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- EMDB-60307: Cryo-EM structure of pyraclostrobin-bound Arachis hypogaea bc1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60307
タイトルCryo-EM structure of pyraclostrobin-bound Arachis hypogaea bc1 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of pyraclostrobin-bound Arachis hypogaea bc1 complex
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • リガンド: x 8種
キーワードPlant complex / mitochondria / pyraclostrobin / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion ...respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Probable transposase, Ptta/En/Spm, plant / Plant transposase (Ptta/En/Spm family) / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, plants / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain ...Probable transposase, Ptta/En/Spm, plant / Plant transposase (Ptta/En/Spm family) / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, plants / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 6.7 kDa protein / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Cytochrome c domain-containing protein / Mitochondrial-processing peptidase subunit beta / Complex III subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Mitochondrial-processing peptidase subunit alpha / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b
類似検索 - 構成要素
生物種Arachis hypogaea (トウジンマメ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Cui GR / Wang YX / Yang GF
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of pyraclostrobin-bound Arachis hypogaea bc1 complex
著者: Cui GR / Wang YX / Yang GF
履歴
登録2024年5月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月4日-
マップ公開2025年6月4日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60307.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60307.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 320 pix.
= 307.2 Å		0.96 Å/pix.
x 320 pix.
= 307.2 Å		0.96 Å/pix.
x 320 pix.
= 307.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.96 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.586
最小 - 最大-4.3288383 - 8.780233000000001
平均 (標準偏差)-0.00020173885 (±0.22985697)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 307.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60307_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_60307_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of pyraclostrobin-bound Arachis hypogaea bc1 complex

全体名称: Cryo-EM structure of pyraclostrobin-bound Arachis hypogaea bc1 complex
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of pyraclostrobin-bound Arachis hypogaea bc1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial-processing peptidase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial-processing peptidase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: Complex III subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 6.7 kDa protein
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: methyl ~{N}-[2-[[1-(4-chlorophenyl)pyrazol-3-yl]oxymethyl]phenyl]-~{N}-methoxy-carbamate
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

+
超分子 #1: Cryo-EM structure of pyraclostrobin-bound Arachis hypogaea bc1 complex

超分子名称: Cryo-EM structure of pyraclostrobin-bound Arachis hypogaea bc1 complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Arachis hypogaea (トウジンマメ)
分子量理論値: 500 kDa/nm

+
分子 #1: Mitochondrial-processing peptidase subunit alpha

分子名称: Mitochondrial-processing peptidase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arachis hypogaea (トウジンマメ)
分子量理論値: 49.77932 KDa
配列文字列: APPLDFPLPG VTLPSPLPDH VAPGKTIVTT LPNGIKLASE TSAGPAASIG LYVDCGSIYE TPLTFGATHL LERMAFKSTR NRTHFRVVR EVEAIGGNVQ ASASREQMGY TFDALKTHVP EMVELLVDCV RNPVFLDWEV NEQLLKVKAE VGEASKNPQD L LLEAIHSA ...文字列:
APPLDFPLPG VTLPSPLPDH VAPGKTIVTT LPNGIKLASE TSAGPAASIG LYVDCGSIYE TPLTFGATHL LERMAFKSTR NRTHFRVVR EVEAIGGNVQ ASASREQMGY TFDALKTHVP EMVELLVDCV RNPVFLDWEV NEQLLKVKAE VGEASKNPQD L LLEAIHSA GYSGALANPL LASESALNGL NGSILEEFVA ENYTAPRIVL AASGVEHEEL LSIAEPLLSD LPNVPRPEEP KS VYTGGDY RCHTESGHIL NGQRTHFALA FELPGGWHKL KDAMVLTVLQ MLLGGGGSFS AGGPGKGMYS RLYLRVLNEY PQF HSISAF NNIYNNTGIF GIQVTTGSDF VSKAIDITVN ELLAVATSGQ VDQVQLDRAK QATKSAILMN LESRMVVSED IGRQ VLTYG ERKPVEDFLK AVDEVTLKDI ASISQKLISS PLTMASYGDV IYVPNYESVS SKFRS

