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- EMDB-59026: Cryo-EM structure of SKM-M.smegmatis 70S ribosomal complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-59026
タイトルCryo-EM structure of SKM-M.smegmatis 70S ribosomal complex
マップデータPostprocessed main map, obtained by postprocessing the 3D focus refined map with a mask on the 30S, where the drug binds
試料
  • 複合体: SKM-M.smegmatis 70S complex
    • RNA: x 1種
    • タンパク質・ペプチド: x 17種
  • リガンド: x 4種
キーワードAntibiotics / 70S complex / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation ...ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type ...Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein S5, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / : / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / K homology domain superfamily, prokaryotic type / : / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS22 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS5 ...Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS22 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein bS18B
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Cook MA / Xu M / Morici M / Travin DT / Wang W / Klepacki D / Nandini N / Rao VN / Sahile H / Hackenberger D ...Cook MA / Xu M / Morici M / Travin DT / Wang W / Klepacki D / Nandini N / Rao VN / Sahile H / Hackenberger D / Golas AJ / Nietupski RM / Fitzgerald M / Safdari HA / Berger M / Corazza M / Bond A / Ben-Zion I / Guitor AK / Tertigas D / Wang L / Schaenzer AJ / Ejim L / Yarlagadda V / Gomez J / Surette MG / Av-Gay Y / Dhar N / Hung DT / Vazquez Laslop N / Mankin A / Wilson DN / Wright GD
資金援助 米国, カナダ, ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35 GM127134 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)NIH R01 AI162961 米国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN148463 カナダ
German Research Foundation (DFG)WI3285/12-1 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of SKM-M.smegmatis 70S ribosomal complex
著者: Morici M / Wilson DN
履歴
登録2026年7月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年8月5日-
マップ公開2026年8月5日-
更新2026年8月5日-
現状2026年8月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_59026.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_59026.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Postprocessed main map, obtained by postprocessing the 3D focus refined map with a mask on the 30S, where the drug binds
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 432 pix.
= 359.424 Å		0.83 Å/pix.
x 432 pix.
= 359.424 Å		0.83 Å/pix.
x 432 pix.
= 359.424 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0152
最小 - 最大-0.022222197 - 0.062131558
平均 (標準偏差)0.0003418032 (±0.0020002965)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 359.424 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: 3D refined map focused on the 30S, where the drug binds

ファイルemd_59026_additional_1.map
注釈3D refined map focused on the 30S, where the drug binds
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: 3D refined map, not focused. The particles used...

ファイルemd_59026_additional_2.map
注釈3D refined map, not focused. The particles used to obtain it are the same input particles for the 3D focus refined one
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2 used to generate the 3D refined...

ファイルemd_59026_half_map_1.map
注釈Half-map 2 used to generate the 3D refined map focused on the 30S, where the drug binds
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1 used to generate the 3D refined...

ファイルemd_59026_half_map_2.map
注釈Half-map 1 used to generate the 3D refined map focused on the 30S, where the drug binds
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SKM-M.smegmatis 70S complex

全体名称: SKM-M.smegmatis 70S complex
要素
  • 複合体: SKM-M.smegmatis 70S complex
    • RNA: 16S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS22
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS3
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS4
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS5
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS6
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS7
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS8
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS9
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS10
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS11
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS12
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS14B
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS15
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS16
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS17
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS18B
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS20
  • リガンド: [(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-4-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{S})-5-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-4-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-5-methoxy-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-2-(hydroxymethyl)-6-[[~{N}-[4-[(~{N}-methylcarbamimidoyl)amino]butyl]carbamimidoyl]amino]-5-oxidanyl-oxan-3-yl] carbamate
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: SKM-M.smegmatis 70S complex

超分子名称: SKM-M.smegmatis 70S complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#18
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 2.5 MDa

