+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5862 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Single-particle reconstruction of conformation II of ligand-free sGC | |||||||||
![]() | Single-particle reconstruction of conformation II of ligand-free sGC | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | soluble guanylate cyclase / conformational heterogeneity | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.0 Å | |||||||||
![]() | Campbell MG / Underbakke ES / Potter CS / Carragher B / Marletta MA | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Single-particle EM reveals the higher-order domain architecture of soluble guanylate cyclase. 著者: Melody G Campbell / Eric S Underbakke / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Michael A Marletta / ![]() 要旨: Soluble guanylate cyclase (sGC) is the primary nitric oxide (NO) receptor in mammals and a central component of the NO-signaling pathway. The NO-signaling pathways mediate diverse physiological ...Soluble guanylate cyclase (sGC) is the primary nitric oxide (NO) receptor in mammals and a central component of the NO-signaling pathway. The NO-signaling pathways mediate diverse physiological processes, including vasodilation, neurotransmission, and myocardial functions. sGC is a heterodimer assembled from two homologous subunits, each comprised of four domains. Although crystal structures of isolated domains have been reported, no structure is available for full-length sGC. We used single-particle electron microscopy to obtain the structure of the complete sGC heterodimer and determine its higher-order domain architecture. Overall, the protein is formed of two rigid modules: the catalytic dimer and the clustered Per/Art/Sim and heme-NO/O2-binding domains, connected by a parallel coiled coil at two hinge points. The quaternary assembly demonstrates a very high degree of flexibility. We captured hundreds of individual conformational snapshots of free sGC, NO-bound sGC, and guanosine-5'-[(α,β)-methylene]triphosphate-bound sGC. The molecular architecture and pronounced flexibility observed provides a significant step forward in understanding the mechanism of NO signaling. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 15.4 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.7 KB 14.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 53.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 77.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 76.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5861C ![]() 5863C ![]() 5864C ![]() 5865C ![]() 5866C ![]() 5867C ![]() 5868C ![]() 5869C ![]() 5870C ![]() 5871C ![]() 5872C ![]() 5873C ![]() 5874C ![]() 5875C ![]() 5876C ![]() 5877C ![]() 5878C ![]() 5879C ![]() 5880C ![]() 5881C ![]() 5882C ![]() 5883C ![]() 5884C C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Single-particle reconstruction of conformation II of ligand-free sGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : Soluble Guanylate Cyclase, ligand-free
全体 | 名称: Soluble Guanylate Cyclase, ligand-free |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Soluble Guanylate Cyclase, ligand-free
超分子 | 名称: Soluble Guanylate Cyclase, ligand-free / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Heterodimer / Number unique components: 1 |
---|---|
分子量 | 実験値: 150 KDa / 理論値: 150 KDa |
-分子 #1: Soluble Guanylate Cyclase
分子 | 名称: Soluble Guanylate Cyclase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: sGC / コピー数: 1 / 集合状態: Heterodimer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 150 KDa / 理論値: 150 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() 組換細胞: Sf9 組換プラスミド: pFastBac1/sGCALPHA1 and pFastBac1/sGCBETA1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50 mM TEA, 150 mM NaCl, 5 mM DTT |
---|---|
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: 3 microliters of sample were applied to grid. The specimen was stained twice with 2% uranyl formate, then allowed to air-dry. |
グリッド | 詳細: Glow discharged C-flat grid with 2-micron-diameter holes overlaid by thin 1.5 nm continuous carbon |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
---|---|
温度 | 平均: 298 K |
日付 | 2013年1月26日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 実像数: 2204 / 平均電子線量: 35 e/Å2 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 80000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle min: -55 |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
詳細 | See publication |
---|---|
CTF補正 | 詳細: Each micrograph |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 306 |
最終 2次元分類 | クラス数: 1 |