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- EMDB-60049: pRib-ADP bound OsEDS1-PAD4-ADR1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60049
タイトルpRib-ADP bound OsEDS1-PAD4-ADR1 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: pRib-ADP bound OsEDS1-PAD4-ADR1 complex
    • タンパク質・ペプチド: RPW8 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: EDS1
    • タンパク質・ペプチド: Lipase-like PAD4
  • リガンド: [(2R,3R,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-[(2S,3R,4S,5R)-3,4-bis(oxidanyl)-5-(phosphonooxymethyl)oxolan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate
キーワードADR1 / EDS1 / PAD4 / plant immunity / pRib-ADP / NLR / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to other organism / defense response / ADP binding / lipid metabolic process / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Powdery mildew resistance protein, RPW8 domain / RPW8 domain profile. / EDS1, EP domain / EDS1-like / Enhanced disease susceptibility 1 protein EP domain / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain ...Powdery mildew resistance protein, RPW8 domain / RPW8 domain profile. / EDS1, EP domain / EDS1-like / Enhanced disease susceptibility 1 protein EP domain / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
RPW8 domain-containing protein / EDS1 / Lipase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ) / Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Xu WY / Zhang Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: A canonical protein complex controls immune homeostasis and multipathogen resistance.
著者: Yue Wu / Weiying Xu / Guoyan Zhao / Ziyao Lei / Kui Li / Jiyun Liu / Shijia Huang / Junli Wang / Xiangbin Zhong / Xin Yin / Yuandong Wang / Haochen Zhang / Yang He / Zian Ye / Yonggang Meng / ...著者: Yue Wu / Weiying Xu / Guoyan Zhao / Ziyao Lei / Kui Li / Jiyun Liu / Shijia Huang / Junli Wang / Xiangbin Zhong / Xin Yin / Yuandong Wang / Haochen Zhang / Yang He / Zian Ye / Yonggang Meng / Xiaoyu Chang / Hui Lin / Xin Wang / Yuanyuan Gao / Jijie Chai / Jane E Parker / Yiwen Deng / Yu Zhang / Mingjun Gao / Zuhua He /
要旨: The calcium (Ca) sensor ROD1 (RESISTANCE OF RICE TO DISEASES1) is a master regulator of immunity in rice. By screening suppressors of mutants, we show that ROD1 governs immune homeostasis by ...The calcium (Ca) sensor ROD1 (RESISTANCE OF RICE TO DISEASES1) is a master regulator of immunity in rice. By screening suppressors of mutants, we show that ROD1 governs immune homeostasis by surveilling the activation of a canonical immune pathway. Mutations in (), (), (), and () all abolish enhanced disease resistance of plants. OsTIR catalyzes the production of second messengers 2'-(5″-phosphoribosyl)-5'-adenosine monophosphate (pRib-AMP) and diphosphate (pRib-ADP), which trigger formation of an OsEDS1-OsPAD4-OsADR1 (EPA) immune complex. ROD1 interacts with OsTIR and inhibits its enzymatic activity, whereas mutation of leads to constitutive activation of the EPA complex. Thus, we unveil an immune network that fine-tunes immune homeostasis and multipathogen resistance in rice.
履歴
登録2024年5月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月13日-
マップ公開2024年11月13日-
更新2025年1月1日-
現状2025年1月1日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60049.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60049.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.74 Å/pix.
x 300 pix.
= 222. Å		0.74 Å/pix.
x 300 pix.
= 222. Å		0.74 Å/pix.
x 300 pix.
= 222. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.74 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.2654746 - 0.75405234
平均 (標準偏差)0.0062528085 (±0.028600326)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 222.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60049_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60049_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : pRib-ADP bound OsEDS1-PAD4-ADR1 complex

全体名称: pRib-ADP bound OsEDS1-PAD4-ADR1 complex
要素
  • 複合体: pRib-ADP bound OsEDS1-PAD4-ADR1 complex
    • タンパク質・ペプチド: RPW8 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: EDS1
    • タンパク質・ペプチド: Lipase-like PAD4
  • リガンド: [(2R,3R,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-[(2S,3R,4S,5R)-3,4-bis(oxidanyl)-5-(phosphonooxymethyl)oxolan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate

