLQLQILQ QNGSSVLTA EKSKRLSTIL TTMSTIYSTG KVCNPNNPQQ CFTLSGLEDI MEKSKDYHQR LWIWEGWRSE VGKQLRPLYE E YVALKNEM ARGNNYKDYG DYWRGDYETE GGDGYNYSRN HLIEDVDRIF LEIKPLYEQL HAYVRAKLMN AYPSRISPTG CL PAHLLGD MWGRFWTNLY NLTVPFEKKQ NIDVTDTMKK QSWDAEKIFK EAEKFYLSVG LHNMTPEFWN NSMLTEPSDG RQV VCHPTA WDLGKNDFRI KMCTKVTMDD FLTAHHEMGH IQYDMAYAKQ PYLLRNGANE GFHEAVGEIM SLSAATPKHL KDLG LLAQN YPEDYETEIN FLLKQALNIV GTLPFTYMLE KWRWMVFEGK IPKEQWMEKW WEMKREIVGV VEPLPHDETY CDPAS LFHV ANDYSFIRYF TRTILEFQFQ EALCQIANHT GPLHKCDISN STEAGKQLKN MLELGKSKPW TFALEQIART KEMDAK PLL NYFKPLFSWL KELNGNSVGW SADWSPYSEQ SIKVRISLKS ALGEKAYEWN DNEMYLFRSS VAYAMRVYFL KVKNETI PF RAEDVWVSDE KIRVSFKFFV TSPTNVSDII PRSEVEDAIR MSRGRINDAF RLDDKTLEFL GIQPTLGPPY QPPVTIWL I VFGVVMGMVV IGIGVLIFTG IRDRKKKNQA ENEENPYSSV NLSKGENNPG FQSGDDVQTS F

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分子 #2: MOW15-22 RBD

分子名称: MOW15-22 RBD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
分子量理論値: 23.646434 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ECDFTKLFIG QVPQPYEFGR LVFTNCNYNF TKLLSYFQVN TFQCQKVTPE SIATGCYSSL TVDWFAYRVE DKSDLLPGSS SDLQRFNYK PTYSNPTCLI SAYTNLVPLG GVNPTNYTTL TNCYGCVDKD PANPWGDQIC IPEFVTEVEP GFRPKPSCAR V GLEGHISG ...文字列:
ECDFTKLFIG QVPQPYEFGR LVFTNCNYNF TKLLSYFQVN TFQCQKVTPE SIATGCYSSL TVDWFAYRVE DKSDLLPGSS SDLQRFNYK PTYSNPTCLI SAYTNLVPLG GVNPTNYTTL TNCYGCVDKD PANPWGDQIC IPEFVTEVEP GFRPKPSCAR V GLEGHISG NDTYSAIVTN GELDSTGDPI WRKGVALTKQ PIDSSRADLA FFVSV

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 244733
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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