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- EMDB-60112: SFTSV Gn in complex with JK-8/12 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60112
タイトルSFTSV Gn in complex with JK-8/12 Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of SFTSV Gn with neutralizing antibodies Fab JK-8 and JK-12
    • タンパク質・ペプチド: JK-12 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: JK-8 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: JK-8 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: JK-12 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelopment polyprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードComplex / Neutralizing antibody / SFTSV / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G2, fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2, C-terminal domain / Phlebovirus glycoprotein G2 fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2 C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Shang H / Guo Y / Zhang N / Liu W / Li H
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: EBioMedicine / 年: 2025
タイトル: Discovery and characterization of potent broadly neutralizing antibodies from human survivors of severe fever with thrombocytopenia syndrome.
著者: Shuo Zhang / Hang Shang / Shuo Han / Jiachen Li / Xuefang Peng / Yongxiang Wu / Xin Yang / Yu Leng / Fengze Wang / Ning Cui / Lingjie Xu / Hongkai Zhang / Yu Guo / Xiaoyu Xu / Nan Zhang / Wei Liu / Hao Li /
要旨: BACKGROUND: Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (SFTSV) is an emerging tick-borne phlebovirus that causes viral hemorrhagic fever. Pandemic concerns have arisen due to the increased ...BACKGROUND: Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (SFTSV) is an emerging tick-borne phlebovirus that causes viral hemorrhagic fever. Pandemic concerns have arisen due to the increased human-to-human transmission and high mortality rate, highlighting the urgent need for specific therapeutics.
手法: Our observational study characterized the memory B cell response to natural SFTSV infection in four survivors. Monoclonal antibodies (mAbs) targeting the SFTSV glycoprotein N (Gn) were ...手法: Our observational study characterized the memory B cell response to natural SFTSV infection in four survivors. Monoclonal antibodies (mAbs) targeting the SFTSV glycoprotein N (Gn) were isolated and tested for in vitro neutralizing activities and effects on virus binding. Structural analysis was performed to identify neutralizing epitopes recognized by the mAbs. Prophylactical and therapeutical protections were evaluated using a lethal SFTSV infection model.
FINDINGS: The selected mAbs exhibiting neutralizing activity primarily originate from the IGHV5-51 and IGHV3-30 germlines and target four distinct antigenic sites on SFTSV Gn. These elite mAbs ...FINDINGS: The selected mAbs exhibiting neutralizing activity primarily originate from the IGHV5-51 and IGHV3-30 germlines and target four distinct antigenic sites on SFTSV Gn. These elite mAbs effectively blocked the interaction between Gn and the cell receptor, preventing infections from five phylogenetically distinct SFTSV clades. Structural analysis revealed a novel neutralizing epitope located within SFTSV Gn domain I recognized by the elite mAbs. In mice of lethal infections with different SFTSV strains, administering a low dose of elite mAbs significantly improved survival rates in both prophylactic and therapeutic settings.
INTERPRETATION: This study identifies potent broadly neutralizing antibodies that holds promise for use in humans against SFTSV infection and highlights inhibition of receptor binding as a crucial ...INTERPRETATION: This study identifies potent broadly neutralizing antibodies that holds promise for use in humans against SFTSV infection and highlights inhibition of receptor binding as a crucial mechanism for effective antibody-mediated neutralization against phleboviruses.
FUNDING: The National Key Research and Development Plan of China (2018YFE0200401, 2022YFC2303300), National Natural Science Foundation of China (81825019), China Postdoctoral Science Foundation (2023M741824).
履歴
登録2024年5月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月8日-
マップ公開2025年1月8日-
更新2025年1月8日-
現状2025年1月8日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60112.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60112.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 193.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 370 pix.
= 270.1 Å		0.73 Å/pix.
x 370 pix.
= 270.1 Å		0.73 Å/pix.
x 370 pix.
= 270.1 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.73 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0263
最小 - 最大-0.24694641 - 0.5294916
平均 (標準偏差)-0.00025512392 (±0.0096631)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ370370370
Spacing370370370
セルA=B=C: 270.1 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60112_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60112_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of SFTSV Gn with neutralizing antibodies Fab JK-8...

全体名称: Ternary complex of SFTSV Gn with neutralizing antibodies Fab JK-8 and JK-12
要素
  • 複合体: Ternary complex of SFTSV Gn with neutralizing antibodies Fab JK-8 and JK-12
    • タンパク質・ペプチド: JK-12 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: JK-8 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: JK-8 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: JK-12 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelopment polyprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Ternary complex of SFTSV Gn with neutralizing antibodies Fab JK-8...