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超分子 #1: pRib-ADP bound OsEDS1-PAD4-ADR1 complex

超分子名称: pRib-ADP bound OsEDS1-PAD4-ADR1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Oryza sativa subsp. japonica (イネ)

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分子 #1: RPW8 domain-containing protein

分子名称: RPW8 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Sequence reference for strain 'Oryza sativa Japonica Group' is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id A0A0E0JBT6. The author ...詳細: Sequence reference for strain 'Oryza sativa Japonica Group' is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id A0A0E0JBT6. The author provided reference sequence from NCBI (id: XP_015619838.1).
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryza sativa Japonica Group (イネ)
分子量理論値: 96.140859 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MERLFEELAG EAVKELLRAV RGTFFCRSTA ERLRRNVEPL LPLVQPQAAQ GGGGWGHGRS AGELAELAAQ LREALELARR AASAPRWNV YRTAQLARRM EAADTAIARW LSRHAPAHVL DGVRRLRDEA DARIGRLERR VEEVAAAQQQ QQAAATALPP P AISLPFAL ...文字列:
MERLFEELAG EAVKELLRAV RGTFFCRSTA ERLRRNVEPL LPLVQPQAAQ GGGGWGHGRS AGELAELAAQ LREALELARR AASAPRWNV YRTAQLARRM EAADTAIARW LSRHAPAHVL DGVRRLRDEA DARIGRLERR VEEVAAAQQQ QQAAATALPP P AISLPFAL PPPPPPPKAM AMMAMDTPPT KGMAVGMEVE LPFPDDEEDE SMVGGGVRVG KEKVKEMVMS GGGGGWEAVG IC GMGGSGK TTLAMEIFKD HKIRGYFSDR VFFETISQSA NLDTIKMKLW EQISGNLVLG AYNQIPEWQL KLGPRDKGPV LVI LDDVWS LSQLEELIFK FPGCKTLVVS RFKFPSLVTR TYEMELLDEE AALSVFCRAA FDQESVPRTA DKKLVRQVAA ECRG LPLAL KVIGASLRDQ PPKIWLSAKN RLSRGETISD SHETKLLERM AASIECLSGK VRECFLDLGC FPEDKKIPLD VLINI WMEI HDLDEPDAFA ILVELSNKNL LTLVNDAQNK AGDLYSSYHD FSVTQHDVLR DLALHMSGRD ALNNRRRLVM PRREES LPK DWQRNKDTPF EAQIVSIHTG EMKESDWFQM SFPKAEVLIL NFASSVYYLP PFIATMQNLK ALVLINYGTI SATLDNL SA FTTLSDLRSL WLEKITLPPL PKTTIPLKNL RKISLVLCEL TNSLRGSKVD LSMTFPRLSN LTIDHCIDLK ELPSSICE I SSLESISISN CHDLTELPYE LGKLHCLSIL RVYACPALWR LPPSVCSLKR LKYLDISQCV NLTDLPEELG HLTSLEKID MRECSRLRSL PRSSSSLKSL GHVVCDEETA LLWREAEQVI PDLRVQVAEE CYNLDWLVD

UniProtKB: RPW8 domain-containing protein

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分子 #2: EDS1

分子名称: EDS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryza sativa Japonica Group (イネ)
分子量理論値: 68.366945 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MPAAAALSDD DRLVVAHCAA LSFPPASQPP PPPTTSSSSS GAGAGASFQV HHASHPYPCA AFAFPPSWSA APGWAAAGRA AFGDAEVDP SLFPSLRSVG SGVPARANAA FLASFGALLD GSPLQSEVSR AVAEEKRIVF TGHSSGGSIA TLAAIWFLET C TRRGSVNQ ...文字列:
MPAAAALSDD DRLVVAHCAA LSFPPASQPP PPPTTSSSSS GAGAGASFQV HHASHPYPCA AFAFPPSWSA APGWAAAGRA AFGDAEVDP SLFPSLRSVG SGVPARANAA FLASFGALLD GSPLQSEVSR AVAEEKRIVF TGHSSGGSIA TLAAIWFLET C TRRGSVNQ AHPFCVTFGA PLVGDNTFNN AVRREGWSQC ILNFVVPVDI IPRIPLTPLA SATEGIQAVL DWLSPQTPNF SP SGMPLII SQFYENLLRS TLSIASYEAC SFMGCTSSIL GTLTSFIELS PYRPCGTYLF LTSSEQLAVL TNSDAVLQLL FYC LQLDPQ QQLRDAAERS LSAHWQYEPI KQSMMQEIVC VDYLGVVSST LPGRQMSSTI VGGLELSKEA MLSLSAAGQW EKQR ETNQA KIDGASCTKI REALKSLNEY KRTCELHEVS YYDSFKLQRE VHDFNANVSR LELAGLWDEI VEMLRRRELP DGFES RQDW VNLGTLYRRL VEPLDIANYY RHSKNEDTGS YLSKGRPRRY KYTQEWHEQS QRISFGSSLE SCFWAMAEEL QAEIAN GKT FEDVRDRVVK LESDAHGWSM SGSLGKDIFL SRSSFVIWWK TLPENHRSAS CIAKLVPW

UniProtKB: EDS1

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分子 #3: Lipase-like PAD4

分子名称: Lipase-like PAD4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryza sativa Japonica Group (イネ)
分子量理論値: 71.557234 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEDASRGEEE NSMFETSHVL GALLASSPLL ARAWDRCAAA ADGGASSLGF VHGGGGGGEG EPVCVAFSGV QAALSAAAGG GGGAEIFKP VGLRGDAAGR LFAPLVAAEP EDAGGEPVAV QALALQGFLR LCRSPEFQVL LNQIRGKAVV FTGHSLGGAI A ALVALHYL ...文字列:
MEDASRGEEE NSMFETSHVL GALLASSPLL ARAWDRCAAA ADGGASSLGF VHGGGGGGEG EPVCVAFSGV QAALSAAAGG GGGAEIFKP VGLRGDAAGR LFAPLVAAEP EDAGGEPVAV QALALQGFLR LCRSPEFQVL LNQIRGKAVV FTGHSLGGAI A ALVALHYL CTSSSSSAFA PAPPVLCVTF GSPLLGNQAL SRAILRERWA GNFCHVVSQH DVVPRLLFCP LNVIPVHIVV GM QLHQLPV RARRAAGVVA TVTARMADTN QESLRQLIQE HAGEAAIEQK LAAPEIPSGS PYRPFGAYVL CSPDGAACVD NPT AAVQML YATFAARRAP ETGAVPPEAA HSCYGDLVLS MPHHLLLKRR LGATVTAPAA SNYDVGISIA LEASGITGEA TEAA PARQW LKTSKRVGRS PSLNCASLAT RLGRITPCRA QIEWYKALFD ANTGYYDAFK QRLSPKKFSK ANMYRIKLAQ FWDGV LSML DTSQLPYDFH RRAKWVNAAH FYQLLVEPLD IADYHRNNLH RTRGSYITHG RERRYELFDK WWKQKGCTDP STGDTS ATT TARRSKFAGL TQDPCFWARV EEAREQTESA KSERDMTSLA RMLEDLHKFE RHSSELVENK EVSIDVVAPQ SSYSLWV KE WNELKLREEV RTILFQF

UniProtKB: Lipase, putative

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分子 #4: [(2R,3R,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-[(2S,3R,4S,5R)-3,4-bis(oxi...

分子名称: [(2R,3R,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-[(2S,3R,4S,5R)-3,4-bis(oxidanyl)-5-(phosphonooxymethyl)oxolan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: A1D8A
分子量理論値: 639.296 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度11.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 174833
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
得られたモデル

PDB-8zf0:
pRib-ADP bound OsEDS1-PAD4-ADR1 complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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