UniProtKB: Mitochondrial-processing peptidase subunit alpha

+
分子 #2: Mitochondrial-processing peptidase subunit beta

分子名称: Mitochondrial-processing peptidase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arachis hypogaea (トウジンマメ)
分子量理論値: 54.822918 KDa
配列文字列: SPPPPNAMVY DRLAEAVKAK LRQLENPDPR FLKYGSPRPT LTDHTRILAA PETRVTTLPN GLRVATESSL AARTATVGVW IDAGSRFET EESNGTAHFL EHMIFKGTEK RNARELEEEI ENMGGHLNAY TSREQTTYYA KVADKDVPKA LDILADILQN S RFDENRIS ...文字列:
SPPPPNAMVY DRLAEAVKAK LRQLENPDPR FLKYGSPRPT LTDHTRILAA PETRVTTLPN GLRVATESSL AARTATVGVW IDAGSRFET EESNGTAHFL EHMIFKGTEK RNARELEEEI ENMGGHLNAY TSREQTTYYA KVADKDVPKA LDILADILQN S RFDENRIS RERDVILREM EEVEGQTEEV IFDHLHATAF QYTPLGRTIL GPAQNIKTIT KDHLQNYIQT HYTAPRMVIA AS GAVKHED IVEQVKKLFT KLSTDPTTAS QLVAKEPAIF TGSEVRMLDD EIPLAQFAVA FEGASWKDPD SIALMVMQAM LGS WNKTAG GGKHMGSELA QRVGINEVAE SMMAFNTNYK DTGLFGVYAV AKPDCLDDLS YAIMYETTKL AYRVSDDDVT RARN QLKSS LLLYIDGTSP VAEDIGRQLL TYGRRIPFAE LFARIDAVDA STIKRVANRF IYDKDIAIAA MGPIQRLPDY NWFRR RTYW NRY

UniProtKB: Mitochondrial-processing peptidase subunit beta

+
分子 #3: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arachis hypogaea (トウジンマメ)
分子量理論値: 43.36052 KDa
配列文字列: MRNQRFSLLK QPISSTLNQH LIDYPTPSNL SYWWGFGSLA GICLVIQIVT GVFLAMHYTP HVDLAFNSVE HVMRDVEGGW LLRYMHANG ASMFLIVVHL HIFRGLYHAS YSSPREFVRC LGVVIFLLMI VTAFTGYVPP WGQMSFWGAT VITSLASAIP V VGDTIVTW ...文字列:
MRNQRFSLLK QPISSTLNQH LIDYPTPSNL SYWWGFGSLA GICLVIQIVT GVFLAMHYTP HVDLAFNSVE HVMRDVEGGW LLRYMHANG ASMFLIVVHL HIFRGLYHAS YSSPREFVRC LGVVIFLLMI VTAFTGYVPP WGQMSFWGAT VITSLASAIP V VGDTIVTW LWGGFSVDNA TLNRFFSLHH LLPFILVGAS LLHLAALHQY GSNNPLGVHS EMDQISFYPY FYVKDLVGWV AF AIFFSIW IFYAPNVLGH PDNYIPANPM PTPPHIVPEW YFLPIHAILR SIPDKSGGVA AIAPVFICLL ALPFFKSMYV RSS SFRPIH QGIFWLLLAD RLLLGWIGCQ PVEAPFVTIG QIPPLVFFLF FAITPIPGRV GRGIPNSYTD

UniProtKB: Cytochrome b

+
分子 #4: Cytochrome c domain-containing protein

分子名称: Cytochrome c domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arachis hypogaea (トウジンマメ)
分子量理論値: 26.894418 KDa
配列文字列: EAEHGLACPS YPWPHQGILS SYDHASIRRG HQVYTQVCAS CHSMSLISYR DLVGVAYTEE EVKAMAAEIE VVDGPNDEGE MFTRPGKLS DRFPQPYANE AAARFANGGA YPPDLSLITK APHNGQNYVF ALLTGYRDPP AGVSIREGLH YNPYFPGGAI A MPKMLNDG ...文字列:
EAEHGLACPS YPWPHQGILS SYDHASIRRG HQVYTQVCAS CHSMSLISYR DLVGVAYTEE EVKAMAAEIE VVDGPNDEGE MFTRPGKLS DRFPQPYANE AAARFANGGA YPPDLSLITK APHNGQNYVF ALLTGYRDPP AGVSIREGLH YNPYFPGGAI A MPKMLNDG AVEYEDGTPA TESQMGKDVV SFLSWAAEPE MEERKLMGFK WIFVLTLALL QAGYYRRLRW SVLKSRKLVL DV VN

