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- EMDB-60143: Cryo-EM structure of human integrin alpha-E beta-7 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60143
タイトルCryo-EM structure of human integrin alpha-E beta-7
マップデータ
試料
  • 複合体: Integrin alpha-E beta-7
    • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-7
    • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-E
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードComplex / Cryo-EM / CELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response in gut-associated lymphoid tissue / cell-matrix adhesion involved in ameboidal cell migration / integrin alpha4-beta7 complex / leukocyte tethering or rolling / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / cell adhesion mediated by integrin / receptor clustering / leukocyte migration / T cell migration ...immune response in gut-associated lymphoid tissue / cell-matrix adhesion involved in ameboidal cell migration / integrin alpha4-beta7 complex / leukocyte tethering or rolling / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / cell adhesion mediated by integrin / receptor clustering / leukocyte migration / T cell migration / Integrin cell surface interactions / cell adhesion molecule binding / cell-matrix adhesion / substrate adhesion-dependent cell spreading / integrin-mediated signaling pathway / cell-cell adhesion / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / integrin binding / virus receptor activity / receptor complex / cell adhesion / external side of plasma membrane / focal adhesion / cell surface / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain ...Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha cytoplasmic region / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / von Willebrand factor type A domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin beta-7 / Integrin alpha-E
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Akasaka H / Nureki O / Kise Y
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22H02555 日本
引用ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of I domain-containing integrin αEβ7.
著者: Hiroaki Akasaka / Dan Sato / Wataru Shihoya / Osamu Nureki / Yoshiaki Kise /
要旨: The integrin family is a transmembrane receptor that plays critical roles in the cell-cell and cell-extracellular matrix adhesion, signal transduction such as cell cycle regulation, organization of ...The integrin family is a transmembrane receptor that plays critical roles in the cell-cell and cell-extracellular matrix adhesion, signal transduction such as cell cycle regulation, organization of the intracellular cytoskeleton, and immune responses. Consequently, dysfunction of integrins is associated with a wide range of human diseases, including cancer and immune diseases, which makes integrins therapeutic targets for drug discovery. Here we report the cryo-EM structure of the human α-I domain-containing full-length integrin αEβ7, which is expressed in the leukocytes of the immune system and a drug target for inflammatory bowel disease (IBD). The structure reveals the half-bent conformation, an intermediate between the close and the open conformation, while the α-I domain responsible for the ligand binding covers the headpiece domain by a unique spatial arrangement. Our results provide the structural information for the drug design targeting IBD.
履歴
登録2024年5月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月5日-
マップ公開2024年6月5日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60143.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60143.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 35.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 210 pix.
= 233.1 Å		1.11 Å/pix.
x 210 pix.
= 233.1 Å		1.11 Å/pix.
x 210 pix.
= 233.1 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.11 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012
最小 - 最大-0.95777845 - 1.4249634
平均 (標準偏差)0.00062077906 (±0.027468132)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ210210210
Spacing210210210
セルA=B=C: 233.1 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_60143_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60143_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_60143_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Integrin alpha-E beta-7

全体名称: Integrin alpha-E beta-7
要素
  • 複合体: Integrin alpha-E beta-7
    • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-7
    • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-E
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Integrin alpha-E beta-7

超分子名称: Integrin alpha-E beta-7 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Integrin beta-7

分子名称: Integrin beta-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 90.055438 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VALPMVLVLL LVLSRGESEL DAKIPSTGDA TEWRNPHLSM LGSCQPAPSC QKCILSHPSC AWCKQLNFTA SGEAEARRCA RREELLARG CPLEELEEPR GQQEVLQDQP LSQGARGEGA TQLAPQRVRV TLRPGEPQQL QVRFLRAEGY PVDLYYLMDL S YSMKDDLE ...文字列:
VALPMVLVLL LVLSRGESEL DAKIPSTGDA TEWRNPHLSM LGSCQPAPSC QKCILSHPSC AWCKQLNFTA SGEAEARRCA RREELLARG CPLEELEEPR GQQEVLQDQP LSQGARGEGA TQLAPQRVRV TLRPGEPQQL QVRFLRAEGY PVDLYYLMDL S YSMKDDLE RVRQLGHALL VRLQEVTHSV RIGFGSFVDK TVLPFVSTVP SKLRHPCPTR LERCQSPFSF HHVLSLTGDA QA FEREVGR QSVSGNLDSP EGGFDAILQA ALCQEQIGWR NVSRLLVFTS DDTFHTAGDG KLGGIFMPSD GHCHLDSNGL YSR STEFDY PSVGQVAQAL SAANIQPIFA VTSAALPVYQ ELSKLIPKSA VGELSEDSSN VVQLIMDAYN SLSSTVTLEH SSLP PGVHI SYESQCEGPE KREGKAEDRG QCNHVRINQT VTFWVSLQAT HCLPEPHLLR LRALGFSEEL IVELHTLCDC NCSDT QPQA PHCSDGQGHL QCGVCSCAPG RLGRLCECSV AELSSPDLES GCRAPNGTGP LCSGKGHCQC GRCSCSGQSS GHLCEC DDA SCERHEGILC GGFGRCQCGV CHCHANRTGR ACECSGDMDS CISPEGGLCS GHGRCKCNRC QCLDGYYGAL CDQCPGC KT PCERHRDCAE CGAFRTGPLA TNCSTACAHT NVTLALAPIL DDGWCKERTL DNQLFFFLVE DDARGTVVLR VRPQEKGA D HTQAIVLGCV GGIVAVGLGL VLAYRLSVEI YDRREYSRFE KEQQQLNWKQ DSNPLYKSAI TTTINPRFQE ADSPTLGSG SGLNDIFEAQ KIEWHEGSGS ENLYFQ

