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- EMDB-60046: CryoEM structure of GR2002-F(ab')2: TSLP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60046
タイトルCryoEM structure of GR2002-F(ab')2: TSLP complex
マップデータ
試料
  • 複合体: GR2002-F(ab')2: TSLP complex
    • タンパク質・ペプチド: Fab-H1A10 fragment, heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab fragment, light chain
    • タンパク質・ペプチド: Thymic stromal lymphopoietin
    • タンパク質・ペプチド: Fab-H3B10 fragment, heavy chain
キーワードCryo-EM / TSLP-F(ab')2 complex / bispecific antibody / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 1 production / interleukin-7 receptor binding / positive regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / positive regulation of mast cell activation / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / interleukin-7-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production / positive regulation of interleukin-10 production ...positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 1 production / interleukin-7 receptor binding / positive regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / positive regulation of mast cell activation / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / interleukin-7-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production / positive regulation of interleukin-10 production / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / defense response to fungus / positive regulation of chemokine production / Interleukin-7 signaling / cytokine activity / positive regulation of interleukin-6 production / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of inflammatory response / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / defense response to Gram-negative bacterium / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thymic stromal lymphopoietin / Thymic stromal lymphopoietin superfamily / Thymic stromal lymphopoietin
類似検索 - ドメイン・相同性
Thymic stromal lymphopoietin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.39 Å
データ登録者Zhigang L / Junjie H
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Preclinical development of GR2002, a novel anti-TSLP bispecific antibody with potent TSLP inhibitory effects
著者: Zhigang L / Junjie H / Hongtao Q
履歴
登録2024年5月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月28日-
マップ公開2025年5月28日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60046.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60046.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 320 pix.
= 297.6 Å		0.93 Å/pix.
x 320 pix.
= 297.6 Å		0.93 Å/pix.
x 320 pix.
= 297.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.491
最小 - 最大-2.5667748 - 3.868613
平均 (標準偏差)0.00075517845 (±0.07145881)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 297.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_60046_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_60046_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_60046_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GR2002-F(ab')2: TSLP complex

全体名称: GR2002-F(ab')2: TSLP complex
要素
  • 複合体: GR2002-F(ab')2: TSLP complex
    • タンパク質・ペプチド: Fab-H1A10 fragment, heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab fragment, light chain
    • タンパク質・ペプチド: Thymic stromal lymphopoietin
    • タンパク質・ペプチド: Fab-H3B10 fragment, heavy chain

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超分子 #1: GR2002-F(ab')2: TSLP complex

超分子名称: GR2002-F(ab')2: TSLP complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Fab-H1A10 fragment, heavy chain

分子名称: Fab-H1A10 fragment, heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.520986 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYAFS NYWMNWVRQA PGQGLEWMGQ IFPGDSDTDY DQKFQGRVTM TRDTSTSTVY MELSSLRSE DTAVYYCARA GYYRGYYAMD YWGQGTTVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYAFS NYWMNWVRQA PGQGLEWMGQ IFPGDSDTDY DQKFQGRVTM TRDTSTSTVY MELSSLRSE DTAVYYCARA GYYRGYYAMD YWGQGTTVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKR VEPKSCDKTH TCPPCPAPEF EG GPSVFLF PPKPKDTLMI SRTPEVT

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分子 #2: Fab fragment, light chain

分子名称: Fab fragment, light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.398883 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EIVMTQSPAT LSVSPGERAT LSCSVSSSIS SSNLHWYQQK PGQAPRPWIY GTSNLASGIP ARFSGSGSGT EFTLTISSVQ AEDFAVYYC QQWSSYPLTF GQGTKLEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
EIVMTQSPAT LSVSPGERAT LSCSVSSSIS SSNLHWYQQK PGQAPRPWIY GTSNLASGIP ARFSGSGSGT EFTLTISSVQ AEDFAVYYC QQWSSYPLTF GQGTKLEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #3: Thymic stromal lymphopoietin

分子名称: Thymic stromal lymphopoietin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.452688 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
YDFTNCDFEK IKAAYLSTIS KDLITYMSGT KSTEFNNTVS CSNRPHCLTE IQSLTFNPTA GCASLAKEMF AMKTKAALAI WCPGYSETQ INATQAMKKR RKRKVTTNKC LEQVSQLQGL WRRFNRPL

UniProtKB: Thymic stromal lymphopoietin

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分子 #4: Fab-H3B10 fragment, heavy chain

分子名称: Fab-H3B10 fragment, heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.585062 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QVTLKESGPV LVKPTETLTL TCTVSGFSLS SYDISWIRQP PGKALEWLGV IWSEGGTSYS TSLKSRLTIS KDTSKSQVVL TMTNMDPVD TATYYCARDS DDGYLNWGQG TLVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSEGTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS G ALTSGVHT ...文字列:
QVTLKESGPV LVKPTETLTL TCTVSGFSLS SYDISWIRQP PGKALEWLGV IWSEGGTSYS TSLKSRLTIS KDTSKSQVVL TMTNMDPVD TATYYCARDS DDGYLNWGQG TLVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSEGTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS G ALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVDHKPSNT KVDKTVEPKS CDKTHTCPPC PAPEFEGGPS VF LFPPKPK DTLMISRTPE VT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 147296
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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