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- EMDB-60044: Tp-PSI-FCPI-S in Thalassiosira pseudonana -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60044
タイトルTp-PSI-FCPI-S in Thalassiosira pseudonana
マップデータ
試料
  • 複合体: Tp-PSI-FCPI-S
    • タンパク質・ペプチド: x 17種
  • リガンド: x 12種
キーワードTp-PSI-FCPI-S in Thalassiosira pseudonana / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane ...light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily ...Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein, major type ...Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein, major type / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein / Uncharacterized protein / Pt17531-like protein / PSAE, photosystem I reaction center subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Feng Y / Li Z / Shen JR / Wang W
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences31970260 中国
引用ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2025
タイトル: Structures of PSI-FCPI from Thalassiosira pseudonana grown under high light provide evidence for convergent evolution and light-adaptive strategies in diatom FCPIs.
著者: Yue Feng / Zhenhua Li / Yang Yang / Lili Shen / Xiaoyi Li / Xueyang Liu / Xiaofei Zhang / Jinyang Zhang / Fei Ren / Yuan Wang / Cheng Liu / Guangye Han / Xuchu Wang / Tingyun Kuang / Jian-Ren ...著者: Yue Feng / Zhenhua Li / Yang Yang / Lili Shen / Xiaoyi Li / Xueyang Liu / Xiaofei Zhang / Jinyang Zhang / Fei Ren / Yuan Wang / Cheng Liu / Guangye Han / Xuchu Wang / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Wenda Wang /
要旨: Diatoms rely on fucoxanthin chlorophyll a/c-binding proteins (FCPs) for light harvesting and energy quenching under marine environments. Here we report two cryo-electron microscopic structures of ...Diatoms rely on fucoxanthin chlorophyll a/c-binding proteins (FCPs) for light harvesting and energy quenching under marine environments. Here we report two cryo-electron microscopic structures of photosystem I (PSI) with either 13 or five fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Is (FCPIs) at 2.78 and 3.20 Å resolutions from Thalassiosira pseudonana grown under high light (HL) conditions. Among them, five FCPIs are stably associated with the PSI core, these include Lhcr3, RedCAP, Lhcq8, Lhcf10, and FCP3. The eight additional Lhcr-type FCPIs are loosely associated with the PSI core and detached under the present purification conditions. The pigments of this centric diatom showed a higher proportion of chlorophylls a, diadinoxanthins, and diatoxanthins; some of the chlorophyll as and diadinoxanthins occupy the locations of fucoxanthins found in the huge PSI-FCPI from another centric diatom Chaetoceros gracilis grown under low-light conditions. These additional chlorophyll as may form more energy transfer pathways and additional diadinoxanthins may form more energy dissipation sites relying on the diadinoxanthin-diatoxanthin cycle. These results reveal the assembly mechanism of FCPIs and corresponding light-adaptive strategies of T. pseudonana PSI-FCPI, as well as the convergent evolution of the diatom PSI-FCPI structures.
履歴
登録2024年5月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月25日-
マップ公開2024年12月25日-
更新2025年4月30日-
現状2025年4月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60044.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60044.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 512 pix.
= 563.2 Å		1.1 Å/pix.
x 512 pix.
= 563.2 Å		1.1 Å/pix.
x 512 pix.
= 563.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.381365 - 1.3696102
平均 (標準偏差)-0.00010060702 (±0.01907554)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 563.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60044_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60044_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tp-PSI-FCPI-S

全体名称: Tp-PSI-FCPI-S
要素
  • 複合体: Tp-PSI-FCPI-S
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq8
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein, major type
    • タンパク質・ペプチド: Pt17531-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Tp-RedCAP
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
    • タンパク質・ペプチド: Tp-PsaR
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit Psa29
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
  • リガンド: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15-octaen-17-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
  • リガンド: Chlorophyll c1