UniProtKB: Integrin beta-7

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分子 #2: Integrin alpha-E

分子名称: Integrin alpha-E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 132.436453 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: WLFHTLLCIA SLALLAAFNV DVARPWLTPK GGAPFVLSSL LHQDPSTNQT WLLVTSPRTK RTPGPLHRCS LVQDEILCHP VEHVPIPKG RHRGVTVVRS HHGVLICIQV LVRRPHSLSS ELTGTCSLLG PDLRPQAQAN FFDLENLLDP DARVDTGDCY S NKEGGGED ...文字列:
WLFHTLLCIA SLALLAAFNV DVARPWLTPK GGAPFVLSSL LHQDPSTNQT WLLVTSPRTK RTPGPLHRCS LVQDEILCHP VEHVPIPKG RHRGVTVVRS HHGVLICIQV LVRRPHSLSS ELTGTCSLLG PDLRPQAQAN FFDLENLLDP DARVDTGDCY S NKEGGGED DVNTARQRRA LEKEEEEDKE EEEDEEEEEA GTEIAIILDG SGSIDPPDFQ RAKDFISNMM RNFYEKCFEC NF ALVQYGG VIQTEFDLRD SQDVMASLAR VQNITQVGSV TKTASAMQHV LDSIFTSSHG SRRKASKVMV VLTDGGIFED PLN LTTVIN SPKMQGVERF AIGVGEEFKS ARTARELNLI ASDPDETHAF KVTNYMALDG LLSKLRYNII SMEGTVGDAL HYQL AQIGF SAQILDERQV LLGAVGAFDW SGGALLYDTR SRRGRFLNQT AAAAADAEAA QYSYLGYAVA VLHKTCSLSY IAGAP RYKH HGAVFELQKE GREASFLPVL EGEQMGSYFG SELCPVDIDM DGSTDFLLVA APFYHVHGEE GRVYVYRLSE QDGSFS LAR ILSGHPGFTN ARFGFAMAAM GDLSQDKLTD VAIGAPLEGF GADDGASFGS VYIYNGHWDG LSASPSQRIR ASTVAPG LQ YFGMSMAGGF DISGDGLADI TVGTLGQAVV FRSRPVVRLK VSMAFTPSAL PIGFNGVVNV RLCFEISSVT TASESGLR E ALLNFTLDVD VGKQRRRLQC SDVRSCLGCL REWSSGSQLC EDLLLMPTEG ELCEEDCFSN ASVKVSYQLQ TPEGQTDHP QPILDRYTEP FAIFQLPYEK ACKNKLFCVA ELQLATTVSQ QELVVGLTKE LTLNINLTNS GEDSYMTSMA LNYPRNLQLK RMQKPPSPN IQCDDPQPVA SVLIMNCRIG HPVLKRSSAH VSVVWQLEEN AFPNRTADIT VTVTNSNERR SLANETHTLQ F RHGFVAVL SKPSIMYVNT GQGLSHHKEF LFHVHGENLF GAEYQLQICV PTKLRGLQVV AVKKLTRTQA STVCTWSQER AC AYSSVQH VEEWHSVSCV IASDKENVTV AAEISWDHSE ELLKDVTELQ ILGEISFNKS LYEGLNAENH RTKITVVFLK DEK YHSLPI IIKGSVGGLL VLIVILVILF KCGFFKRKYQ QLNLESIRKA QLKSENLLEE ENLELEVLFQ GPGSDYKDDD DK

UniProtKB: Integrin alpha-E

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.855 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 300397
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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