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- EMDB-60286: Structure of the wild-type PSI-8VCPI supercomplex in Nannochlorop... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60286
タイトルStructure of the wild-type PSI-8VCPI supercomplex in Nannochloropsis oceanica
マップデータ
試料
  • 複合体: WT-PSI-8VCPI
    • タンパク質・ペプチド: x 19種
  • リガンド: x 11種
キーワードPSI-VCPI supercomplex / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III ...Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / PSI subunit V
類似検索 - 構成要素
生物種Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Shen LL / Li ZH / Shen JR / Wang WD
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the wild-type PSI-8VCPI supercomplex in Nannochloropsis oceanica
著者: Shen LL / Li ZH / Shen JR / Wang WD
履歴
登録2024年5月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月3日-
マップ公開2025年12月3日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60286.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60286.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 512 pix.
= 532.48 Å		1.04 Å/pix.
x 512 pix.
= 532.48 Å		1.04 Å/pix.
x 512 pix.
= 532.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.295
最小 - 最大-0.339488 - 1.5451735
平均 (標準偏差)0.000699633 (±0.02498344)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 532.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60286_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_60286_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : WT-PSI-8VCPI

全体名称: WT-PSI-8VCPI
要素
  • 複合体: WT-PSI-8VCPI
    • タンパク質・ペプチド: VCPI-5
    • タンパク質・ペプチド: VCPI-9
    • タンパク質・ペプチド: VCPI-8
    • タンパク質・ペプチド: VCPI-4/7
    • タンパク質・ペプチド: VCPI-3
    • タンパク質・ペプチド: VCPI-2
    • タンパク質・ペプチド: VCPI-1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: PsaR
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: PSI subunit V
    • タンパク質・ペプチド: PsaM
    • タンパク質・ペプチド: PsaS
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (1~{R},3~{S})-6-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{Z},17~{E})-16-(hydroxymethyl)-3,7,12-trimethyl-18-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenylidene]-1,5,5-trimethyl-cyclohexane-1,3-diol
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: [(2~{Z},4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E})-17-[(4~{S},6~{R})-4-acetyloxy-2,2,6-trimethyl-6-oxidanyl-cyclohexylidene]-6,11,15-trimethyl-2-[(~{E})-2-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl]ethenyl]heptadeca-2,4,6,8,10,12,14,16-octaenyl] octanoate
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

+
超分子 #1: WT-PSI-8VCPI

超分子名称: WT-PSI-8VCPI / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#19
由来(天然)生物種: Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)

+
分子 #1: VCPI-5

分子名称: VCPI-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
分子量理論値: 25.849219 KDa
配列文字列: MFRKLALALL CSSAVAFQVP APLTRGSVRL HAEGKPAAPP AAAPPAAAPA AAAPAAAAPA AAAVKPPPPP PPPKVFSKSV PFLLKPAGL DGMVGDVGFD PLGFATFIDI RWLREAELKN GRVAMLAFLG FIVQEFIRLP GDLYSEPNGV KAFFQVGPQP L LQIFLFCG ...文字列:
MFRKLALALL CSSAVAFQVP APLTRGSVRL HAEGKPAAPP AAAPPAAAPA AAAPAAAAPA AAAVKPPPPP PPPKVFSKSV PFLLKPAGL DGMVGDVGFD PLGFATFIDI RWLREAELKN GRVAMLAFLG FIVQEFIRLP GDLYSEPNGV KAFFQVGPQP L LQIFLFCG FLEFNMHKGK LTQVDMFEDG KREPGNFGFD PLGFGKDPAK RERYALAELK NGRLAMIAIG GLVHHALVTG HA TFSS