+
超分子 #1: Tp-PSI-FCPI-S

超分子名称: Tp-PSI-FCPI-S / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #13-#17, #1-#6, #8-#12, #7
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 82.691633 KDa
配列文字列: SKNVQVFVEK DAVETSFAKW AQPGHFSRTL AKGPKTTTWI WNLHADAHDF DSQTSSLEEV SRKIFSAHFG QLAIIFLWIS GMHFHGAYF SNYSAWLTDP ISIKQSSQVV WPIVGQEILN ADVGGNFQGI QTTSGWFQMW RAEGITSEVE LYWTAIGGLA M SAIMLFAG ...文字列:
SKNVQVFVEK DAVETSFAKW AQPGHFSRTL AKGPKTTTWI WNLHADAHDF DSQTSSLEEV SRKIFSAHFG QLAIIFLWIS GMHFHGAYF SNYSAWLTDP ISIKQSSQVV WPIVGQEILN ADVGGNFQGI QTTSGWFQMW RAEGITSEVE LYWTAIGGLA M SAIMLFAG WFHYHKAAPK LEWFQNAESM MNHHLAGLLG LGCLSWSGHQ IHIALPINKL LDAGVSPQEI PLPHEFLINR DL MAQLYPS FSKGLAPFFG GNWGEYSDFL TFKGGLNPVT GGLWLSDIAH HHLALSVLFI IAGHMYRTNW GIGHNMKEIL EAH KGPFTG EGHKGLYEIL TTSWHAQLAI NLAMMGSLSI IVAHHMYAMP PYPYLATDYA TQLSLFTHHM WIGGFCVVGG AAHG AIFMV RDYTPANNYN NLLDRVLRHR DAIISHLNWV CIFLGCHAFG FYIHNDTMRA LGRPQDMFSD KAIQLQPIFA QWIQN IHLL APGTTAPNAL ATTSYAFGGD VIEVGGKIAM MPIKLGTADF MVHHIHAFTI HVTVLILLKG VLYARSSKLI PDKANL GFR FPCDGPGRGG TCQSSSWDHV FLGLFWMYNS ISVVIFHFSW KMQSDVWGTI TPDGAISHIT GGNFAQSSIT INGWLRD FL WSQASQVIQS YGSASSAYGL IFLGAHFIWA FSLMFLFSGR GYWQELIESI VWAHNKLNFA PTIQPRALSI TQGRAVGL A HYLLGGIGTT WAFFLARAIS IT

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 82.04268 KDa
配列文字列: ATKFPKFSQA LAQDPATRRI WYGIATAHDL EAHDGMTEEN LYQKIFASHF GHLAIIFLWT SGNLFHVAWQ GNFEKWVSNP LKTRPIAHS IWDPHFGESA LKAFSKGNTY PVNITFSGLY QWWYTIGFRT NQELYKGSIG LLLLASVLLI AGWLHLQPKF R PSLSWFKN ...文字列:
ATKFPKFSQA LAQDPATRRI WYGIATAHDL EAHDGMTEEN LYQKIFASHF GHLAIIFLWT SGNLFHVAWQ GNFEKWVSNP LKTRPIAHS IWDPHFGESA LKAFSKGNTY PVNITFSGLY QWWYTIGFRT NQELYKGSIG LLLLASVLLI AGWLHLQPKF R PSLSWFKN NESRLNHHLS GLLGFSSLAW TGHLVHVAIP ASRGVHVGWD NFLTTPPHPA GLTPFFTGNW TVYAENPDSA TH VFNTSEG SGTAILTFLG GFHPQTQSLW LSDMAHHHLA IAVVFIVAGH MYRTNFGIGH NMKEILDAHR PPGGRLGAGH VGL FETITN SLHMQLGLAL ACLGVATSLT AQHMYALTPY AYLSKDFTTE AALYTHHQYI AGFLMVGAFA HGAIFFVRDY DPEL NKNNV LARMLEHKEA IISHLSWASL FLGFHTLGLY IHNDTVVAFG QPEKQILFEP LFAEYIQAAS GKAVYQFNVL LASST SPAT AAGNQVWLPG WLEAINNPKT DLFLKIGPGD FLVHHAIALG LHVTALILVK GALDARGSKL MPDKKDFGYS FPCDGP GRG GTCDISAWDA FYLAMFWMLN TIGWVTFYWH WKHMTIWGGN PGQFDESSNY IMGWLRDYLW LNSSPLINGY NPFGMNN LS VWSWMFLFGH LIWATGFMFL ISWRGYWQEL IETLVWAHER TPLANLIRWR DKPVALSIVQ ARLVGLVHFS VGYILTYA A FVIASTSGKF A

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 8.675973 KDa
配列文字列:
SHTVKIYDTC IGCTQCVRAC PTDVLEMVPW DGCKSGQIAS SPRVEDCVGC KRCETACPTD FLSVRVYLGA ETTRSLGLAY

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 14.732663 KDa
配列文字列:
PFPTFGGSTG GWLRAAEVEE KYAITWTSTK EQIFEMPTGG AAIMRNGENL LYLARKEQCL ALSTQLRTFK INDYKIYRIF PSGEVQYLH PKDGVFPEKV NPGRTSVNSR GFSIGKNPNP ASIKFSGITT YES

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 7.133023 KDa
配列文字列:
MIDRNSKVRI LRKESYWFNQ IGTVATVDQS GIRYPAVVRF ESVNYAGTNT NNFALDELVE VK

UniProtKB: PSAE, photosystem I reaction center subunit

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 17.617021 KDa
配列文字列:
EIGGLTKCSE SAAFTKRLNA SVKKLEQRAS QYEADSPPAL ALKQQVERTQ ARFDKYSRSE LLCGADGLPH LVADGRWSHA AEFILPGFG FIYISGWIGW VGRKYLRAVS TSANPSESEI IINVPLALKI MTTGYIWPIS AWQELISNDL VAVSEEITVS P

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit Psa29

分子名称: Photosystem I reaction center subunit Psa29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 13.9363 KDa
配列文字列:
VDLDYGMKNS YVPATGGDGG QGQFGAQSPN DWRVAGTSPV GETSYAGAAD GGEEPWFAEA ISTVSLDLQK ADETLKAFTK DAAAFKIEE FAAEKPYGFT SSDAAMEELV GKLGYSKFLE MSTKQLMKTW GT

