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- EMDB-5952: CryoEM reconstruction model of Orsay virus-like particle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5952
タイトルCryoEM reconstruction model of Orsay virus-like particle
マップデータReconstruction of recombinant Orsay virus-like particle
試料
  • 試料: recombinant virus-like particle of Orsay virus
  • ウイルス: Orsay virus (ウイルス)
キーワードvirus-like particle
機能・相同性Nodavirus capsid / nodavirus capsid protein / Viral coat protein subunit / metal ion binding / Capsid protein alpha
機能・相同性情報
生物種Orsay virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å
データ登録者Guo YR / Hryc C / Jakana J / Jiang H / Wang D / Chiu W / Zhong W / Tao YJ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of a nematode-infecting virus.
著者: Yusong R Guo / Corey F Hryc / Joanita Jakana / Hongbing Jiang / David Wang / Wah Chiu / Weiwei Zhong / Yizhi J Tao /
要旨: Orsay, the first virus discovered to naturally infect Caenorhabditis elegans or any nematode, has a bipartite, positive-sense RNA genome. Sequence analyses show that Orsay is related to nodaviruses, ...Orsay, the first virus discovered to naturally infect Caenorhabditis elegans or any nematode, has a bipartite, positive-sense RNA genome. Sequence analyses show that Orsay is related to nodaviruses, but molecular characterizations of Orsay reveal several unique features, such as the expression of a capsid-δ fusion protein and the use of an ATG-independent mechanism for translation initiation. Here we report the crystal structure of an Orsay virus-like particle assembled from recombinant capsid protein (CP). Orsay capsid has a T = 3 icosahedral symmetry with 60 trimeric surface spikes. Each CP can be divided into three regions: an N-terminal arm that forms an extended protein interaction network at the capsid interior, an S domain with a jelly-roll, β-barrel fold forming the continuous capsid, and a P domain that forms surface spike projections. The structure of the Orsay S domain is best aligned to T = 3 plant RNA viruses but exhibits substantial differences compared with the insect-infecting alphanodaviruses, which also lack the P domain in their CPs. The Orsay P domain is remotely related to the P1 domain in calicivirus and hepatitis E virus, suggesting a possible evolutionary relationship. Removing the N-terminal arm produced a slightly expanded capsid with fewer nucleic acids packaged, suggesting that the arm is important for capsid stability and genome packaging. Because C. elegans-Orsay serves as a highly tractable model for studying viral pathogenesis, our results should provide a valuable structural framework for further studies of Orsay replication and infection.
履歴
登録2014年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年7月30日-
マップ公開2014年8月20日-
更新2014年9月17日-
現状2014年9月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_5952.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5952.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of recombinant Orsay virus-like particle
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.15 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.6 / ムービー #1: 1.6
最小 - 最大-5.35916138 - 9.55411816
平均 (標準偏差)0.23978099 (±0.90213323)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-97-101
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 430.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.152.152.15
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z430.000430.000430.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ969680
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-97-100-101
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-5.3599.5540.240

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : recombinant virus-like particle of Orsay virus

全体名称: recombinant virus-like particle of Orsay virus
要素
  • 試料: recombinant virus-like particle of Orsay virus
  • ウイルス: Orsay virus (ウイルス)

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超分子 #1000: recombinant virus-like particle of Orsay virus

超分子名称: recombinant virus-like particle of Orsay virus / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量理論値: 7.7 MDa

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超分子 #1: Orsay virus

超分子名称: Orsay virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Orsay virus-like particle / NCBI-ID: 977912 / 生物種: Orsay virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Orsay virus-like particle
宿主生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 別称: INVERTEBRATES
Host system生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Rosetta / 組換プラスミド: pET28a
分子量理論値: 7.2 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Orsay VLP Capsid Protein / 直径: 360 Å / T番号(三角分割数): 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 50 mM Tris, 500 mM NaCl, 2 mM EDTA, 5 mM 2-mercaptoethanol
グリッド詳細: 400 mesh Quantifoil R 1.2/1.3 copper grids with thin carbon support
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 80 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
温度平均: 81 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: in-column filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 25.0 eV
日付2012年10月2日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-12 (4k x 3k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 6 µm / 実像数: 112 / 平均電子線量: 25 e/Å2
詳細: Each image is the average of subframes 2-36 after drift and damage correction.
ビット/ピクセル: 10
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 25000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER

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画像解析

詳細112 images were imported into EMAN2, evaluated, and frames with a high amount of contamination and/or ice were removed. A total of 5,824 particles were boxed out (300 x 300 pixels) from the raw images using a semi-automated routine. Damage and drift correction done on the individual particles showed that minimal drift (<2A) had occurred for the complete data set. The corrected particles were imported back into EMAN2 and the contrast transfer function (CTF) was determined automatically followed by manual correction. Defocus was estimated to be between 1.3 and 4 um. Various subsets of particles were removed due on poor CTF parameters, resulting in the 4,332 particles that were used in the reconstruction.
CTF補正詳細: Particles per frame
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2
詳細: The final map was generated from two independent data sets. Small subsets (~200 particles) of each data set were extracted from each half of the data and binned by 4X. Two independent initial ...詳細: The final map was generated from two independent data sets. Small subsets (~200 particles) of each data set were extracted from each half of the data and binned by 4X. Two independent initial models were generated using EMAN2. The remaining particles were added to the two data sets and then refined independently (not binned) with icosahedral symmetry enforced. Angular step size was reduced after 15 iterations; after 25 iterations of refinement the data sets converged to a final density map. A low-pass filter was applied to the capsid protein portion of the density map and a soft-edge mask was used to remove the non-icosahedral portion of the density map (RNA). Gold Standard resolution assessment resulted in a final Fourier shell correlation (FSC) of 6.9A resolution between the two independent density maps, using the 0.143 criterion. The final density map was generated by combining the two data sets and performing one last round of refinement.
使用した粒子像数: 4332
最終 2次元分類クラス数: 25

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4nwv

ソフトウェア名称: Chimera
詳細The molecular model was determined by X-ray crystallography using this cryo-EM density map to phase the crystal. The model was then fit back into the density map with Chimera.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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