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万見- EMDB-5912: Cryo-electron tomography map of Leptospira interrogans flagellar motor -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5912 | |||||||||
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タイトル | Cryo-electron tomography map of Leptospira interrogans flagellar motor | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of Leptospira interrogans flagellar motor | |||||||||
試料 |
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キーワード | flagellar motor / C ring / stator / Leptospira interrogans | |||||||||
生物種 | Leptospira interrogans (バクテリア) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 41.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhao XW / Norris SJ / Liu J | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Bacteriol / 年: 2012 タイトル: Three-dimensional structures of pathogenic and saprophytic Leptospira species revealed by cryo-electron tomography. 著者: Gianmarco Raddi / Dustin R Morado / Jie Yan / David A Haake / X Frank Yang / Jun Liu / 要旨: Leptospira interrogans is the primary causative agent of the most widespread zoonotic disease, leptospirosis. An in-depth structural characterization of L. interrogans is needed to understand its ...Leptospira interrogans is the primary causative agent of the most widespread zoonotic disease, leptospirosis. An in-depth structural characterization of L. interrogans is needed to understand its biology and pathogenesis. In this study, cryo-electron tomography (cryo-ET) was used to compare pathogenic and saprophytic species and examine the unique morphological features of this group of bacteria. Specifically, our study revealed a structural difference between the cell envelopes of L. interrogans and Leptospira biflexa involving variations in the lipopolysaccharide (LPS) layer. Through cryo-ET and subvolume averaging, we determined the first three-dimensional (3-D) structure of the flagellar motor of leptospira, with novel features in the flagellar C ring, export apparatus, and stator. Together with direct visualization of chemoreceptor arrays, DNA packing, periplasmic filaments, spherical cytoplasmic bodies, and a unique "cap" at the cell end, this report provides structural insights into these fascinating Leptospira species. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5912.map.gz | 45.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5912-v30.xml emd-5912.xml | 9.8 KB 9.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_5912_fsc.xml | 7.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_5912.jpeg emd_5912.tif | 82.8 KB 367.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5912 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5912 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5912_validation.pdf.gz | 78 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5912_full_validation.pdf.gz | 77.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5912_validation.xml.gz | 492 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5912 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5912 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5912.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of Leptospira interrogans flagellar motor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Leptospira interrogans flagellar motor
全体 | 名称: Leptospira interrogans flagellar motor |
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要素 |
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-超分子 #1000: Leptospira interrogans flagellar motor
超分子 | 名称: Leptospira interrogans flagellar motor / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: FliY
超分子 | 名称: FliY / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Leptospira interrogans (バクテリア) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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日付 | 2011年5月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k) 平均電子線量: 100 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): -6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -4.0 µm / 倍率(公称値): 31000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -64 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 64 ° |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | 2 degree tilt angle incrememt |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 41.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Protomo 詳細: Final maps were calculated from 621 averaged datasets 使用したサブトモグラム数: 61 |
FSC曲線 (解像度の算出) |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |