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- EMDB-60416: CryoEM Helical Structure of HAM-SIR2 with dITP and NAD fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60416
タイトルCryoEM Helical Structure of HAM-SIR2 with dITP and NAD fragment
マップデータ
試料
  • 複合体: Filament of HAM-SIR2 with dITP with NAD fragment
    • タンパク質・ペプチド: Non-canonical purine NTP pyrophosphatase
    • タンパク質・ペプチド: Sir2 family NAD-dependent protein deacetylase
  • リガンド: 2'-deoxyinosine 5'-triphosphate
  • リガンド: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
キーワードNADase / Filament / CryoEM / IMMUNE SYSTEM
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Hao F / Eddie T / Bin W / Min L
資金援助 シンガポール, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education (MoE, Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM Helical Structure of HAM-SIR2 with dITP and NAD fragment
著者: Hao F / Eddie T / Bin W / Min L
履歴
登録2024年6月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月10日-
マップ公開2025年12月10日-
更新2025年12月10日-
現状2025年12月10日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60416.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60416.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.97 Å/pix.
x 256 pix.
= 248.32 Å		0.97 Å/pix.
x 256 pix.
= 248.32 Å		0.97 Å/pix.
x 256 pix.
= 248.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.97 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0045
最小 - 最大-0.005329703 - 0.0155410515
平均 (標準偏差)0.00033560127 (±0.0010937357)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 248.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60416_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60416_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Filament of HAM-SIR2 with dITP with NAD fragment

全体名称: Filament of HAM-SIR2 with dITP with NAD fragment
要素
  • 複合体: Filament of HAM-SIR2 with dITP with NAD fragment
    • タンパク質・ペプチド: Non-canonical purine NTP pyrophosphatase
    • タンパク質・ペプチド: Sir2 family NAD-dependent protein deacetylase
  • リガンド: 2'-deoxyinosine 5'-triphosphate
  • リガンド: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE

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超分子 #1: Filament of HAM-SIR2 with dITP with NAD fragment

超分子名称: Filament of HAM-SIR2 with dITP with NAD fragment / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 206 kDa/nm

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分子 #1: Non-canonical purine NTP pyrophosphatase

分子名称: Non-canonical purine NTP pyrophosphatase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 20.929131 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MNIRFITRNR HKIKEINKIL SGTGVVVLAS EHSIDEIQTE NVHALIKDKL LKAFKLVGRP VFVEHTGLYI ESLNGFPGGL TQIFWDKLQ ADKFSQLLGT SENPRLVAKT IIGYCDSMKI YIFEGETQGT ISPVPKGPRD FQWDCIFIPD GESETFAEMG D RKNEISMR KKAFDKFKEY LLEGGK

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分子 #2: Sir2 family NAD-dependent protein deacetylase

分子名称: Sir2 family NAD-dependent protein deacetylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 30.588818 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MEQLLADYKK GNVILFVGAG VSMNLGLPSW SQLVDHIATE LGYDPDIYRT FGSALELAEY YKLKKGKIGP LRSWMDRMWH SSDIDINKS KVHEYIAKAN FPIIYTTNYD RWIETALSNY GKEYIKISSV SDIAKIDNNK TQIIKFAGDF DDDSSIVLDE T SYFQRLEF ...文字列:
MEQLLADYKK GNVILFVGAG VSMNLGLPSW SQLVDHIATE LGYDPDIYRT FGSALELAEY YKLKKGKIGP LRSWMDRMWH SSDIDINKS KVHEYIAKAN FPIIYTTNYD RWIETALSNY GKEYIKISSV SDIAKIDNNK TQIIKFAGDF DDDSSIVLDE T SYFQRLEF ETPLDIKFRS DVLGKSVLFI GYSLSDINIR LLFYKLSKLW KEQKLEEAQP KSYIFLPRPN PIQEEILEQW RI GMISSEN DNPGESLEEF LKNFVLV

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分子 #3: 2'-deoxyinosine 5'-triphosphate

分子名称: 2'-deoxyinosine 5'-triphosphate / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: Y43
分子量理論値: 492.166 Da
Chemical component information

ChemComp-Y43:
2'-deoxyinosine 5'-triphosphate / dITP

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分子 #4: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE

分子名称: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: NAD
分子量理論値: 663.425 Da
Chemical component information

ChemComp-NAD:
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 48.69 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 80.62 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 188609
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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