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- EMDB-60347: Cryo-EM structure of origin recognition complex (Orc6 with residu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60347
タイトルCryo-EM structure of origin recognition complex (Orc6 with residues 1 to 270 deleted) with ARS1 DNA bound
マップデータ
試料
  • 複合体: ARS1 bound origin recognition complex with truncated Orc6
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 6
    • DNA: DNA (38-MER)
    • DNA: DNA (40-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 4
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードREPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


CDC6 association with the ORC:origin complex / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of rDNA / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / nuclear origin of replication recognition complex / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / nuclear pre-replicative complex / nucleosome organization / Activation of ATR in response to replication stress ...CDC6 association with the ORC:origin complex / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of rDNA / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / nuclear origin of replication recognition complex / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / nuclear pre-replicative complex / nucleosome organization / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / silent mating-type cassette heterochromatin formation / Orc1 removal from chromatin / regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / subtelomeric heterochromatin formation / nucleosome binding / chromosome, telomeric region / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Origin recognition complex, subunit 6, fungi / : / Origin recognition complex subunit 1 C-terminal winged HTH domain / Origin recognition complex, subunit 6 / Origin recognition complex subunit 6 (ORC6) / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, winged helix C-terminal ...Origin recognition complex, subunit 6, fungi / : / Origin recognition complex subunit 1 C-terminal winged HTH domain / Origin recognition complex, subunit 6 / Origin recognition complex subunit 6 (ORC6) / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, winged helix C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, N-terminal / : / : / Origin recognition complex (ORC) subunit 3 N-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 4 C-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 5 C-terminus / Origin recognition complex winged helix C-terminal / ORC5, lid domain / Orc1-like, AAA ATPase domain / Origin recognition complex subunit 2 RecA-like domain / AAA ATPase domain / Origin recognition complex, subunit 2 / AAA lid domain / AAA lid domain / : / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / EF-Hand 1, calcium-binding site / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Origin recognition complex subunit 2 / Origin recognition complex subunit 6 / Origin recognition complex subunit 5 / Origin recognition complex subunit 1 / Origin recognition complex subunit 3 / Origin recognition complex subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Lam WH / Yu D / Dang S / Zhai Y
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: DNA bending mediated by ORC is essential for replication licensing in budding yeast.
著者: Wai Hei Lam / Daqi Yu / Qiongdan Zhang / Yuhan Lin / Ningning Li / Jian Li / Yue Wu / Yingyi Zhang / Ning Gao / Bik Kwoon Tye / Yuanliang Zhai / Shangyu Dang /
要旨: In eukaryotes, the origin recognition complex (ORC) promotes the assembly of minichromosome maintenance 2 to 7 complexes into a head-to-head double hexamer at origin DNA in a process known as ...In eukaryotes, the origin recognition complex (ORC) promotes the assembly of minichromosome maintenance 2 to 7 complexes into a head-to-head double hexamer at origin DNA in a process known as replication licensing. In this study, we present a series of cryoelectron microscopy structures of yeast ORC mutants in complex with origin DNA. We show that Orc6, the smallest subunit of ORC, utilizes its transcription factor II B-B domain to orchestrate the sequential binding of ORC to origin DNA. In addition, Orc6 plays the role of a scaffold by stabilizing the basic patch (BP) of Orc5 for ORC to capture and bend origin DNA. Importantly, disrupting DNA bending through mutating three key residues in Orc5-BP impairs ORC's ability to promote replication initiation at two points during the pre-RC assembly process. This study dissects the multifaceted role of Orc6 in orchestrating ORC's activities on DNA and underscores the vital role of DNA bending by ORC in replication licensing.
履歴
登録2024年5月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月16日-
マップ公開2025年4月16日-
更新2025年4月16日-
現状2025年4月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60347.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60347.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å

表面

投影像

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断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.254221 - 1.1146228
平均 (標準偏差)0.0050729583 (±0.048098285)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_60347_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_60347_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60347_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_60347_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ARS1 bound origin recognition complex with truncated Orc6

全体名称: ARS1 bound origin recognition complex with truncated Orc6
要素
  • 複合体: ARS1 bound origin recognition complex with truncated Orc6
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 6
    • DNA: DNA (38-MER)
    • DNA: DNA (40-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 4
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: ARS1 bound origin recognition complex with truncated Orc6

