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- EMDB-60366: Structure of the wild-type Arabidopsis ABCB1 in the apo state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60366
タイトルStructure of the wild-type Arabidopsis ABCB1 in the apo state
マップデータ
試料
  • 複合体: Purified wild-type ABCB1 protein
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter B family member 1
キーワードABC transporter / wild-type / apo state / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


anthocyanin accumulation in tissues in response to UV light / positive regulation of brassinosteroid mediated signaling pathway / auxin influx transmembrane transporter activity / response to red or far red light / stamen development / response to brassinosteroid / positive gravitropism / auxin export across the plasma membrane / auxin efflux transmembrane transporter activity / auxin polar transport ...anthocyanin accumulation in tissues in response to UV light / positive regulation of brassinosteroid mediated signaling pathway / auxin influx transmembrane transporter activity / response to red or far red light / stamen development / response to brassinosteroid / positive gravitropism / auxin export across the plasma membrane / auxin efflux transmembrane transporter activity / auxin polar transport / photomorphogenesis / response to auxin / response to blue light / auxin-activated signaling pathway / plasmodesma / response to nematode / regulation of cell size / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC transporter B family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Ying W / Wei H / Liu X / Sun L
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB37020103 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32322041; 32321001; 31900885 中国
引用ジャーナル: Plant Commun / 年: 2025
タイトル: Structural insights into brassinosteroid export mediated by the Arabidopsis ABC transporter ABCB1.
著者: Hong Wei / Heyuan Zhu / Wei Ying / Hilde Janssens / Miroslav Kvasnica / Johan M Winne / Yongxiang Gao / Jiří Friml / Qian Ma / Shutang Tan / Xin Liu / Eugenia Russinova / Linfeng Sun /
要旨: Brassinosteroids (BRs) are steroidal phytohormones indispensable for plant growth, development, and responses to environmental stresses. The export of bioactive BRs to the apoplast is essential for ...Brassinosteroids (BRs) are steroidal phytohormones indispensable for plant growth, development, and responses to environmental stresses. The export of bioactive BRs to the apoplast is essential for BR signaling initiation, which requires binding of a BR molecule to the extracellular domains of the plasma membrane-localized receptor complex. We have previously shown that the Arabidopsis thaliana ATP-binding cassette (ABC) transporter ABCB19 functions as a BR exporter and, together with its close homolog ABCB1, positively regulates BR signaling. Here, we demonstrate that ABCB1 is another BR transporter. The ATP hydrolysis activity of ABCB1 can be stimulated by bioactive BRs, and its transport activity was confirmed in proteoliposomes and protoplasts. Structures of ABCB1 were determined in substrate-unbound (apo), brassinolide (BL)-bound, and ATP plus BL-bound states. In the BL-bound structure, BL is bound to the hydrophobic cavity formed by the transmembrane domain and triggers local conformational changes. Together, our data provide additional insights into ABC transporter-mediated BR export.
履歴
登録2024年5月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年3月12日-
現状2025年3月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60366.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60366.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å

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投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

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表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.4556999 - 2.3356996
平均 (標準偏差)0.0012520558 (±0.045292035)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_60366_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map-1

ファイルemd_60366_half_map_1.map
注釈Half map-1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map-2

ファイルemd_60366_half_map_2.map
注釈Half map-2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Purified wild-type ABCB1 protein

全体名称: Purified wild-type ABCB1 protein
要素
  • 複合体: Purified wild-type ABCB1 protein
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter B family member 1

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超分子 #1: Purified wild-type ABCB1 protein

超分子名称: Purified wild-type ABCB1 protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: ABC transporter B family member 1

分子名称: ABC transporter B family member 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 140.729141 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDNDGGAPPP PPTLVVEEPK KAEIRGVAFK ELFRFADGLD YVLMGIGSVG AFVHGCSLPL FLRFFADLVN SFGSNSNNVE KMMEEVLKY ALYFLVVGAA IWASSWAEIS CWMWSGERQT TKMRIKYLEA ALNQDIQFFD TEVRTSDVVF AINTDAVMVQ D AISEKLGN ...文字列:
MDNDGGAPPP PPTLVVEEPK KAEIRGVAFK ELFRFADGLD YVLMGIGSVG AFVHGCSLPL FLRFFADLVN SFGSNSNNVE KMMEEVLKY ALYFLVVGAA IWASSWAEIS CWMWSGERQT TKMRIKYLEA ALNQDIQFFD TEVRTSDVVF AINTDAVMVQ D AISEKLGN FIHYMATFVS GFIVGFTAVW QLALVTLAVV PLIAVIGGIH TTTLSKLSNK SQESLSQAGN IVEQTVVQIR VV MAFVGES RASQAYSSAL KIAQKLGYKT GLAKGMGLGA TYFVVFCCYA LLLWYGGYLV RHHLTNGGLA IATMFAVMIG GLA LGQSAP SMAAFAKAKV AAAKIFRIID HKPTIERNSE SGVELDSVTG LVELKNVDFS YPSRPDVKIL NNFCLSVPAG KTIA LVGSS GSGKSTVVSL IERFYDPNSG QVLLDGQDLK TLKLRWLRQQ IGLVSQEPAL FATSIKENIL LGRPDADQVE IEEAA RVAN AHSFIIKLPD GFDTQVGERG LQLSGGQKQR IAIARAMLKN PAILLLDEAT SALDSESEKL VQEALDRFMI GRTTLI IAH RLSTIRKADL VAVLQQGSVS EIGTHDELFS KGENGVYAKL IKMQEAAHET AMSNARKSSA RPSSARNSVS SPIMTRN SS YGRSPYSRRL SDFSTSDFSL SIDASSYPNY RNEKLAFKDQ ANSFWRLAKM NSPEWKYALL GSVGSVICGS LSAFFAYV L SAVLSVYYNP DHEYMIKQID KYCYLLIGLS SAALVFNTLQ HSFWDIVGEN LTKRVREKML SAVLKNEMAW FDQEENESA RIAARLALDA NNVRSAIGDR ISVIVQNTAL MLVACTAGFV LQWRLALVLV AVFPVVVAAT VLQKMFMTGF SGDLEAAHAK GTQLAGEAI ANVRTVAAFN SEAKIVRLYT ANLEPPLKRC FWKGQIAGSG YGVAQFCLYA SYALGLWYAS WLVKHGISDF S KTIRVFMV LMVSANGAAE TLTLAPDFIK GGQAMRSVFE LLDRKTEIEP DDPDTTPVPD RLRGEVELKH IDFSYPSRPD IQ IFRDLSL RARAGKTLAL VGPSGCGKSS VISLIQRFYE PSSGRVMIDG KDIRKYNLKA IRKHIAIVPQ EPCLFGTTIY ENI AYGHEC ATEAEIIQAA TLASAHKFIS ALPEGYKTYV GERGVQLSGG QKQRIAIARA LVRKAEIMLL DEATSALDAE SERS VQEAL DQACSGRTSI VVAHRLSTIR NAHVIAVIDD GKVAEQGSHS HLLKNHPDGI YARMIQLQRF THTQVIGMTS GSSSR VKED DA

UniProtKB: ABC transporter B family member 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 277013
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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