+
分子 #2: VCPI-9

分子名称: VCPI-9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
分子量理論値: 24.17598 KDa
配列文字列: MKTAAILAVL ACAANAFVFP TPKVSQTVVR GTPFDTVSKD ELAVENKAMA GKSVFERAMA DFNGRYPAVA ALGLGPSAKA ERWNGRHAM FGWIVLLATG YAQAHGLLPE GGMDAKEWGT WVIVSTTNGE QVTIPAARAA IAIGHLHFGA VGVFAAYSKN S VKDRLLLE ...文字列:
MKTAAILAVL ACAANAFVFP TPKVSQTVVR GTPFDTVSKD ELAVENKAMA GKSVFERAMA DFNGRYPAVA ALGLGPSAKA ERWNGRHAM FGWIVLLATG YAQAHGLLPE GGMDAKEWGT WVIVSTTNGE QVTIPAARAA IAIGHLHFGA VGVFAAYSKN S VKDRLLLE PGEKDEAPAG LFPALRPGLT KEAEMLNGRV AMLGLVALVA VSAATGQDIL SVIDQGLGGL LLKA

+
分子 #3: VCPI-8

分子名称: VCPI-8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
分子量理論値: 21.633426 KDa
配列文字列: MKVTAVLSLL AAPLLASAFI APAPKATRAR GVMSMAQSKA LPFLKAPAKL DGSLAGDFGF DPMGISDQVA NLKYVRAAEL KHCRVAMLG FLGWVVQQYV HLPGEIYAES NPLKALTSVP LLSQIQIFLF IGAIELATLD QTYTADKPWD LGFDPLNFSK G KSEQQMKD ...文字列:
MKVTAVLSLL AAPLLASAFI APAPKATRAR GVMSMAQSKA LPFLKAPAKL DGSLAGDFGF DPMGISDQVA NLKYVRAAEL KHCRVAMLG FLGWVVQQYV HLPGEIYAES NPLKALTSVP LLSQIQIFLF IGAIELATLD QTYTADKPWD LGFDPLNFSK G KSEQQMKD LEVKELKNGR VAMIAIMGLI AQTLYTGVPL FS

+
分子 #4: VCPI-4/7

分子名称: VCPI-4/7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
分子量理論値: 21.611303 KDa
配列文字列: MKLLSFACLL GAATAFVPSM PTTTRTRGAV RMMAEKSKAV PFLPRPAALD GSVVGDVGFD PVGFTSWLPL SYLQEAEIKH CRIAMLATL GWIVADFVHL PGAVHEVSSL AAHDVAVKSG ALAQILIWTS IAEAISVIAI SQMLEGSGRQ PGDFKFDPLN F AKDEKSLK ...文字列:
MKLLSFACLL GAATAFVPSM PTTTRTRGAV RMMAEKSKAV PFLPRPAALD GSVVGDVGFD PVGFTSWLPL SYLQEAEIKH CRIAMLATL GWIVADFVHL PGAVHEVSSL AAHDVAVKSG ALAQILIWTS IAEAISVIAI SQMLEGSGRQ PGDFKFDPLN F AKDEKSLK KMQLSELKNG RLAMLAFSGI VTQAALTGHA FPYM

+
分子 #5: VCPI-3

分子名称: VCPI-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
分子量理論値: 23.046791 KDa
配列文字列: MKISFALAAL LPCAAAFVAP AIPSVTSSTG TAAARGRTVM MAERSKSLPF LMKPKNLDGS MAGDVGFDPL GLSEINDVGV DLYWLREAE LKHCRLGMMA AAGILFVEIL GPAPGFPAGK SQMDVFWKVY AEKPSLIGAS LAAIAILEVI SGVATTQGRQ N GDRAPGDY ...文字列:
MKISFALAAL LPCAAAFVAP AIPSVTSSTG TAAARGRTVM MAERSKSLPF LMKPKNLDGS MAGDVGFDPL GLSEINDVGV DLYWLREAE LKHCRLGMMA AAGILFVEIL GPAPGFPAGK SQMDVFWKVY AEKPSLIGAS LAAIAILEVI SGVATTQGRQ N GDRAPGDY NFDPLGFGKD PAKFKDLQLK EVKNGRLAMI AAAGMILQGV STHQGALENL SG

