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万見
- EMDB-5823: Negative-stain electron microscopy reconstruction of Tetrahymena ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5823
タイトルNegative-stain electron microscopy reconstruction of Tetrahymena telomerase (f-p50, affinity labeled by two copies of anti-FLAG Fab)
マップデータ3D reconstruction of Tetrahymena telomerase (f-p50, affinity labeled by two copies of anti-FLAG Fab) using Random Conical Tilt (RCT) method
試料
  • 試料: Telomerase holoenzyme (f-p50, labeled by anti-FLAG Fab) from Tetrahymena thermophila
  • タンパク質・ペプチド: Telomerase holoenzyme
  • タンパク質・ペプチド: Fab from monoclonal anit-FLAG M2 antibody
キーワードtelomerase / telomere / Tetrahymena
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者Jiang J / Miracco EJ / Hong K / Eckert B / Chan H / Cash DD / Min B / Zhou ZH / Collins K / Feigon J
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: The architecture of Tetrahymena telomerase holoenzyme.
著者: Jiansen Jiang / Edward J Miracco / Kyungah Hong / Barbara Eckert / Henry Chan / Darian D Cash / Bosun Min / Z Hong Zhou / Kathleen Collins / Juli Feigon /
要旨: Telomerase adds telomeric repeats to chromosome ends using an internal RNA template and a specialized telomerase reverse transcriptase (TERT), thereby maintaining genome integrity. Little is known ...Telomerase adds telomeric repeats to chromosome ends using an internal RNA template and a specialized telomerase reverse transcriptase (TERT), thereby maintaining genome integrity. Little is known about the physical relationships among protein and RNA subunits within a biologically functional holoenzyme. Here we describe the architecture of Tetrahymena thermophila telomerase holoenzyme determined by electron microscopy. Six of the seven proteins and the TERT-binding regions of telomerase RNA (TER) have been localized by affinity labelling. Fitting with high-resolution structures reveals the organization of TERT, TER and p65 in the ribonucleoprotein (RNP) catalytic core. p50 has an unanticipated role as a hub between the RNP catalytic core, p75-p19-p45 subcomplex, and the DNA-binding Teb1. A complete in vitro holoenzyme reconstitution assigns function to these interactions in processive telomeric repeat synthesis. These studies provide the first view of the extensive network of subunit associations necessary for telomerase holoenzyme assembly and physiological function.
履歴
登録2013年12月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年1月15日-
マップ公開2014年1月15日-
更新2014年1月15日-
現状2014年1月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0209
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0209
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5823.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5823.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D reconstruction of Tetrahymena telomerase (f-p50, affinity labeled by two copies of anti-FLAG Fab) using Random Conical Tilt (RCT) method
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.41 Å/pix.
x 96 pix.
= 423.36 Å		4.41 Å/pix.
x 96 pix.
= 423.36 Å		4.41 Å/pix.
x 96 pix.
= 423.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.41 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0209 / ムービー #1: 0.0209
最小 - 最大-0.05683625 - 0.10474538
平均 (標準偏差)-0.00013536 (±0.00578305)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-48-48-48
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 423.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.414.414.41
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z423.360423.360423.360
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-95-75153
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-48-48-48
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-0.0570.105-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Telomerase holoenzyme (f-p50, labeled by anti-FLAG Fab) from Tetr...

全体名称: Telomerase holoenzyme (f-p50, labeled by anti-FLAG Fab) from Tetrahymena thermophila
要素
  • 試料: Telomerase holoenzyme (f-p50, labeled by anti-FLAG Fab) from Tetrahymena thermophila
  • タンパク質・ペプチド: Telomerase holoenzyme
  • タンパク質・ペプチド: Fab from monoclonal anit-FLAG M2 antibody

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超分子 #1000: Telomerase holoenzyme (f-p50, labeled by anti-FLAG Fab) from Tetr...

超分子名称: Telomerase holoenzyme (f-p50, labeled by anti-FLAG Fab) from Tetrahymena thermophila
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Hetero-octamer / Number unique components: 2
分子量理論値: 500 KDa

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分子 #1: Telomerase holoenzyme

分子名称: Telomerase holoenzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Telomerase / コピー数: 1 / 集合状態: Hetero-octamer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 別称: Tetrahymena
分子量理論値: 500 KDa

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分子 #2: Fab from monoclonal anit-FLAG M2 antibody

分子名称: Fab from monoclonal anit-FLAG M2 antibody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: Mouse
分子量理論値: 50 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM HEPES, 50 mM NaCl, 1 mM MgCl2, 1 mM TCEP
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 0.8% uranyl formate
グリッド詳細: 200 mesh grid with thin carbon support
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 298 K
日付2012年5月11日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
実像数: 802 / 平均電子線量: 40 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 68027 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 70000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle min: 65 / Tilt angle max: 65
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The RCT 3D reconstruction was done using SPIDER.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 748

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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