超分子名称: Ternary complex of SFTSV Gn with neutralizing antibodies Fab JK-8 and JK-12
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 150 KDa

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分子 #1: JK-12 Fab light chain

分子名称: JK-12 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.470803 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SELTQDPAVS VALGQTVRIT CQGDTLRRHY AAWYQQKPGQ APVLVIYDKN TRPSGIPDRF SGSSSGNTAS LTITGAQAED EADYYCNSR DSSDNLHVVF GGGTKLTVLG QPKAAPSVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS DFYPGAVTVA WKADSSPVKA G VETTTPSK ...文字列:
SELTQDPAVS VALGQTVRIT CQGDTLRRHY AAWYQQKPGQ APVLVIYDKN TRPSGIPDRF SGSSSGNTAS LTITGAQAED EADYYCNSR DSSDNLHVVF GGGTKLTVLG QPKAAPSVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS DFYPGAVTVA WKADSSPVKA G VETTTPSK QSNNKYAASS YLSLTPEQWK SHRSYSCQVT HEGSTVEKTV AP

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分子 #2: JK-8 Fab light chain

分子名称: JK-8 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.067471 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVS ITCRASQTIS TYLNWYQQKP GRAPKLLIYG ASSLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ ESDSPSFTFG QGTKVQIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVS ITCRASQTIS TYLNWYQQKP GRAPKLLIYG ASSLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ ESDSPSFTFG QGTKVQIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRG

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分子 #3: JK-8 Fab heavy chain

分子名称: JK-8 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.03175 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGIIVS DNYMSWVRQA PGKGLEWVSV IYTGGSTFYA DSVKGRFTIS RDRSKNTLDL QMNSLSAED TAVYYCARAL GAYDYAFDLW GQGNLVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG ...文字列:
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGIIVS DNYMSWVRQA PGKGLEWVSV IYTGGSTFYA DSVKGRFTIS RDRSKNTLDL QMNSLSAED TAVYYCARAL GAYDYAFDLW GQGNLVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKKVE P

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分子 #4: JK-12 Fab heavy chain

分子名称: JK-12 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.544275 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVQPGAE VKKPGESLKI SCKGSGYNFS NNWIGWVRQM PGKGLEYMGI IYPGDSDTRY NPSFKGQVTM SADRSISTAY LQWSSLKAS DTAIYYCARL YRRGWTTDAF DIWGQGTRVT ASSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL ...文字列:
EVQLVQPGAE VKKPGESLKI SCKGSGYNFS NNWIGWVRQM PGKGLEYMGI IYPGDSDTRY NPSFKGQVTM SADRSISTAY LQWSSLKAS DTAIYYCARL YRRGWTTDAF DIWGQGTRVT ASSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HK

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分子 #5: Envelopment polyprotein

分子名称: Envelopment polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (ウイルス)
分子量理論値: 38.497418 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DSGPIICAGP IHSNKSADIP HLLGYSEKIC QIDRLIHVSS WLRNHSQFQG YVGQRGGRSQ VSYYPAENSY SRWSGLLSPC DADWLGMLV VKKAKGSDMI VPGPSYKGKV FFERPTFDGY VGWGCGSGKS RTESGELCSS DSGTSSGLLP SNRVLWIGDV A CQPMTPIP ...文字列:
DSGPIICAGP IHSNKSADIP HLLGYSEKIC QIDRLIHVSS WLRNHSQFQG YVGQRGGRSQ VSYYPAENSY SRWSGLLSPC DADWLGMLV VKKAKGSDMI VPGPSYKGKV FFERPTFDGY VGWGCGSGKS RTESGELCSS DSGTSSGLLP SNRVLWIGDV A CQPMTPIP EETFLELKSF SQSEFPDICK IDGIVFNQCE GESLPQPFDV AWMDVGHSHK IIMREHKTKW VQESSSKDFV CY KEGTGPC SESEEKTCKT SGSCRGDMQF CKVAGCEHGE EASEAKCRCS LVHKPGEVVV SYGGMRVRPK CYGFSRMMAT LEV NGLNDI FEAQKIEWHE AAAHHHHHHH H

UniProtKB: Envelopment polyprotein

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 400209
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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