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万見
- EMDB-60258: conformation 2 cryo-EM map of N8_Cullin1/Rbx1/Skp1/Skp2/Cks2/p27 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60258
タイトルconformation 2 cryo-EM map of N8_Cullin1/Rbx1/Skp1/Skp2/Cks2/p27 in complex with Extension Probe-Ub2 at a resolution of 7.64 angstrom
マップデータ
試料
  • 複合体: N8_Cullin1/Rbx1/Skp1/Skp2/Cks2/p27 in complex with Extension Probe-Ub2
キーワードCullin1 / CDC34 / ubiquitin / Skp1 / Skp2 / Cks1 / LYASE
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.64 Å
データ登録者Ai HS / Liang LJ / Li CT / Zhao FY / Zhang LY / Li JH
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2025
タイトル: Design and Semisynthesis of Ubiquitin Extension Probes for Structural Analysis of Cullin1-Mediated Substrate Polyubiquitination.
著者: Chuntong Li / Fangyu Zhao / Chong Zuo / Liying Zhang / Yangwode Jing / Xu Li / Guo-Chao Chu / Luyu Shi / Yingyue Zhang / Han Wang / Shuzhe Sun / Maoshen Sun / Huasong Ai / Lu-Jun Liang / Jinghong Li /
要旨: Chemical trapping strategies have recently emerged as powerful approaches for investigating the structural dynamics of E3 ligase-catalyzed substrate ubiquitination. However, current ubiquitination- ...Chemical trapping strategies have recently emerged as powerful approaches for investigating the structural dynamics of E3 ligase-catalyzed substrate ubiquitination. However, current ubiquitination-derived probes are limited to studying substrate mono- or diubiquitination events. Probes capable of investigating how E3 ligases accommodate E2-Ub conjugates and ubiquitinated substrates to generate longer ubiquitin chains remain unexplored. In this work, we report the development of two Cullin1 E3 ligase (CRL1)-dependent probes, Extension Probe and Extension Probe, which mimic transient intermediates formed during CRL1-catalyzed K48-linked diubiquitin and tetraubiquitin chain formation on substrate p27. Notably, a chemoenzymatic semisynthetic strategy was devised to generate Extension Probe, involving the enzymatic conjugation of a preformed K48-linked diubiquitin to a synthetic Ub-p27-degron construct using the E2 conjugating enzyme UBE2K. Both Extension Probe and Extension Probe formed stable complexes with N8-CRL1 (comprising neddylated Cullin1-Rbx1 and the substrate receptor complex Skp1-Skp2-Cks1), facilitating structural analysis by chemical cross-linking mass spectrometry (CX-MS) and cryo-electron microscopy (cryo-EM). Our results indicate the presence of multiple distinct conformations of the catalytic module (comprising the RING domain of Rbx1, CDC34-Ub, and the acceptor ubiquitin) within the di- and tetraubiquitination complexes, while the conformation of the Cullin1-Skp1-Skp2-Cks1 subunit remains unchanged. In conclusion, this work expands the toolkit available for chemical trapping strategies and provides advanced insights into CRL-catalyzed substrate polyubiquitination.
履歴
登録2024年5月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月28日-
マップ公開2025年5月28日-
更新2025年12月10日-
現状2025年12月10日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60258.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60258.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.944 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.944 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.944 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.074 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.006
最小 - 最大-0.0032761176 - 0.027584767
平均 (標準偏差)0.0001703425 (±0.0012397957)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 274.944 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60258_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60258_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : N8_Cullin1/Rbx1/Skp1/Skp2/Cks2/p27 in complex with Extension Probe-Ub2

全体名称: N8_Cullin1/Rbx1/Skp1/Skp2/Cks2/p27 in complex with Extension Probe-Ub2
要素
  • 複合体: N8_Cullin1/Rbx1/Skp1/Skp2/Cks2/p27 in complex with Extension Probe-Ub2

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超分子 #1: N8_Cullin1/Rbx1/Skp1/Skp2/Cks2/p27 in complex with Extension Probe-Ub2

超分子名称: N8_Cullin1/Rbx1/Skp1/Skp2/Cks2/p27 in complex with Extension Probe-Ub2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 83544
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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