+
分子 #6: VCPI-2

分子名称: VCPI-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
分子量理論値: 23.865588 KDa
配列文字列: MRSITIVLAA TAALSSAFVM PSTPKAPATQ LSVKSKAVPF LEAPKALDGS LPADVGFDPL GLSDIGFDFT YLMVPTKWDE SRTGLSALK WFREAEIKHG RFAMLAVLGW VAVDMGLRLP VAKYAGYNAV QAHDVFVKSG DMTVGLLAIG FLEVVMGAAI Y EMSKGSDR ...文字列:
MRSITIVLAA TAALSSAFVM PSTPKAPATQ LSVKSKAVPF LEAPKALDGS LPADVGFDPL GLSDIGFDFT YLMVPTKWDE SRTGLSALK WFREAEIKHG RFAMLAVLGW VAVDMGLRLP VAKYAGYNAV QAHDVFVKSG DMTVGLLAIG FLEVVMGAAI Y EMSKGSDR AAGEFSFDPL GLGKDPSKYA RYQVSEIKNG RLAMLAFGGI ATQAVLTNSG FPYYQ

+
分子 #7: VCPI-1

分子名称: VCPI-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
分子量理論値: 22.652133 KDa
配列文字列: MVGIHKTLLV AAVTMASVSA FVPPAPAAPR TRGVMKMGLD GMIGSSAPFK NFDPLGFAAK ADQKTLNKYR ESELKHGRVA MLAVLGWIV QEFWHPLYDG KLSSNPLKAL TEVPLIGWAQ IFVAINVIEY LQNKIKELPG YRPGDYLGTW EWVEQSDEGW D SYQTKELN ...文字列:
MVGIHKTLLV AAVTMASVSA FVPPAPAAPR TRGVMKMGLD GMIGSSAPFK NFDPLGFAAK ADQKTLNKYR ESELKHGRVA MLAVLGWIV QEFWHPLYDG KLSSNPLKAL TEVPLIGWAQ IFVAINVIEY LQNKIKELPG YRPGDYLGTW EWVEQSDEGW D SYQTKELN NGRLAMVAIA GLIVQDLITG QAALEQITAG NTGVFSGLGK

