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- EMDB-5951: Tomographic reconstruction of negatively-stained GALT tissue from... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5951
タイトルTomographic reconstruction of negatively-stained GALT tissue from an HIV-infected BLT (humanized) mouse. Shown is an HIV-1 budding profile that displays structures in the neck region that may represent portions of the host-encoded scission machinery (ESCRT).
マップデータnegative-stain tomographic reconstruction of HIV-infected humanized mouse colon
試料
  • 試料: negative-stain tomographic reconstruction of HIV-infected humanized mouse colon
  • 細胞器官・細胞要素: HIV in Humanized Mouse GALT
キーワードCellular electron tomography / HIV / GALT / negative-stain / ESCRT / colon / tissue / humanized mouse / BLT / gag
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法
データ登録者Ladinsky MS / Kieffer C / Olson G / Deruaz M / Vrbanac V / Tager AM / Kwon DS / Bjorkman PJ
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2014
タイトル: Electron tomography of HIV-1 infection in gut-associated lymphoid tissue.
著者: Mark S Ladinsky / Collin Kieffer / Gregory Olson / Maud Deruaz / Vladimir Vrbanac / Andrew M Tager / Douglas S Kwon / Pamela J Bjorkman /
要旨: Critical aspects of HIV-1 infection occur in mucosal tissues, particularly in the gut, which contains large numbers of HIV-1 target cells that are depleted early in infection. We used electron ...Critical aspects of HIV-1 infection occur in mucosal tissues, particularly in the gut, which contains large numbers of HIV-1 target cells that are depleted early in infection. We used electron tomography (ET) to image HIV-1 in gut-associated lymphoid tissue (GALT) of HIV-1-infected humanized mice, the first three-dimensional ultrastructural examination of HIV-1 infection in vivo. Human immune cells were successfully engrafted in the mice, and following infection with HIV-1, human T cells were reduced in GALT. Virions were found by ET at all stages of egress, including budding immature virions and free mature and immature viruses. Immuno-electron microscopy verified the virions were HIV-1 and showed CD4 sequestration in the endoplasmic reticulum of infected cells. Observation of HIV-1 in infected GALT tissue revealed that most HIV-1-infected cells, identified by immunolabeling and/or the presence of budding virions, were localized to intestinal crypts with pools of free virions concentrated in spaces between cells. Fewer infected cells were found in mucosal regions and the lamina propria. The preservation quality of reconstructed tissue volumes allowed details of budding virions, including structures interpreted as host-encoded scission machinery, to be resolved. Although HIV-1 virions released from infected cultured cells have been described as exclusively mature, we found pools of both immature and mature free virions within infected tissue. The pools could be classified as containing either mostly mature or mostly immature particles, and analyses of their proximities to the cell of origin supported a model of semi-synchronous waves of virion release. In addition to HIV-1 transmission by pools of free virus, we found evidence of transmission via virological synapses. Three-dimensional EM imaging of an active infection within tissue revealed important differences between cultured cell and tissue infection models and furthered the ultrastructural understanding of HIV-1 transmission within lymphoid tissue.
履歴
登録2014年4月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年4月30日-
マップ公開2014年4月30日-
更新2014年4月30日-
現状2014年4月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_5951.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5951.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 141.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈negative-stain tomographic reconstruction of HIV-infected humanized mouse colon
ボクセルのサイズX=Y=Z: 9.557 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)5.92945957 (±25.487979889999998)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-244014
サイズ1279204858
Spacing1279204858
セルA: 19572.736 Å / B: 12223.403 Å / C: 554.306 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z9.5579.5579.557
M x/y/z2048127958
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z19572.73612223.403554.306
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ969680
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS0-24414
NC/NR/NS2048127958
D min/max/mean-128.000127.0005.929

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : negative-stain tomographic reconstruction of HIV-infected humaniz...

全体名称: negative-stain tomographic reconstruction of HIV-infected humanized mouse colon
要素
  • 試料: negative-stain tomographic reconstruction of HIV-infected humanized mouse colon
  • 細胞器官・細胞要素: HIV in Humanized Mouse GALT

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超分子 #1000: negative-stain tomographic reconstruction of HIV-infected humaniz...

超分子名称: negative-stain tomographic reconstruction of HIV-infected humanized mouse colon
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Cellular Tomographic Reconstruction / Number unique components: 1

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超分子 #1: HIV in Humanized Mouse GALT

超分子名称: HIV in Humanized Mouse GALT / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: Mouse / 細胞中の位置: Gut associated lymphoid tissue

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態tissue

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試料調製

染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Negatively-stained (1% uranyl acetate), sucrose-impregnated cryosection of mouse tissue, imaged by electron tomography
凍結凍結剤: NITROGEN / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
日付2012年7月13日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 6500
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 1 °

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画像解析

詳細Tomogram acquired using SerialEM software package on a Tecai T-12 EM. Tomograms were analyzed using IMOD.
最終 再構成ソフトウェア - 名称: SerialEM, IMOD / 使用した粒子像数: 242

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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