+
分子 #1: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 495.373656 KDa
配列文字列: UUUUUGUUUG GAGAGUUUGA UCCUGGCUCA GGACGAACGC UGGCGGCGUG CUUAACACAU GCAAGUCGAA CGGAAAGGCC CUUUCGGGG GUACUCGAGU GGCGAACGGG UGAGUAACAC GUGGGUGAUC UGCCCUGCAC UUUGGGAUAA GCCUGGGAAA C UGGGUCUA ...文字列:
UUUUUGUUUG GAGAGUUUGA UCCUGGCUCA GGACGAACGC UGGCGGCGUG CUUAACACAU GCAAGUCGAA CGGAAAGGCC CUUUCGGGG GUACUCGAGU GGCGAACGGG UGAGUAACAC GUGGGUGAUC UGCCCUGCAC UUUGGGAUAA GCCUGGGAAA C UGGGUCUA AUACCGAAUA CACCCUGCUG GUCGCAUGGC CUGGUAGGGG AAAGCUUUUG CGGUGUGGGA UGGGCCCGCG GC CUAUCAG CUUGUUGGUG GGGUGAUGGC CUACCAAGGC GACGACGGGU AGCCGGCCUG AGAGGGUGAC CGGCCACACU GGG ACUGAG AUACGGCCCA GACUCCUACG GGAGGCAGCA GUGGGGAAUA UUGCACAAUG GGCGCAAGCC UGAUGCAGCG ACGC CGCGU GAGGGAUGAC GGCCUUCGGG UUGUAAACCU CUUUCAGCAC AGACGAAGCG CAAGUGACGG UAUGUGCAGA AGAAG GACC GGCCAACUAC GUGCCAGCAG CCGCGGUAAU ACGUAGGGUC CGAGCGUUGU CCGGAAUUAC UGGGCGUAAA GAGCUC GUA GGUGGUUUGU CGCGUUGUUC GUGAAAACUC ACAGCUUAAC UGUGGGCGUG CGGGCGAUAC GGGCAGACUA GAGUACU GC AGGGGAGACU GGAAUUCCUG GUGUAGCGGU GGAAUGCGCA GAUAUCAGGA GGAACACCGG UGGCGAAGGC GGGUCUCU G GGCAGUAACU GACGCUGAGG AGCGAAAGCG UGGGGAGCGA ACAGGAUUAG AUACCCUGGU AGUCCACGCC GUAAACGGU GGGUACUAGG UGUGGGUUUC CUUCCUUGGG AUCCGUGCCG UAGCUAACGC AUUAAGUACC CCGCCUGGGG AGUACGGCCG CAAGGCUAA AACUCAAAGG AAUUGACGGG GGCCCGCACA AGCGGCGGAG CAUGUGGAUU AAUUCGAUGC AACGCGAAGA A CCUUACCU GGGUUUGACA UGCACAGGAC GCCGGCAGAG AUGUCGGUUC CCUUGUGGCC UGUGUGCAGG UGGUGCAUGG CU GUCGUCA GCUCGUGUCG UGAGAUGUUG GGUUAAGUCC CGCAACGAGC GCAACCCUUG UCUCAUGUUG CCAGCACGUU AUG GUGGGG ACUCGUGAGA GACUGCCGGG GUCAACUCGG AGGAAGGUGG GGAUGACGUC AAGUCAUCAU GCCCCUUAUG UCCA GGGCU UCACACAUGC UACAAUGGCC GGUACAAAGG GCUGCGAUGC CGUGAGGUGG AGCGAAUCCU UUCAAAGCCG GUCUC AGUU CGGAUCGGGG UCUGCAACUC GACCCCGUGA AGUCGGAGUC GCUAGUAAUC GCAGAUCAGC AACGCUGCGG UGAAUA CGU UCCCGGGCCU UGUACACACC GCCCGUCACG UCAUGAAAGU CGGUAACACC CGAAGCCGGU GGCCUAACCC UUGUGGA GG GAGCCGUCGA AGGUGGGAUC GGCGAUUGGG ACGAAGUCGU AACAAGGUAG CCGUACCGGA AGGUGCGGCU GGAUCACC U CCUUUCU

GENBANK: GENBANK: CP082846.1

+
分子 #2: Small ribosomal subunit protein bS22

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 4.1643 KDa
配列文字列:
MGSVIKKRRK RMSKKKHRKL LRRTRVQRRK LGK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS22