UniProtKB: Cytochrome c domain-containing protein

+
分子 #5: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Arachis hypogaea (トウジンマメ)
分子量理論値: 21.779992 KDa
配列文字列: EIPATVAAVK NPSSKIVYDE HNHERYPPGD PSKRAFAYFV LTGGRFVYAS LVRLLILKFV LSMSASKDVL ALASLEVDLS SIEPGTTVT VKWRGKPVFI RRRTEDDIKL ANSVDVGSLR DPQQDAERVK NPEWLIVIGV CTHLGCIPLP NAGDFGGWFC P CHGSHYDI ...文字列:
EIPATVAAVK NPSSKIVYDE HNHERYPPGD PSKRAFAYFV LTGGRFVYAS LVRLLILKFV LSMSASKDVL ALASLEVDLS SIEPGTTVT VKWRGKPVFI RRRTEDDIKL ANSVDVGSLR DPQQDAERVK NPEWLIVIGV CTHLGCIPLP NAGDFGGWFC P CHGSHYDI SGRIRKGPAP YNLEVPTYTF LEENKLLI

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

+
分子 #6: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arachis hypogaea (トウジンマメ)
分子量理論値: 14.022236 KDa
配列文字列:
QSFIDPKKNW FAAQHMKAIS KRLRRFGLRY DDLYDPYYDL DVKEALNRLP KEVVDARHQR LKRAMDLSMK HEYLPEDLQA MQTPFRGYL QEMLALVKRE KAERESLGGL PLYQRTIP

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

+
分子 #7: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arachis hypogaea (トウジンマメ)
分子量理論値: 8.102475 KDa
配列文字列:
KGFVPMKAVT YGLSPFQQKI MPGLWKDLPT KIHHKVSENW ISATLLLGPL VGVYSYVQNY QEKEKLSHRY

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

+
分子 #8: Cytochrome b-c1 complex subunit 6

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arachis hypogaea (トウジンマメ)
分子量理論値: 7.448683 KDa
配列文字列:
PVDQKKYLEE SCKPKCVKAL LEYQACVKRI QGDETGNKHC TGQYFDYWSC IDKCVAQKLF SKLK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 6

+
分子 #9: Complex III subunit 9

分子名称: Complex III subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arachis hypogaea (トウジンマメ)
分子量理論値: 6.86785 KDa
配列文字列:
GGIFEALYKV LMRRNSVYVT FVIAGAFVGE RAVDYGVHKL WEHNNVGKRY EDISVLGQRQ

UniProtKB: Complex III subunit 9

+
分子 #10: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 6.7 kDa protein

分子名称: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 6.7 kDa protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arachis hypogaea (トウジンマメ)
分子量理論値: 3.073544 KDa
配列文字列:
IQPTDVKAAA MWGVAAATGG LYLIQPWGW

UniProtKB: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 6.7 kDa protein

+
分子 #11: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #12: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 6 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #13: methyl ~{N}-[2-[[1-(4-chlorophenyl)pyrazol-3-yl]oxymethyl]phenyl]...

分子名称: methyl ~{N}-[2-[[1-(4-chlorophenyl)pyrazol-3-yl]oxymethyl]phenyl]-~{N}-methoxy-carbamate
タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: A1D6K
分子量理論値: 387.817 Da

+
分子 #14: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #15: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 12 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

+
分子 #16: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #17: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #18: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 49.48 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 95092
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8zom:
Cryo-EM structure of pyraclostrobin-bound Arachis hypogaea bc1 complex

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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