[日本語] English
万見
- EMDB-5802: Electron crystallography of AQP0 with anionic phospholipids. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5802
タイトルElectron crystallography of AQP0 with anionic phospholipids.
マップデータ3D reconstruction of AQP0_DMPG 2D crystal in p4212 form
試料
  • 試料: 2D crystal structure of AQP0 (Ovis aries) with DMPG lipid in p4212 form
  • タンパク質・ペプチド: Aquaporin-0アクアポリン
キーワードaquaporin-0 (アクアポリン) / AQP0 / DMPG / phosphatidylglycerol / DMPS / phosphatidylserine (ホスファチジルセリン) / anionic phospholipids / electron crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


gap junction-mediated intercellular transport / water channel activity / water transport / structural constituent of eye lens / ギャップ結合 / lens development in camera-type eye / response to stimulus / positive regulation of cell adhesion / 視覚 / protein homotetramerization ...gap junction-mediated intercellular transport / water channel activity / water transport / structural constituent of eye lens / ギャップ結合 / lens development in camera-type eye / response to stimulus / positive regulation of cell adhesion / 視覚 / protein homotetramerization / calmodulin binding / 小胞体 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Lens fiber major intrinsic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法電子線結晶学 / 解像度: 7.0 Å
データ登録者Hite RK / Chiu P-L / Schuller J / Walz T
引用ジャーナル: PLoS One / 年: 2015
タイトル: Effect of lipid head groups on double-layered two-dimensional crystals formed by aquaporin-0.
著者: Richard Kevin Hite / Po-Lin Chiu / Jan Michael Schuller / Thomas Walz /
要旨: Aquaporin-0 (AQP0) is a lens-specific water channel that also forms membrane junctions. Reconstitution of AQP0 with dimyristoyl phosphatidylcholine (DMPC) and E. coli polar lipids (EPL) yielded well- ...Aquaporin-0 (AQP0) is a lens-specific water channel that also forms membrane junctions. Reconstitution of AQP0 with dimyristoyl phosphatidylcholine (DMPC) and E. coli polar lipids (EPL) yielded well-ordered, double-layered two-dimensional (2D) crystals that allowed electron crystallographic structure determination of the AQP0-mediated membrane junction. The interacting tetramers in the two crystalline layers are exactly in register, resulting in crystals with p422 symmetry. The high-resolution density maps also allowed modeling of the annular lipids surrounding the tetramers. Comparison of the DMPC and EPL bilayers suggested that the lipid head groups do not play an important role in the interaction of annular lipids with AQP0. We now reconstituted AQP0 with the anionic lipid dimyristoyl phosphatidylglycerol (DMPG), which yielded a mixture of 2D crystals with different symmetries. The different crystal symmetries result from shifts between the two crystalline layers, suggesting that the negatively charged PG head group destabilizes the interaction between the extracellular AQP0 surfaces. Reconstitution of AQP0 with dimyristoyl phosphatidylserine (DMPS), another anionic lipid, yielded crystals that had the usual p422 symmetry, but the crystals showed a pH-dependent tendency to stack through their cytoplasmic surfaces. Finally, AQP0 failed to reconstitute into membranes that were composed of more than 40% dimyristoyl phosphatidic acid (DMPA). Hence, although DMPG, DMPS, and DMPA are all negatively charged lipids, they have very different effects on AQP0 2D crystals, illustrating the importance of the specific lipid head group chemistry beyond its mere charge.
履歴
登録2013年11月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年3月19日-
マップ公開2014年12月10日-
更新2014年12月10日-
現状2014年12月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 60
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 60
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_5802.gif

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5802.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 120.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D reconstruction of AQP0_DMPG 2D crystal in p4212 form
ボクセルのサイズX: 0.3275 Å / Y: 0.3275 Å / Z: 1 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 60.0 / ムービー #1: 60
最小 - 最大-165.248809810000012 - 250.0
平均 (標準偏差)-0.03275234 (±37.8362999)
対称性空間群: 90
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-200-200-100
サイズ401401201
Spacing401401201
セルA: 131.3275 Å / B: 131.3275 Å / C: 201.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.327498753117210.327498753117211
M x/y/z401401201
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z131.327131.327201.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-95-75153
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-200-200-100
NC/NR/NS401401201
D min/max/mean-165.249250.000-0.033

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : 2D crystal structure of AQP0 (Ovis aries) with DMPG lipid in p421...

全体名称: 2D crystal structure of AQP0 (Ovis aries) with DMPG lipid in p4212 form
要素
  • 試料: 2D crystal structure of AQP0 (Ovis aries) with DMPG lipid in p4212 form
  • タンパク質・ペプチド: Aquaporin-0アクアポリン

-
超分子 #1000: 2D crystal structure of AQP0 (Ovis aries) with DMPG lipid in p421...

超分子名称: 2D crystal structure of AQP0 (Ovis aries) with DMPG lipid in p4212 form
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: 2D crystals / 集合状態: Tetramer / Number unique components: 1
分子量理論値: 113 KDa

-
分子 #1: Aquaporin-0

分子名称: Aquaporin-0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: AQP0
詳細: Aquaporin-0 was crystallized with dimyristoylglycerol (DMPG) in p4212 symmetry.
コピー数: 32 / 集合状態: Tetramer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 別称: Sheep / 組織: eye / 細胞: Lens fiber cells / Organelle: Membrane / 細胞中の位置: Plasma membranes
配列UniProtKB: Lens fiber major intrinsic protein

-
実験情報

-
構造解析

解析電子線結晶学
試料の集合状態2D array

-
試料調製

緩衝液pH: 6 / 詳細: 10 mM MES, 50 mM Mg2Cl2, 150 mM NaCl, 0.05% NaN3
グリッド詳細: Carbon sandwich method combined with trehalose embedding
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER
詳細Dialysis
結晶化詳細: Dialysis

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 80000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 1.6 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.65 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.35 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダー: liquid-nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: OTHER
温度最低: 90 K / 最高: 100 K / 平均: 95 K
日付2012年3月31日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 227 / 平均電子線量: 20 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

結晶パラメータ単位格子 - A: 65.5 Å / 単位格子 - B: 65.5 Å / 単位格子 - C: 200 Å / 単位格子 - γ: 90.0 ° / 単位格子 - α: 90.0 ° / 単位格子 - β: 90.0 ° / 面群: P 4 21 2
CTF補正詳細: Phase flipping with each micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / ソフトウェア - 名称: 2DX, and, MRC / 詳細: The reconstruction map shows in 2x2 unit cells.
詳細Crystal images were unbent and reconstructed using 2DX and MRC software.

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2b6o


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: UCSF Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る