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万見
- EMDB-60089: Structure of the ige-fc bound to its high affinity receptor fc(ep... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60089
タイトルStructure of the ige-fc bound to its high affinity receptor fc(epsilon)ri state2
マップデータ
試料
  • 複合体: ige-fc bound to its high affinity receptor fc(epsilon)ri
    • タンパク質・ペプチド: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin heavy constant epsilon
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
キーワードComplex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / IgE receptor activity / Fc-epsilon receptor I complex / Dectin-2 family / serotonin secretion / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / FCERI mediated NF-kB activation / Platelet Adhesion to exposed collagen / GPVI-mediated activation cascade / Cell surface interactions at the vascular wall ...Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / IgE receptor activity / Fc-epsilon receptor I complex / Dectin-2 family / serotonin secretion / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / FCERI mediated NF-kB activation / Platelet Adhesion to exposed collagen / GPVI-mediated activation cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / T cell differentiation involved in immune response / FCERI mediated Ca+2 mobilization / negative regulation of mast cell apoptotic process / high-affinity IgE receptor activity / IgE B cell receptor complex / type I hypersensitivity / Fc-gamma receptor III complex / mast cell apoptotic process / mast cell activation / FCERI mediated MAPK activation / serotonin secretion by platelet / positive regulation of interleukin-3 production / eosinophil degranulation / Fc-gamma receptor signaling pathway / neutrophil activation involved in immune response / positive regulation of mast cell cytokine production / regulation of platelet activation / positive regulation of type III hypersensitivity / positive regulation of mast cell degranulation / IgE binding / positive regulation of type IIa hypersensitivity / type 2 immune response / positive regulation of protein localization to cell surface / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / leukotriene biosynthetic process / positive regulation of type I hypersensitivity / interleukin-3-mediated signaling pathway / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / IgG binding / Neutrophil degranulation / phagocytosis, engulfment / mast cell degranulation / positive regulation of interleukin-4 production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-10 production / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / regulation of immune response / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / SH2 domain binding / B cell differentiation / neutrophil chemotaxis / osteoclast differentiation / complement activation, classical pathway / establishment of localization in cell / protein localization to plasma membrane / integrin-mediated signaling pathway / calcium-mediated signaling / phosphoprotein binding / B cell receptor signaling pathway / receptor internalization / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / antibacterial humoral response / cell surface receptor signaling pathway / blood microparticle / endosome / defense response to bacterium / immune response / protein heterodimerization activity / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / protein kinase binding / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma / CD20-like family / Membrane-spanning 4-domains subfamily A / CD20-like family / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif ...High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma / CD20-like family / Membrane-spanning 4-domains subfamily A / CD20-like family / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant epsilon / High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha / High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta / High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Du S / Deng MJ / Xiao JY
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the ige-fc bound to its high affinity receptor fc(epsilon)ri state2
著者: Du S / Deng MJ / Xiao JY
履歴
登録2024年5月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月10日-
マップ公開2024年7月10日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイル公開
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.95 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.13
最小 - 最大-1.510944 - 2.0768752
平均 (標準偏差)0.00017378925 (±0.033577166)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 304.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ige-fc bound to its high affinity receptor fc(epsilon)ri

全体名称: ige-fc bound to its high affinity receptor fc(epsilon)ri
要素
  • 複合体: ige-fc bound to its high affinity receptor fc(epsilon)ri
    • タンパク質・ペプチド: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin heavy constant epsilon
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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超分子 #1: ige-fc bound to its high affinity receptor fc(epsilon)ri

超分子名称: ige-fc bound to its high affinity receptor fc(epsilon)ri
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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分子 #1: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha

分子名称: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 27.83016 KDa
配列文字列: MDTGGSARLC LALVLISLGV MLTATQKSVV SLDPPWIRIL TGDKVTLICN GNNSSQMNST KWIHNDSISN VKSSHWVIVS ATIQDSGKY ICQKQGFYKS KPVYLNVMQE WLLLQSSADV VLDNGSFDIR CRSWKKWKVH KVIYYKDDIA FKYSYDSNNI S IRKATFND ...文字列:
MDTGGSARLC LALVLISLGV MLTATQKSVV SLDPPWIRIL TGDKVTLICN GNNSSQMNST KWIHNDSISN VKSSHWVIVS ATIQDSGKY ICQKQGFYKS KPVYLNVMQE WLLLQSSADV VLDNGSFDIR CRSWKKWKVH KVIYYKDDIA FKYSYDSNNI S IRKATFND SGSYHCTGYL NKVECKSDKF SIAVVKDYTI EYRWLQLIFP SLAVILFAVD TGLWFSTHKQ FESILKIQKT GK GKKKG

UniProtKB: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha

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分子 #2: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta

分子名称: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 26.747752 KDa
配列文字列: MDTENKSRAD LALPNPQESP SAPDIELLEA SPPAKALPEK PASPPPQQTW QSFLKKELEF LGVTQVLVGL ICLCFGTVVC STLQTSDFD DEVLLLYRAG YPFWGAVLFV LSGFLSIMSE RKNTLYLVRG SLGANIVSSI AAGLGIAILI LNLSNNSAYM N YCKDITED ...文字列:
MDTENKSRAD LALPNPQESP SAPDIELLEA SPPAKALPEK PASPPPQQTW QSFLKKELEF LGVTQVLVGL ICLCFGTVVC STLQTSDFD DEVLLLYRAG YPFWGAVLFV LSGFLSIMSE RKNTLYLVRG SLGANIVSSI AAGLGIAILI LNLSNNSAYM N YCKDITED DGCFVTSFIT ELVLMLLFLT ILAFCSAVLL IIYRIGQEFE RSKVPDDRLY EELHVYSPIY SALEDTREAS AP VVS

UniProtKB: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta

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分子 #3: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma

分子名称: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 9.774509 KDa
配列文字列:
MIPAVILFLL LLVEEAAALG EPQLCYILDA ILFLYGIVLT LLYCRLKIQV RKADIASREK SDAVYTGLNT RNQETYETLK HEKPPQ

UniProtKB: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma

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分子 #4: Immunoglobulin heavy constant epsilon

分子名称: Immunoglobulin heavy constant epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 43.155809 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSVPTQVLGL LLLWLTDARC DIARPVNITK PTVDLLHSSC DPNAFHSTIQ LYCFVYGHIQ NDVSIHWLMD DRKIYETHAQ NVLIKEEGK LASTYSRLNI TQQQWMSEST FTCKVTSQGE NYWAHTRRCS DDEPRGVITY LIPPSPLDLY ENGTPKLTCL V LDLESEEN ...文字列:
MSVPTQVLGL LLLWLTDARC DIARPVNITK PTVDLLHSSC DPNAFHSTIQ LYCFVYGHIQ NDVSIHWLMD DRKIYETHAQ NVLIKEEGK LASTYSRLNI TQQQWMSEST FTCKVTSQGE NYWAHTRRCS DDEPRGVITY LIPPSPLDLY ENGTPKLTCL V LDLESEEN ITVTWVRERK KSIGSASQRS TKHHNATTSI TSILPVDAKD WIEGEGYQCR VDHPHFPKPI VRSITKAPGK RS APEVYVF LPPEEEEKDK RTLTCLIQNF FPEDISVQWL QDSKLIPKSQ HSTTTPLKYN GSNQRFFIFS RLEVTKALWT QTK QFTCRV IHEALREPRK LERTISKSLG NTSLRPSQAS MHHHHHHSRV DYKDDDDK

UniProtKB: Immunoglobulin heavy constant epsilon

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #8: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 280787
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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