+
分子 #8: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
分子量理論値: 82.797758 KDa
配列文字列: MSTTRKSTIV DFNPVETSFE KWAKPGQFSR TLAKGPKTTT WIWNLHADAH DFDIQTNSLQ EVSRKIFSAH FGQLAVIFLW LSGMHFHGA YFSNYSAWLT NPTSTKPSAQ IVWPIVGQEV LNADVGGNFQ GIQITSGFFQ LWRAEGITSE VELYWTAVGG L VASFLMLF ...文字列:
MSTTRKSTIV DFNPVETSFE KWAKPGQFSR TLAKGPKTTT WIWNLHADAH DFDIQTNSLQ EVSRKIFSAH FGQLAVIFLW LSGMHFHGA YFSNYSAWLT NPTSTKPSAQ IVWPIVGQEV LNADVGGNFQ GIQITSGFFQ LWRAEGITSE VELYWTAVGG L VASFLMLF AGWFHYHKAA PKLEWFQNVE SMLNHHLAGL LGLGSLSWAG HQIHIALPIN KLLDLGVSPE EIPLPYEFIL NR DLIAQLY PSFNKGLTPF FTLNWGEYSD FLTFKGGLNP VTGGLWLTDT AHHHLAIAVL FIVAGHMYKT NWFLGHSIKT ILE AHKGPF TGEGHKGLYE VLTTSWHAQL AINLALFGSL SIIVAHHMYA MPPYPYIAID YPTQLSLFTH HVWIGGFCIV GGAA HGAIF FVRDYNAANN YNNLIDRVIR HRDAIISHLN WVCIFLGCHS FGLYVHNDTM RALGRSQDLF SDNAIALKPI FAQFI QNLH TLAPGSTAPN ALTTVSYAFG GDVISVGSKI AMMPISLGTA DFLVHHIHAF TIHVTVLILL KGVLYSRNSR LIPDKA NLG FRFPCDGPGR GGTCQVSAWD HVFLGLFWMY NSISIVIFHF SWKMQSDVWG TVSPTGAVSH ITGGNFAQSS ITINGWL RD FLWSQAAQVV QSYGSSLSAY GLIFLGAHFI WAFSLMFLFS GRGYWQELIE SIVWAHNKLK VAPSIQPRAL SITQGRAV G VAHYLLGGIG TTWAFFLARI ISVG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #9: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
分子量理論値: 82.864992 KDa
配列文字列: MVYKFPKFSK ALAEDPSTRR IWYGIATAHD FESHDAMTES KLYQKIFASH FGHIAIIFLW TAGNLFHVAW QGNFEAWILN PLKVRPIAH AIWDPHFGQA AYKAFLKTSS PANLALSGVY EWWYTIGMRT NNDLYQGSFF LILLSSLLLF AGWLHLQPSF R PSLDWFKA ...文字列:
MVYKFPKFSK ALAEDPSTRR IWYGIATAHD FESHDAMTES KLYQKIFASH FGHIAIIFLW TAGNLFHVAW QGNFEAWILN PLKVRPIAH AIWDPHFGQA AYKAFLKTSS PANLALSGVY EWWYTIGMRT NNDLYQGSFF LILLSSLLLF AGWLHLQPSF R PSLDWFKA NEYRLNHHLS GLFGVSSLAW TGHLVHVAIP ESRGIHVGWD NFLTVLPHPE GLTPFFSGNW KAYAQNPDTA SH IFGSGEG SGTAILTFLG GFHPQTKSLW LTDMAHHHLA IAVLFIVAGH MYRTNWLIGH QMKLILEAHR PPGGRLGIGH IGL YETITN SLHFQLGLAL AALGVATSLT AQHMYALPPY AFLASNFPTQ AALYTHHQYI AGFLMVGAFA HGAIFFVRDY DPAV NTRNG EKNVLARMLE HKEAIISHLS WVSLFLGFHT LGIYVHNDVV VAFGQPEKQI LVEPLFAEWI QAASGKTLYN FDLLL ASSN SPASVASSQL WLPGWLSAIN DGKNSLFLPI GPGDFLVHHA IALGLHTTTL ILVKGALDAR GSKLMPDKKD FGYSFP CDG PGRGGTCDIS AWDAFYLAMF WMLNTIGWVT FYWHWKHLTL WQGNQVQFNE SSNYIMGWLR DYLWLNSSPL INGYNPF GM NSLSVWAWMF LFGHLVWATG FMFLISWRGY WQELIETIVW AHERTPLANL VRWKDKPVAL SIVQARLVGL AHFTIGYV L TYAAFVIAST IGKLGY

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
分子量理論値: 15.037159 KDa
配列文字列:
MNLKLKQSDF PKFEGSTGGW LSAAKNEEKY VIIWTSKDAS LFEMPTGGTA KMNAGNNVAY FARKEQCLAL GSQLRGFKIT NYKIFRIYP PLDITLLHPF DGVFPEKVNQ GRSPVGKRDA SIGGNPNPAS LKFQSNT

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
分子量理論値: 7.668697 KDa
配列文字列:
MIQKGSTVRI LRKESYWYNE SGTVVVVDQS KVRYPVLVRF TKVNYAGTNT NNFGLNEVEE VVTKKSS

