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万見
- EMDB-60202: Cryo-EM structure of the efflux transporter MmpL5/MmpS5 from Myco... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60202
タイトルCryo-EM structure of the efflux transporter MmpL5/MmpS5 from Mycobacterium tuberculosis (Map-2)
マップデータ
試料
  • 複合体: membrane complex
    • タンパク質・ペプチド: Siderophore exporter MmpL5
    • タンパク質・ペプチド: Siderophore export accessory protein MmpS5
    • タンパク質・ペプチド: Meromycolate extension acyl carrier protein
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
  • リガンド: N~3~-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-sulfanylethyl)-beta-alaninamide
キーワードmembrane transporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transport accessory protein MmpS / Transport accessory protein MmpS, C-terminal / Mycobacterium membrane protein / Membrane transport protein MmpL family / : / : / Membrane transport protein MMPL domain / MMPL family / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site ...Transport accessory protein MmpS / Transport accessory protein MmpS, C-terminal / Mycobacterium membrane protein / Membrane transport protein MmpL family / : / : / Membrane transport protein MMPL domain / MMPL family / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Meromycolate extension acyl carrier protein / Siderophore export accessory protein MmpS5 / Siderophore exporter MmpL5
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Zhang B / Xiong Z / Rao Z
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171217 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32394010 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: membrane transporter
著者: Zhang B / Xiong Z / Rao Z
履歴
登録2024年5月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月21日-
マップ公開2025年5月21日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60202.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60202.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.488 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.488 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.488 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.252
最小 - 最大-1.9823035 - 2.9817889
平均 (標準偏差)-0.000074291944 (±0.08282927)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 319.488 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60202_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_60202_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : membrane complex

全体名称: membrane complex
要素
  • 複合体: membrane complex
    • タンパク質・ペプチド: Siderophore exporter MmpL5
    • タンパク質・ペプチド: Siderophore export accessory protein MmpS5
    • タンパク質・ペプチド: Meromycolate extension acyl carrier protein
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
  • リガンド: N~3~-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-sulfanylethyl)-beta-alaninamide

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超分子 #1: membrane complex

超分子名称: membrane complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

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分子 #1: Siderophore exporter MmpL5

分子名称: Siderophore exporter MmpL5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 104.874656 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MIVQRTAAPT GSVPPDRHAA RPFIPRMIRT FAVPIILGWL VTIAVLNVTV PQLETVGQIQ AVSMSPDAAP SMISMKHIGK VFEEGDSDS AAMIVLEGQR PLGDAAHAFY DQMIGRLQAD TTHVQSLQDF WGDPLTATGA QSSDGKAAYV QVKLAGNQGE S LANESVEA ...文字列:
MIVQRTAAPT GSVPPDRHAA RPFIPRMIRT FAVPIILGWL VTIAVLNVTV PQLETVGQIQ AVSMSPDAAP SMISMKHIGK VFEEGDSDS AAMIVLEGQR PLGDAAHAFY DQMIGRLQAD TTHVQSLQDF WGDPLTATGA QSSDGKAAYV QVKLAGNQGE S LANESVEA VKTIVERLAP PPGVKVYVTG SAALVADQQQ AGDRSLQVIE AVTFTVIIVM LLLVYRSIIT SAIMLTMVVL GL LATRGGV AFLGFHRIIG LSTFATNLLV VLAIAAATDY AIFLIGRYQE ARGLGQDRES AYYTMFGGTA HVVLGSGLTI AGA TFCLSF TRLPYFQTLG VPLAIGMVIV VAAALTLGPA IIAVTSRFGK LLEPKRMARV RGWRKVGAAI VRWPGPILVG AVAL ALVGL LTLPGYRTNY NDRNYLPADL PANEGYAAAE RHFSQARMNP EVLMVESDHD MRNSADFLVI NKIAKAIFAV EGISR VQAI TRPDGKPIEH TSIPFLISMQ GTSQKLTEKY NQDLTARMLE QVNDIQSNID QMERMHSLTQ QMADVTHEMV IQMTGM VVD VEELRNHIAD FDDFFRPIRS YFYWEKHCYD IPVCWSLRSV FDTLDGIDVM TEDINNLLPL MQRLDTLMPQ LTAMMPE MI QTMKSMKAQM LSMHSTQEGL QDQMAAMQED SAAMGEAFDA SRNDDSFYLP PEVFDNPDFQ RGLEQFLSPD GHAVRFII S HEGDPMSQAG IARIAKIKTA AKEAIKGTPL EGSAIYLGGT AAMFKDLSDG NTYDLMIAGI SALCLIFIIM LITTRSVVA AAVIVGTVVL SLGASFGLSV LIWQHILGIE LHWLVLAMAV IILLAVGADY NLLLVARLKE EIHAGINTGI IRAMGGSGSV VTAAGLVFA FTMMSFAVSE LTVMAQVGTT IGMGLLFDTL IVRSFMTPSI AALLGKWFWW PQVVRQRPIP QPWPSPASAR T FALV

UniProtKB: Siderophore exporter MmpL5

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分子 #2: Siderophore export accessory protein MmpS5

分子名称: Siderophore export accessory protein MmpS5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 15.261456 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列:
MIGTLKRAWI PLLILVVVAI AGFTVQRIRT FFGSEGILVT PKVFADDPEP FDPKVVEYEV SGSGSYVNIN YLDLDAKPQR IDGAALPWS LTLKTTAPSA APNILAQGDG TSITCRITVD GEVKDERTAT GVDALTYCFV KSA

UniProtKB: Siderophore export accessory protein MmpS5

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分子 #3: Meromycolate extension acyl carrier protein

分子名称: Meromycolate extension acyl carrier protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 10.743876 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列:
MAATQEEIIA GLAEIIEEVT GIEPSEVTPE KSFVDDLDID SLSMVEIAVQ TEDKYGVKIP DEDLAGLRTV GDVVAYIQKL EEENPEAAA ALREKFAADQ

UniProtKB: Meromycolate extension acyl carrier protein

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分子 #4: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

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分子 #5: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY...

分子名称: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: PEV
分子量理論値: 720.012 Da
Chemical component information

ChemComp-PEV:
(1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / POPE, リン脂質*YM

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分子 #6: N~3~-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-...

分子名称: N~3~-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-sulfanylethyl)-beta-alaninamide
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: PN7
分子量理論値: 358.348 Da
Chemical component information

ChemComp-PN7:
N~3~-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-sulfanylethyl)-beta-alaninamide

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 83178
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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