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万見
- EMDB-60316: Cryo-EM structure of bicarbonate transporter SbtA in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60316
タイトルCryo-EM structure of bicarbonate transporter SbtA in complex with PII-like signaling protein SbtB (T-loop truncation) from Synechocystis sp. PCC 6803
マップデータsbtAB
試料
  • 複合体: Bicarbonate transporter SbtA in complex with PII-like signaling protein SbtB (T-loop truncation)
    • タンパク質・ペプチド: Slr1512 protein
    • タンパク質・ペプチド: Membrane-associated protein slr1513
  • リガンド: BICARBONATE ION
キーワードComplex / T-loop truncation / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of nitrogen utilization / plasma membrane-derived thylakoid membrane / enzyme regulator activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Na+-dependent bicarbonate transporter superfamily / Na+-dependent bicarbonate transporter superfamily / Nitrogen regulatory protein PII / Nitrogen regulatory protein P-II / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Slr1512 protein / Membrane-associated protein slr1513
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis (バクテリア) / Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Hou WT / Zhou CZ
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB37020301 中国
Chinese Academy of SciencesXDA24020302 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of bicarbonate transporter SbtA in complex with PII-like signaling protein SbtB T-loop truncation from Synechocystis sp. PCC 6803
著者: Hou WT / Zhou CZ
履歴
登録2024年5月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月3日-
マップ公開2025年12月3日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60316.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60316.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sbtAB
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 256.8 Å		1.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 256.8 Å		1.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 256.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.262
最小 - 最大-1.4093416 - 2.2330105
平均 (標準偏差)0.0015754655 (±0.059167713)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 256.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60316_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60316_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Bicarbonate transporter SbtA in complex with PII-like signaling p...

全体名称: Bicarbonate transporter SbtA in complex with PII-like signaling protein SbtB (T-loop truncation)
要素
  • 複合体: Bicarbonate transporter SbtA in complex with PII-like signaling protein SbtB (T-loop truncation)
    • タンパク質・ペプチド: Slr1512 protein
    • タンパク質・ペプチド: Membrane-associated protein slr1513
  • リガンド: BICARBONATE ION

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超分子 #1: Bicarbonate transporter SbtA in complex with PII-like signaling p...

超分子名称: Bicarbonate transporter SbtA in complex with PII-like signaling protein SbtB (T-loop truncation)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Synechocystis (バクテリア)

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分子 #1: Slr1512 protein

分子名称: Slr1512 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 39.671246 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDFLSNFLTD FVGQLQSPTL AFLIGGMVIA ALGTQLVIPE AISTIIVFML LTKIGLTGGM AIRNSNLTEM LLPVAFSVIL GILIVFIAR FTLAKLPNVR TVDALATGGL FGAVSGSTMA AALTTLEESK ISYEAWAGAL YPFMDIPALV TAIVVANIYL N KRKRKSAA ...文字列:
MDFLSNFLTD FVGQLQSPTL AFLIGGMVIA ALGTQLVIPE AISTIIVFML LTKIGLTGGM AIRNSNLTEM LLPVAFSVIL GILIVFIAR FTLAKLPNVR TVDALATGGL FGAVSGSTMA AALTTLEESK ISYEAWAGAL YPFMDIPALV TAIVVANIYL N KRKRKSAA ASIEESFSKQ PVAAGDYGDQ TDYPRTRQEY LSQQEPEDNR VKIWPIIEES LQGPALSAML LGLALGIFTK PE SVYEGFY DPLFRGLLSI LMLIMGMEAW SRIGELRKVA QWYVVYSLIA PIVHGFIAFG LGMIAHYATG FSLGGVVVLA VIA ASSSDI SGPPTLRAGI PSANPSAYIG SSTAIGTPIA IGVCIPLFIG LAQTLGAG

UniProtKB: Slr1512 protein

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分子 #2: Membrane-associated protein slr1513

分子名称: Membrane-associated protein slr1513 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 12.02181 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAKPANKLVI VTEKILLKKI AKIIDESGAK GYTVMNTGGK GSRNVRSSGQ PNTSDIEANI KFEILTETRE MAEEIADRVA VKYFNDYAG IIYICSAEVL YGHTFCGPEG C

UniProtKB: Membrane-associated protein slr1513

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分子 #3: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7cyf

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 178612
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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