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IV

+
分子 #12: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
分子量理論値: 20.813076 KDa
配列文字列:
MTKIVKFAFL PLLTFLGLPM ISNADIGGLN PCKDSEVFQK RLAKTVKKLE NRLKKYEEGT PPQIAIQQQI TQTKQRFTRY ADSNLLCGN DGLPHLITDG RWSHGSEFLL PSILFLYISG WIGWVGRKYI RTVGQTSNPT EKEIIIDVPL AISIMTSGFL W PFAAWQEF LSGDLIASDE TITTSPK

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III

+
分子 #13: PsaR

分子名称: PsaR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
分子量理論値: 13.958494 KDa
配列文字列:
MKTFCILLAL VALFNFSNAF MPKAPVHTAR PVVARGRTMK MMEESTYWEG KAPPSVVLGP FLSKIPSGVL GPASLVALIV GSYCTHESN IFNTLTVDTI YPAYVLGSFL TPISWGLHVA AWIQKMNKA

+
分子 #14: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
分子量理論値: 5.226195 KDa
配列文字列:
MSLDLLPSFF VPLVGLVLPL FSIIGLFLYI EKENREVFDP TTYKF

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #15: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
分子量理論値: 4.762584 KDa
配列文字列:
MKDFLKYLST APVLLTAWLT FTAGFVIEIN RFYPDALTFP F

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #16: PSI subunit V

分子名称: PSI subunit V / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
分子量理論値: 18.695639 KDa
配列文字列:
MVSFIKPYRQ DPFVGHLATP ITTSAFTRAY LKVLPAYRPG LTPLSRGAEI GFTHGYFLIG PFYTYGPLRS VEFSLTSLAA GLLAAITLL LILTVGLSIY GQVTYDVYDN ALIVKLVRQM VGSERTQDLP QIKGTSELDT VLGWQKFSEG FFSGGLIGSI V AAVGIALY STYL

UniProtKB: PSI subunit V

+
分子 #17: PsaM

分子名称: PsaM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
分子量理論値: 3.241863 KDa
配列文字列:
MIYDSQVYIA LVIAVVASVL AIRLGATLYN

+
分子 #18: PsaS

分子名称: PsaS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
分子量理論値: 4.698783 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #19: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Nannochloropsis oceanica strain IMET1 (真核生物)
分子量理論値: 8.763116 KDa
配列文字列:
MSHTVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMVP WDGCKAGQIA SAPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSVRVYLG GETTRSLGLA Y

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

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分子 #20: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 31 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

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分子 #21: (1~{R},3~{S})-6-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{Z},17...

分子名称: (1~{R},3~{S})-6-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{Z},17~{E})-16-(hydroxymethyl)-3,7,12-trimethyl-18-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl] ...名称: (1~{R},3~{S})-6-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{Z},17~{E})-16-(hydroxymethyl)-3,7,12-trimethyl-18-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenylidene]-1,5,5-trimethyl-cyclohexane-1,3-diol
タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 7 / 式: A1L1G
分子量理論値: 616.87 Da

+
分子 #22: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 178 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #23: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 2 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

+
分子 #24: [(2~{Z},4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E})-17-[(4~{S},6~{R})...

分子名称: [(2~{Z},4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E})-17-[(4~{S},6~{R})-4-acetyloxy-2,2,6-trimethyl-6-oxidanyl-cyclohexylidene]-6,11,15-trimethyl-2-[(~{E})-2-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4- ...名称: [(2~{Z},4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E})-17-[(4~{S},6~{R})-4-acetyloxy-2,2,6-trimethyl-6-oxidanyl-cyclohexylidene]-6,11,15-trimethyl-2-[(~{E})-2-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl]ethenyl]heptadeca-2,4,6,8,10,12,14,16-octaenyl] octanoate
タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 4 / 式: A1L1F
分子量理論値: 785.102 Da

+
分子 #25: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 5 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

+
分子 #26: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 3 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #27: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 3 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #28: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE

+
分子 #29: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 19 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE

+
分子 #30: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 60260
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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