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 3.604257 KDa
配列文字列:
AASFLPSILV PLVGLIFPAF SMALFFLYVQ TDD

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 4.707531 KDa
配列文字列:
MNDFQKYLST APVLLTLWMT FTAGFIIEVN RFFPDMLGLY

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 15.469909 KDa
配列文字列:
ANFIKPYNDD PFVGHLATPI TSSSLTRALL KNLPAYRFGL TPLLRGLEIG LAHGYFLIGP FAQLGPLRNS DIGLLAGFLS TIGLILILT LGLTIYGAAA FGQEKSNGSE LQTKKSWDQF KGGFFVGACG SAGFAFICLS SIPTFAL

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XI

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 3.143825 KDa
配列文字列:
MITDFQVYIA LMAALLASVL AIRLGATLY

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XII

+
分子 #12: Tp-PsaR

分子名称: Tp-PsaR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 9.740316 KDa
配列文字列:
DMTWEGEYPP SKVLGPIMSK MPSGLLAIIS MASLGVCVYS CVQTGFLLRE PGAIENGSWV RWYYVVEGLG GPLAWGTHVA SWIQRKNGM

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #13: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq8

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 18.249709 KDa
配列文字列:
YASELDSMTG TGIESPKVFD PLNLSDYVPV DWARRAELSN GRSAMLATVG WFFPKVFGTF DSTDVTTTDP IDAIMQADPQ WWAQWILIC GVFETWKYKK EMEGKSFLGG ADPAVDYLKL WPADAAAQEE MKTKELKNAR LAMIGIAGFA ANHFIPGSCP V PDFIA

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #14: Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein, major type

分子名称: Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein, major type
タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 18.537982 KDa
配列文字列:
ADFSGEIGAA NAELGCWDPL NFCTDQASFD KMRYAELKHG RVAQLAAWGY ATTWSGARFP GCEDFPAGHE AVLKIGTENL IPVLVVAGA LETLWKQKEG SFPGDFSATS FPVGFGPFAK TEADMIDLRT KELNNGRAAM MGILGMIVHE QIDGKPFIFF D KFEIYAPF GN

UniProtKB: Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein, major type

+
分子 #15: Pt17531-like protein

分子名称: Pt17531-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 18.091611 KDa
配列文字列:
AWRDEVVVGI TAPVGFFDPL GLSKGKDDAT MAYYREAELK NGRVAMAACL GWYLNAGGVH PAFNSELSND PLKAMVELPA VGWLQFVLG CGAIEWLGQQ IKERPGYVPG DLLGASYWVD NSDEGWVMYQ NKELNNGRLA MLAIVGMVYQ DVFVGDYGDM M YKQL

UniProtKB: Pt17531-like protein

+
分子 #16: Tp-RedCAP

分子名称: Tp-RedCAP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 20.184035 KDa
配列文字列:
SVFDDAVKDW AEEYPQFAAW GWGPSVQAEI WNGRHAMFGW VVMCACAYAK GHGLIPDADQ TLDLKEWGTL ATISGKNTIT NERAIILIA NVHALMVGLA ATISPNSFAD TLLLDPNHPM YEWQMERNSK LGGVMPNLGK MGVTPEAELA NGRMAMMGII T CIAYSGIQ GQSMIDTINE WVGGAYF

+
分子 #17: Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein

分子名称: Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thalassiosira pseudonana CCMP1335 (珪藻)
分子量理論値: 18.522117 KDa
配列文字列:
EMSKSIPFLT VPEKLDGSMA GDVGFDPMGL SDIQTDLNYA RWAELKHGRI CMLAVVGMVW QEYGPHLPGD AYATKDPWEA ISSVGFASN FQTLLAIGVV ELANWNKYYG DGTPGDIGWT GGQLSKMNDA QIKTRMESEI VHCRLAMIAF IGATHQTFLL H KGLLDFSY

UniProtKB: Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein

+
分子 #18: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 142 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #19: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE

+
分子 #20: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 10 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

+
分子 #21: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 21 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE

+
分子 #22: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 1 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

+
分子 #23: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 7 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #24: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

+
分子 #25: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 1 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #26: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5...

分子名称: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 17 / 式: A86
分子量理論値: 658.906 Da

+
分子 #27: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},...

分子名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15-octaen- ...名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15-octaen-17-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 1 / 式: ET4
分子量理論値: 566.856 Da
Chemical component information

ChemComp-ET4:
(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15-octaen-17-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol

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分子 #28: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,be...

分子名称: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 8 / 式: DD6
分子量理論値: 582.855 Da
Chemical component information

ChemComp-DD6:
(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol

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分子 #29: Chlorophyll c1

分子名称: Chlorophyll c1 / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 4 / 式: KC1
分子量理論値: 610.941 Da
Chemical component information

ChemComp-KC1:
Chlorophyll c1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 52772
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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