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- EMDB-60350: Cryo-EM strucutre of CXCR4 complexed with antagonist AMD3100 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60350
タイトルCryo-EM strucutre of CXCR4 complexed with antagonist AMD3100
マップデータ
試料
  • 複合体: AMD3100-CXCR4-KOR-Nb6
    • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 4
    • タンパク質・ペプチド: Nb6 nanobody
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: Plerixafor
キーワードCXC motif chemokine receptor 4 / antagonist / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / regulation of viral process / positive regulation of vascular wound healing / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / neuron recognition / telencephalon cell migration / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / response to tacrolimus / response to ultrasound / Specification of primordial germ cells ...C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / regulation of viral process / positive regulation of vascular wound healing / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / neuron recognition / telencephalon cell migration / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / response to tacrolimus / response to ultrasound / Specification of primordial germ cells / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / myosin light chain binding / myelin maintenance / C-X-C chemokine receptor activity / regulation of programmed cell death / positive regulation of vasculature development / endothelial tube morphogenesis / endothelial cell differentiation / Signaling by ROBO receptors / regulation of chemotaxis / positive regulation of dendrite extension / Formation of definitive endoderm / C-C chemokine receptor activity / positive regulation of chemotaxis / C-C chemokine binding / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / Chemokine receptors bind chemokines / anchoring junction / dendritic cell chemotaxis / epithelial cell development / cellular response to cytokine stimulus / small molecule binding / cell leading edge / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / regulation of calcium ion transport / Binding and entry of HIV virion / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / regulation of cell adhesion / coreceptor activity / cardiac muscle contraction / neurogenesis / ubiquitin binding / response to activity / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / electron transport chain / brain development / G protein-coupled receptor activity / response to virus / neuron migration / late endosome / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of cold-induced thermogenesis / actin binding / virus receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cytoplasmic vesicle / G alpha (i) signalling events / periplasmic space / early endosome / response to hypoxia / electron transfer activity / lysosome / immune response / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / iron ion binding / external side of plasma membrane / apoptotic process / heme binding / ubiquitin protein ligase binding / cell surface / protein-containing complex / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 4 N-terminal domain / CXCR4 Chemokine receptor N terminal / CXC chemokine receptor 4/atypical chemokine receptor 2 / Chemokine receptor family / : / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like ...CXC chemokine receptor 4 N-terminal domain / CXCR4 Chemokine receptor N terminal / CXC chemokine receptor 4/atypical chemokine receptor 2 / Chemokine receptor family / : / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / C-X-C chemokine receptor type 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Jiao HZ / Hu HL
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government32100963 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Structural mechanisms underlying the modulation of CXCR4 by diverse small-molecule antagonists.
著者: Xiaohong Sang / Haizhan Jiao / Qian Meng / Xiong Fang / Qi Pan / Jiao Zhou / Tingli Qian / Wanqin Zhang / Yan Xu / Jing An / Ziwei Huang / Hongli Hu /
要旨: CXCR4 (CXC chemokine receptor type 4), a member of the G protein-coupled receptor superfamily, plays a role in cell migration and functions as a coreceptor for HIV entry. Molecular therapeutics ...CXCR4 (CXC chemokine receptor type 4), a member of the G protein-coupled receptor superfamily, plays a role in cell migration and functions as a coreceptor for HIV entry. Molecular therapeutics targeting CXCR4 have been under intensive investigation. To date, only two small-molecule antagonist drugs targeting CXCR4, plerixafor (AMD3100) and mavorixafor (AMD070), have been approved. Here, we present the high-resolution structures of CXCR4 complexed with AMD3100 and AMD070, as well as a small-molecule antagonist HF51116 that has very different chemical structure and binding mechanism from AMD3100 and AMD070. The interactions between these antagonists and the receptor are analyzed in details, and the mechanisms of antagonism are elucidated. Both the major and minor subpockets on CXCR4 are found to be involved in binding of these small-molecule antagonists. The distinct conformations of Trp94 observed in these structures highlight the plasticity of the binding pocket on CXCR4, offering valuable insights into the exploration and refinement of therapeutic strategies targeting this chemokine receptor.
履歴
登録2024年5月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月26日-
マップ公開2025年2月26日-
更新2025年4月2日-
現状2025年4月2日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60350.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60350.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.049582064 - 0.06845219
平均 (標準偏差)-0.000013457357 (±0.0011645184)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 272.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_60350_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60350_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60350_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AMD3100-CXCR4-KOR-Nb6

全体名称: AMD3100-CXCR4-KOR-Nb6
要素
  • 複合体: AMD3100-CXCR4-KOR-Nb6
    • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 4
    • タンパク質・ペプチド: Nb6 nanobody
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: Plerixafor

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超分子 #1: AMD3100-CXCR4-KOR-Nb6

超分子名称: AMD3100-CXCR4-KOR-Nb6 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 4

分子名称: Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.451062 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKGSADLE DNWETLNDNL KVIEKADNAA QVKDALTKMR AAALDAQKAT PPKLEDKSPD SPEMKDFRH GFDILVGQID DALKLANEGK VKEAQAAAEQ LKTTRNAYIQ KYLLVPRGSM EGISIYTSDN YTEEMGSGDY D SMKEPCFR ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKGSADLE DNWETLNDNL KVIEKADNAA QVKDALTKMR AAALDAQKAT PPKLEDKSPD SPEMKDFRH GFDILVGQID DALKLANEGK VKEAQAAAEQ LKTTRNAYIQ KYLLVPRGSM EGISIYTSDN YTEEMGSGDY D SMKEPCFR EENANFNKIF LPTIYSIIFL TGIVGNGLVI LVMGYQKKLR SMTDKYRLHL SVADLLFVIT LPFWAVDAVA NW YFGNFLC KAVHVIYTVN LYSSVWILAF ISLDRYLAIV HATNSQRPRK LLAEKVVYVG VWIPALLLTI PDFIFANVSE ADD RYICDR FYPNDLWVVV FQFQHIMVGL ILPGIVILSC YCIIISRLKS VRLLSGSREK DRNLRRITRP TVILILAFFA CWLP YYIGI SIDSFILLEI IKQGCEFENT VHKWISITEA LAFFHCCLNP ILYAFLGAKF KTSAQHALTS GRPLEVLFQG PHHHH HHHH HH

UniProtKB: Soluble cytochrome b562, C-X-C chemokine receptor type 4, C-X-C chemokine receptor type 4

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分子 #2: Nb6 nanobody

分子名称: Nb6 nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 18.665906 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFAMA QVQLQESGGG LVQAGESLRL SCAASGTIFR LYDMGWYRRV SGNQRELVA SITSGGSTKY GDSVKGRFTI SRDNAKNTVY LQMSSLKPED TAVYYCNAEY RTGIWEELLD GWGQGTQVTV S SHHHHHHH H

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分子 #3: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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分子 #4: Plerixafor

分子名称: Plerixafor / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: VH6
分子量理論値: 502.782 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 53.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 90157
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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