超分子名称: ARS1 bound origin recognition complex with truncated Orc6
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 380 KDa

+
分子 #1: Origin recognition complex subunit 2

分子名称: Origin recognition complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288C
分子量理論値: 71.34218 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MLNGEDFVEH NDILSSPAKS RNVTPKRVDP HGERQLRRIH SSKKNLLERI SLVGNERKNT SPDPALKPKT PSKAPRKRGR PRKIQEELT DRIKKDEKDT ISSKKKRKLD KDTSGNVNEE SKTSNNKQVM EKTGIKEKRE REKIQVATTT YEDNVTPQTD D NFVSNSPE ...文字列:
MLNGEDFVEH NDILSSPAKS RNVTPKRVDP HGERQLRRIH SSKKNLLERI SLVGNERKNT SPDPALKPKT PSKAPRKRGR PRKIQEELT DRIKKDEKDT ISSKKKRKLD KDTSGNVNEE SKTSNNKQVM EKTGIKEKRE REKIQVATTT YEDNVTPQTD D NFVSNSPE PPEPATPSKK SLTTNHDFTS PLKQIIMNNL KEYKDSTSPG KLTLSRNFTP TPVPKNKKLY QTSETKSASS FL DTFEGYF DQRKIVRTNA KSRHTMSMAP DVTREEFSLV SNFFNENFQK RPRQKLFEIQ KKMFPQYWFE LTQGFSLLFY GVG SKRNFL EEFAIDYLSP KIAYSQLAYE NELQQNKPVN SIPCLILNGY NPSCNYRDVF KEITDLLVPA ELTRSETKYW GNHV ILQIQ KMIDFYKNQP LDIKLILVVH NLDGPSIRKN TFQTMLSFLS VIRQIAIVAS TDHIYAPLLW DNMKAQNYNF VFHDI SNFE PSTVESTFQD VMKMGKSDTS SGAEGAKYVL QSLTVNSKKM YKLLIETQMQ NMGNLSANTG PKRGTQRTGV ELKLFN HLC AADFIASNEI ALRSMLREFI EHKMANITKN NSGMEIIWVP YTYAELEKLL KTVLNTL

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 2

+
分子 #2: Origin recognition complex subunit 5

分子名称: Origin recognition complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288C
分子量理論値: 55.347168 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MNVTTPEVAF REYQTNCLAS YISADPDITP SNLILQGYSG TGKTYTLKKY FNANPNLHAV WLEPVELVSW KPLLQAIART VQYKLKTLY PNIPTTDYDP LQVEEPFLLV KTLHNIFVQY ESLQEKTCLF LILDGFDSLQ DLDAALFNKY IKLNELLPKD S KINIKFIY ...文字列:
MNVTTPEVAF REYQTNCLAS YISADPDITP SNLILQGYSG TGKTYTLKKY FNANPNLHAV WLEPVELVSW KPLLQAIART VQYKLKTLY PNIPTTDYDP LQVEEPFLLV KTLHNIFVQY ESLQEKTCLF LILDGFDSLQ DLDAALFNKY IKLNELLPKD S KINIKFIY TMLETSFLQR YSTHCIPTVM FPRYNVDEVS TILVMSRCGE LMEDSCLRKR IIEEQITDCT DDQFQNVAAN FI HLIVQAF HSYTGNDIFA LNDLIDFKWP KYVSRITKEN IFEPLALYKS AIKLFLSTDD NLSENGQGES AITTNRDDLE NSQ TYDLSI ISKYLLIASY ICSYLEPRYD ASIFSRKTRI IQGRAAYGRR KKKEVNPRYL QPSLFAIERL LAIFQAIFPI QGKA ESGSL SALREESLMK ANIEVFQNLS ELHTLKLIAT TMNKNIDYLS PKVRWKVNVP WEIIKEISES VHFNISDYFS DIHE