+
分子 #3: Small ribosomal subunit protein uS3

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 30.191227 KDa
配列文字列: MGQKINPHGF RLGITTEWKS RWYADKQYKD YVKEDVAIRK LLATGLERAG IADVEIERTR DRVRVDIHTA RPGIVIGRRG TEADRIRAD LEKLTGKQVQ LNILEVKNPE SQAQLVAQGV AEQLSNRVAF RRAMRKAIQS AMRQPNVKGI RVQCSGRLGG A EMSRSEFY ...文字列:
MGQKINPHGF RLGITTEWKS RWYADKQYKD YVKEDVAIRK LLATGLERAG IADVEIERTR DRVRVDIHTA RPGIVIGRRG TEADRIRAD LEKLTGKQVQ LNILEVKNPE SQAQLVAQGV AEQLSNRVAF RRAMRKAIQS AMRQPNVKGI RVQCSGRLGG A EMSRSEFY REGRVPLHTL RADIDYGLYE AKTTFGRIGV KVWIYKGDIV GGKRELAAAA PASDRPRRER PSGTRPRRSG SA GTTATST EAGRAATSDA PAAGTAAAAE APAESTES

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #4: Small ribosomal subunit protein uS4

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 23.415787 KDa
配列文字列: MARYTGPATR KSRRLGVDLV GGDQSFEKRP YPPGQHGRAR IKESEYRQQL QEKQKARFSY GVMEKQFRRY YEEANRQPGK TGDNLLRIL ESRLDNVVYR AGLARTRRMA RQLVSHGHFL VNGVKVDIPS YRVSQYDIID VKEKSLNTLP FQIARETAGE R PIPSWLQV ...文字列:
MARYTGPATR KSRRLGVDLV GGDQSFEKRP YPPGQHGRAR IKESEYRQQL QEKQKARFSY GVMEKQFRRY YEEANRQPGK TGDNLLRIL ESRLDNVVYR AGLARTRRMA RQLVSHGHFL VNGVKVDIPS YRVSQYDIID VKEKSLNTLP FQIARETAGE R PIPSWLQV VGERQRILVH QLPERAQIDV PLTEQLIVEL YSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #5: Small ribosomal subunit protein uS5

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 21.94609 KDa
配列文字列: MAEQAGAGSA QDNRGGRGRR DDRGGRGRDG GDKSNYIERV VSINRVSKVV KGGRRFSFTA LVIVGDGKGM VGVGYGKAKE VPAAIAKGV EEARKNFFRV PLIGSTITHP VQGEAAAGVV MLRPASPGTG VIAGGAARAV LECAGVHDIL AKSLGSDNAI N VVHATVAA ...文字列:
MAEQAGAGSA QDNRGGRGRR DDRGGRGRDG GDKSNYIERV VSINRVSKVV KGGRRFSFTA LVIVGDGKGM VGVGYGKAKE VPAAIAKGV EEARKNFFRV PLIGSTITHP VQGEAAAGVV MLRPASPGTG VIAGGAARAV LECAGVHDIL AKSLGSDNAI N VVHATVAA LKLLQRPEEV AARRGLPIED VAPAGMLKAR RESEALAAAA AREGSA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #6: Small ribosomal subunit protein bS6

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 10.991637 KDa
配列文字列:
MRPYEIMVIL DPTLDERTVA PSLETFLNVI RKDGGTVDKV DIWGRRRLAY EIAKHAEGIY AVIDVKAEPA TVSELDRQLN LNESVLRTK VLRTDKH

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #7: Small ribosomal subunit protein uS7

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 17.660375 KDa
配列文字列:
MPRKGPAPKR PLVNDPVYGS QLVTQLVNKV LLEGKKSLAE RIVYGALEQA REKTGTDPVV TLKRALDNVK PALEVRSRRV GGATYQVPV EVRPDRSTTL ALRWLVNFSR QRREKTMVER LANEILDASN GLGASVKRRE DTHKMAEANR AFAHYRW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #8: Small ribosomal subunit protein uS8

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 14.492638 KDa
配列文字列:
MTMTDPIADF LTRLRNANSA YHDEVTLPHS KLKANIAEIL KREGYISDYR TEDARVGKSL VVQLKYGPSR ERSIAGLRRV SKPGLRVYA KSTNLPRVLG GLGVAIISTS SGLLTDRQAA RQGVGGEVLA YVW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #9: Small ribosomal subunit protein uS9