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 5

+
分子 #3: Origin recognition complex subunit 6

分子名称: Origin recognition complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288C
分子量理論値: 21.192707 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MSLLVKKYCK MTTEEIIRLC NDFELPREVA YKIVDEYNIN ASRLVCPWQL VCGLVLNCTF IVFNERRRKD PRIDHFIVSK MCSLMLTSK VDDVIECVKL VKELIIGEKW FRDLQIRYDD FDGIRYDEII FRKLGSMLQT TNILVTDDQY NIWKKRIEMD L ALTEPLGS GSDYKDDDDK I

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 6

+
分子 #6: Origin recognition complex subunit 1

分子名称: Origin recognition complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288C
分子量理論値: 104.546164 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MAKTLKDLQG WEIITTDEQG NIIDGGQKRL RRRGAKTEHY LKRSSDGIKL GRGDSVVMHN EAAGTYSVYM IQELRLNTLN NVVELWALT YLRWFEVNPL AHYRQFNPDA NILNRPLNYY NKLFSETANK NELYLTAELA ELQLFNFIRV ANVMDGSKWE V LKGNVDPE ...文字列:
MAKTLKDLQG WEIITTDEQG NIIDGGQKRL RRRGAKTEHY LKRSSDGIKL GRGDSVVMHN EAAGTYSVYM IQELRLNTLN NVVELWALT YLRWFEVNPL AHYRQFNPDA NILNRPLNYY NKLFSETANK NELYLTAELA ELQLFNFIRV ANVMDGSKWE V LKGNVDPE RDFTVRYICE PTGEKFVDIN IEDVKAYIKK VEPREAQEYL KDLTLPSKKK EIKRGPQKKD KATQTAQISD AE TRATDIT DNEDGNEDES SDYESPSDID VSEDMDSGEI SADELEEEED EEEDEDEEEK EARHTNSPRK RGRKIKLGKD DID ASVQPP PKKRGRKPKD PSKPRQMLLI SSCRANNTPV IRKFTKKNVA RAKKKYTPFS KRFKSIAAIP DLTSLPEFYG NSSE LMASR FENKLKTTQK HQIVETIFSK VKKQLNSSYV KEEILKSANF QDYLPARENE FASIYLSAYS AIESDSATTI YVAGT PGVG KTLTVREVVK ELLSSSAQRE IPDFLYVEIN GLKMVKPTDC YETLWNKVSG ERLTWAASME SLEFYFKRVP KNKKKT IVV LLDELDAMVT KSQDIMYNFF NWTTYENAKL IVIAVANTMD LPERQLGNKI TSRIGFTRIM FTGYTHEELK NIIDLRL KG LNDSFFYVDT KTGNAILIDA AGNDTTVKQT LPEDVRKVRL RMSADAIEIA SRKVASVSGD ARRALKVCKR AAEIAEKH Y MAKHGYGYDG KTVIEDENEE QIYDDEDKDL IESNKAKDDN DDDDDNDGVQ TVHITHVMKA LNETLNSHVI TFMTRLSFT AKLFIYALLN LMKKNGSQEQ ELGDIVDEIK LLIEVNGSNK FVMEIAKTLF QQGSDNISEQ LRIISWDFVL NQLLDAGILF KQTMKNDRI CCVKLNISVE EAKRAMNEDE TLRNL

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 1

+
分子 #7: Origin recognition complex subunit 3

分子名称: Origin recognition complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288C
分子量理論値: 72.161766 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSDLNQSKKM NVSEFADAQR SHYTVYPSLP QSNKNDKHIP FVKLLSGKES EVNVEKRWEL YHQLHSHFHD QVDHIIDNIE ADLKAEISD LLYSETTQKR RCFNTIFLLG SDSTTKIELK DESSRYNVLI ELTPKESPNV RMMLRRSMYK LYSAADAEEH P TIKYEDIN ...文字列:
MSDLNQSKKM NVSEFADAQR SHYTVYPSLP QSNKNDKHIP FVKLLSGKES EVNVEKRWEL YHQLHSHFHD QVDHIIDNIE ADLKAEISD LLYSETTQKR RCFNTIFLLG SDSTTKIELK DESSRYNVLI ELTPKESPNV RMMLRRSMYK LYSAADAEEH P TIKYEDIN DEDGDFTEQN NDVSYDLSLV ENFKRLFGKD LAMVFNFKDV DSINFNTLDN FIILLKSAFK YDHVKISLIF NI NTNLSNI EKNLRQSTIR LLKRNYHKLD VSSNKGFKYG NQIFQSFLDT VDGKLNLSDR FVEFILSKMA NNTNHNLQLL TKM LDYSLM SYFFQNAFSV FIDPVNVDFL NDDYLKILSR CPTFMFFVEG LIKQHAPADE ILSLLTNKNR GLEEFFVEFL VREN PINGH AKFVARFLEE ELNITNFNLI ELYHNLLIGK LDSYLDRWSA CKEYKDRLHF EPIDTIFQEL FTLDNRSGLL TQSIF PSYK SNIEDNLLSW EQVLPSLDKE NYDTLSGDLD KIMAPVLGQL FKLYREANMT INIYDFYIAF RETLPKEEIL NFIRKD PSN TKLLELAETP DAFDKVALIL FMQAIFAFEN MGLIKFQSTK SYDLVEKCVW RGI

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 3

+
分子 #8: Origin recognition complex subunit 4

分子名称: Origin recognition complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288C
分子量理論値: 60.772152 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MTISEARLSP QVNLLPIKRH SNEEVEETAA ILKKRTIDNE KCKDSDPGFG SLQRRLLQQL YGTLPTDEKI IFTYLQDCQQ EIDRIIKQS IIQKESHSVI LVGPRQSYKT YLLDYELSLL QQSYKEQFIT IRLNGFIHSE QTAINGIATQ LEQQLQKIHG S EEKIDDTS ...文字列:
MTISEARLSP QVNLLPIKRH SNEEVEETAA ILKKRTIDNE KCKDSDPGFG SLQRRLLQQL YGTLPTDEKI IFTYLQDCQQ EIDRIIKQS IIQKESHSVI LVGPRQSYKT YLLDYELSLL QQSYKEQFIT IRLNGFIHSE QTAINGIATQ LEQQLQKIHG S EEKIDDTS LETISSGSLT EVFEKILLLL DSTTKTRNED SGEVDRESIT KITVVFIFDE IDTFAGPVRQ TLLYNLFDMV EH SRVPVCI FGCTTKLNIL EYLEKRVKSR FSQRVIYMPQ IQNLDDMVDA VRNLLTVRSE ISPWVSQWNE TLEKELSDPR SNL NRHIRM NFETFRSLPT LKNSIIPLVA TSKNFGSLCT AIKSCSFLDI YNKNQLSNNL TGRLQSLSDL ELAILISAAR VALR AKDGS FNFNLAYAEY EKMIKAINSR IPTVAPTTNV GTGQSTFSID NTIKLWLKKD VKNVWENLVQ LDFFTEKSAV GLRDN ATAA FYASNYQFQG TMIPFDLRSY QMQIILQELR RIIPKSNMYY SWTQL

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 4

+
分子 #4: DNA (38-MER)

分子名称: DNA (38-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 23.708256 KDa
配列文字列: (DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT) (DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT) (DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DC) (DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA) (DA) (DA)(DA)(DG)(DG)(DC) ...文字列:
(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT) (DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT) (DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DC) (DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA) (DA) (DA)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG) (DC)(DA) (DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA) (DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)

+
分子 #5: DNA (40-MER)

分子名称: DNA (40-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 23.766305 KDa
配列文字列: (DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA) (DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC) (DA)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT) (DG) (DA)(DA)(DA)(DA)(DG) ...文字列:
(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA) (DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC) (DA)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT) (DG) (DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA) (DG)(DC)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA) (DT)(DC) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DT) (DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA)

+
分子 #9: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 3 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

+
分子 #10: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMKClpotassium chloride
25.0 mMHEPES-KOHHEPES-KOH
5.0 mMMgOAC2magnesium acetate
1.0 mMbeta-mercaptoethanolbeta-mercaptoethanol
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
ソフトウェア名称: EPU (ver. 2.12)
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 48.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 倍率（補正後）: 47170 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 797466
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 146160
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 57042 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: UCSF Chimera (ver. 1.13.1)
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8zpk:
Cryo-EM structure of origin recognition complex (Orc6 with residues 1 to 270 deleted) with ARS1 DNA bound

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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