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 16.794365 KDa
配列文字列:
MTDVTETEVV TESAEPREPV IIDRPIQTVG RRKEAVVRVR LVPGTGQFNL DGRTLENYFP NKVHQQLIKA PLVTVDRVDQ FDIYAHLDG GGPSGQAGAL RLAIARALIL VQPEDRPALK KAGFLTRDPR AIERKKYGLK KARKAPQYSK R

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #10: Small ribosomal subunit protein uS10

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 11.454313 KDa
配列文字列:
MAGQKIRIRL KAYDHEAIDA SARKIVETVT RTGASVVGPV PLPTEKNVYC VIRSPHKYKD SREHFEMRTH KRLIDILDPT PKTVDALMR IDLPASVDVN IQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #11: Small ribosomal subunit protein uS11

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 14.671762 KDa
配列文字列:
MAQAKKGGTA AKKGQKTRRR EKKNVPHGAA HIKSTFNNTI VSITDPQGNV IAWASSGHVG FKGSRKSTPF AAQLAAENAA RKAQEHGVK KVDVFVKGPG SGRETAIRSL QAAGLEVGTI SDVTPQPHNG CRPPKRRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #12: Small ribosomal subunit protein uS12

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 13.896366 KDa
配列文字列:
MPTIQQLVRK GRRDKIAKVK TAALKGSPQR RGVCTRVYTT TPKKPNSALR KVARVKLTSQ VEVTAYIPGE GHNLQEHSMV LVRGGRVKD LPGVRYKIIR GSLDTQGVKN RKQARSRYGA KKEKS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #13: Small ribosomal subunit protein uS14B

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS14B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 6.976409 KDa
配列文字列:
MAKKALVHKA NKKPKFAVRA YTRCNKCGRP HSVYRKFGLC RICLREMAHA GELPGVQKSS W

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14B

+
分子 #14: Small ribosomal subunit protein uS15

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 10.368097 KDa
配列文字列:
MALTAEQKKE ILGQYGLHDT DTGSPEAQVA LLTKRIQDLT EHLKVHKHDH HSRRGLLLLV GRRRRLLKYV AQVDVARYRS LIERLGLRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #15: Small ribosomal subunit protein bS16

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 16.795207 KDa
配列文字列:
MAVKIKLTRL GKIRNPQYRI IVADARTRRD GRAIEVIGRY HPKEEPSLIQ IDSERAQYWL GVGAQPTEPV LALLKITGDW QKFKGLPGA EGTLKVKEPK PSKLDLFNAA LAEAESGTTA AATTPKKKKA PKKDEAAEAP AEAAEAPAEA ADAASES

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #16: Small ribosomal subunit protein uS17

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 11.127002 KDa
配列文字列:
MADQKGPKYT PAAEKPRGRR KTAIGYVVSD KMQKTIVVEL EDRKSHPLYG KIIRTTKKVK AHDENGEAGI GDRVSLMETR PLSATKRWR LVEILEKAK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #17: Small ribosomal subunit protein bS18B

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS18B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 9.524188 KDa
配列文字列:
MAKSNKRRPA PEKPVKTRKC VFCSKKGQTI DYKDTALLRT YISERGKIRA RRVTGNCVQH QRDIAVAVKN AREVALLPFG SSTR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18B

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分子 #18: Small ribosomal subunit protein bS20

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 9.556104 KDa
配列文字列:
MANIKSQIKR IRTNERRRLR NQSVKSSLRT AIRGFREAVD AGDKDKASEL LHATSRKLDK AASKGVIHPN QAANKKSALA LALNKL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

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分子 #19: [(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-4-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{S...

分子名称: [(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-4-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{S})-5-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-4-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6- ...名称: [(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-4-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{S})-5-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-4-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-5-methoxy-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-2-(hydroxymethyl)-6-[[~{N}-[4-[(~{N}-methylcarbamimidoyl)amino]butyl]carbamimidoyl]amino]-5-oxidanyl-oxan-3-yl] carbamate
タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: A1JAI
分子量理論値: 932.924 Da

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分子 #20: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 77 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #21: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #22: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 3 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 43.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Molmap made from PDB: 9N5T using ChimeraX. The model has been previously devoided of any specific features (mRNA and tRNAs) and the resulting map lowpassfiltered and resampled
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5) / 使用した粒子像数: 68217
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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